cluster_tools/gate_run_submit_cluster_nomove.sh

   1 #! /bin/bash
   2
   3 set -u
   4 SCRIPTNAME="$(basename "${0}")"
   5
   6 # -------------------------------------------------
   7 function error {
   8     echo "ERROR: $1"
   9     usage
  10     exit 1
  11 }
  12 # -------------------------------------------------
  13
  14 DEFAULTRELEASESUFFIX="NONE"
  15 DEFAULTNUMBEROFJOBS="10"
  16
  17 # -------------------------------------------------
  18 function usage {
  19     echo "${SCRIPTNAME} mac/main.mac njobs releasesuffix paramtogate"
  20     echo "default njobs = ${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"
  21     echo "default releasesuffix = ${DEFAULTRELEASESUFFIX} (NONE means use Gate in PATH)"
  22     echo "default paramtogate = \"\" (use \"\" around params and \\ in front of commas)"
  23 }
  24 # -------------------------------------------------
  25
  26 test $# -eq 0 && usage && exit 0
  27
  28 RELEASESUFFIX=${3:-"${DEFAULTRELEASESUFFIX}"}
  29 RELEASEDIR="${HOME}/releases/grid_release${RELEASESUFFIX}"
  30 JOBFILE="$(dirname $0)/gate_job_cluster_nomove.job"
  31
  32 echo "Checking stuff"
  33 test -f ${JOBFILE} || error "can't find job file ${JOBFILE}"
  34 if test "${RELEASESUFFIX}" = "${DEFAULTRELEASESUFFIX}"
  35 then
  36     RELEASEDIR="NONE"
  37     which Gate 2>&1 >/dev/null || error "there is no Gate in the PATH"
  38 else
  39     test -d ${RELEASEDIR} || error "invalid release dir ${RELEASEDIR}"
  40 fi
  41 MACRODIR=$(pwd)
  42 test -d ${MACRODIR}/mac && test -d ${MACRODIR}/data || error "invalid path"
  43 MACROFILE=${1:?"provide relative macro path"}
  44 test -f ${MACRODIR}/${MACROFILE} || error "invalid macro"
  45 OUTPUTDIR=$(mktemp --tmpdir=${MACRODIR} -d run.XXXX || error "can't create temp dir")
  46 test -d ${OUTPUTDIR} || error "can't locate output dir"
  47 RUNID=${OUTPUTDIR##*.}
  48 NJOBS=${2:-"${DEFAULTNUMBEROFJOBS}"}
  49 NJOBSMAX=${NJOBS}
  50 PARAM="${4:-\"\"}"
  51
  52 echo "Lets roll!!"
  53 echo "runid is ${RUNID}"
  54
  55 QSUB=$(which qsub 2> /dev/null)
  56 # echo "qsub is $(which qsub)"
  57 test -z "${QSUB}" && QSUB="noqsub"
  58 if test "${QSUB}" = "noqsub"
  59 then
  60     echo "qsub is not found. Simply run Gate on multiple cores."
  61 fi
  62
  63 test -z "${PARAM}" && echo "no param" || echo "param is ${PARAM}"
  64 if test "$RELEASESUFFIX" = "$DEFAULTRELEASESUFFIX"
  65 then
  66     echo "Gate is $(which Gate)"
  67 else
  68     echo "Gate release is $(basename ${RELEASEDIR})"
  69 fi
  70 echo "submitting ${NJOBS} jobs"
  71
  72 PARAMFILE="${OUTPUTDIR}/params.txt"
  73 echo "njobs = ${NJOBS}" >> "${PARAMFILE}"
  74 echo "macro = ${MACROFILE}" >> "${PARAMFILE}"
  75 test -z "${PARAM}" || echo "param = ${PARAM}" >> "${PARAMFILE}"
  76
  77 # Copy macros files (for log)
  78 mkdir ${OUTPUTDIR}/mac
  79 cp ${MACROFILE} ${OUTPUTDIR}/mac
  80 files=`grep "control/execute" ${MACROFILE} | cut -d " " -f 2`
  81 for i in $files
  82 do
  83     cp $i ${OUTPUTDIR}/mac
  84 done
  85
  86 while test $NJOBS -gt 0; do
  87
  88     if test "${QSUB}" = "noqsub"
  89     then
  90         echo "Launching Gate log in ${OUTPUTDIR}/gate_${NJOBS}.log"
  91         PARAM=\"${PARAM}\" INDEX=${NJOBS} INDEXMAX=${NJOBSMAX} OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR}  RELEASEDIR=${RELEASEDIR} MACROFILE=${MACROFILE} MACRODIR=${MACRODIR} PBS_JOBID="local_${NJOBS}" bash "${JOBFILE}" > ${OUTPUTDIR}/gate_${NJOBS}.log &
  92     else
  93   qsub -N "gatejob.${RUNID}" -o "${OUTPUTDIR}" -e "${OUTPUTDIR}" \
  94       -v "PARAM=${PARAM},INDEX=${NJOBS},INDEXMAX=${NJOBSMAX},OUTPUTDIR=${OUTPUTDIR},RELEASEDIR=${RELEASEDIR},MACROFILE=${MACROFILE},MACRODIR=${MACRODIR}" \
  95       "${JOBFILE}" || error "submission error"
  96     fi
  97
  98     let NJOBS--
  99 done
 100
 101 echo "runid is ${RUNID}"