packages/vtk/src/bbvtkSegmentationConnectivity.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkSegmentationConnectivity.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.8 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42
  43 #include "bbvtkSegmentationConnectivity.h"
  44 #include "bbvtkPackage.h"
  45
  46 namespace bbvtk
  47 {
  48   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,SegmentationConnectivity);
  49   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(SegmentationConnectivity,
  50                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  51
  52 // --------------------------------------------------------------
  53
  54   void SegmentationConnectivity::bbUserSetDefaultValues()
  55   {
  56           thresh2       = NULL;
  57           cast2         = NULL;
  58           connect2      = NULL;
  59           cast4         = NULL;
  60
  61           bbSetInputIn(NULL);
  62           std::vector<int> position;
  63           position.push_back(0);
  64           position.push_back(0);
  65           position.push_back(0);
  66           bbSetInputPositionXYZ(position);
  67           std::vector<int> threshold;
  68           threshold.push_back(0);
  69           threshold.push_back(0);
  70           bbSetInputThresholdMinMax(threshold);
  71           bbSetOutputOut(NULL);
  72   }
  73
  74 // --------------------------------------------------------------
  75
  76         void SegmentationConnectivity::bbUserInitializeProcessing()
  77         {
  78                 thresh2 = vtkImageThreshold::New();
  79                         thresh2->SetInValue(255);
  80                         thresh2->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
  81                         thresh2->SetOutValue(0);
  82                 cast2 = vtkImageCast::New();
  83                         cast2->SetInput(thresh2->GetOutput());
  84                         cast2->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
  85                 connect2 = vtkImageSeedConnectivity::New();
  86                         connect2->SetInput(cast2->GetOutput());
  87                         connect2->SetInputConnectValue(255);
  88                         connect2->SetOutputConnectedValue(255);
  89                         connect2->SetOutputUnconnectedValue(0);
  90                 cast4 = vtkImageCast::New();
  91                         cast4->SetInput(connect2->GetOutput());
  92                         cast4->SetOutputScalarTypeToUnsignedShort();
  93         }
  94
  95 // --------------------------------------------------------------
  96
  97   void SegmentationConnectivity::bbUserFinalizeProcessing()
  98   {
  99           if (thresh2!=NULL)
 100           {
 101                   thresh2->Delete();
 102                   thresh2=NULL;
 103           }
 104           if (cast2!=NULL)
 105           {
 106                   cast2->Delete();
 107                   cast2=NULL;
 108           }
 109           if (connect2!=NULL)
 110           {
 111                   connect2->Delete();
 112                   connect2=NULL;
 113           }
 114           if (cast4!=NULL)
 115           {
 116                   cast4->Delete();
 117                   cast4=NULL;
 118           }
 119   }
 120
 121 // --------------------------------------------------------------
 122
 123   void SegmentationConnectivity::DoProcess()
 124   {
 125     vtkImageData *imagedata = bbGetInputIn();
 126     imagedata->UpdateInformation();
 127     imagedata->SetUpdateExtent(imagedata->GetWholeExtent());
 128     imagedata->Update();
 129     thresh2->ThresholdBetween(3000, 3001);
 130     thresh2->SetInput(imagedata);
 131     thresh2->ThresholdBetween(bbGetInputThresholdMinMax()[0], bbGetInputThresholdMinMax()[1]);
 132     thresh2->Modified();
 133     thresh2->Update();
 134     cast2->Modified();
 135     cast2->Update();
 136     connect2->RemoveAllSeeds ();
 137
 138         int x = bbGetInputPositionXYZ()[0];
 139         int y = bbGetInputPositionXYZ()[1];
 140         int z = bbGetInputPositionXYZ()[2];
 141
 142           int ext[6];
 143           imagedata->GetWholeExtent(ext);
 144           int maxx = ext[1]-ext[0]+1;
 145           int maxy = ext[3]-ext[2]+1;
 146           int maxz = ext[5]-ext[4]+1;
 147           if ( x<0 ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range x: %d -> 0 \n",x ); x=0; }
 148           if ( y<0 ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range y: %d -> 0 \n",y ); y=0;}
 149           if ( z<0 ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range z: %d -> 0 \n",z ); z=0;}
 150
 151           if ( x>=maxx ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range x: %d -> %d \n",x, maxx-1 ); x=maxx-1; }
 152           if ( y>=maxy ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range y: %d -> %d \n",y, maxy-1 ); y=maxy-1; }
 153           if ( z>=maxz ) {  printf("Warnnig bbtk::vtk::SegmentationConnectivity::DoProcess limites of the image out of range z: %d -> %d \n",y, maxz-1 ); z=maxz-1; }
 154
 155           connect2->AddSeed( x,y,z );
 156           connect2->Modified();
 157           connect2->Update();
 158           cast4->Update();
 159           bbSetOutputOut(cast4->GetOutput() );
 160   }
 161
 162 }// EO namespace bbvtk
 163
 164 #endif //_USE_VTK_
 165
 166
 167
 168
 169