cluster_tools/mergeDoseByRegions.sh

   1 #!/bin/bash
   2 set -u
   3
   4 function usage {
   5   echo "$0 -i <result> -j <file2> -o <result>"
   6   exit 1
   7 }
   8
   9 function addToPartialResult {
  10   IN1=$2
  11   IN2=$4
  12   RESULT=$6
  13
  14   test -f ${IN1} && test -f ${IN2} || usage
  15
  16   TMP="$(mktemp)"
  17
  18   # check if all 3 text files have the same number of lines
  19   nblines=`cat ${IN1} | wc -l`
  20   nb2=`cat ${IN2} | wc -l`
  21   nb3=`cat ${RESULT} | wc -l`
  22
  23   if [ $nblines -ne $nb2 ] || [ $nblines -ne $nb3 ]; then
  24     echo "Files does not have the same size"
  25     exit 1
  26   fi
  27
  28   #Copy the 1st line in output
  29   line1=`sed -n "1p" < ${RESULT}`
  30   echo "${line1}" >> ${TMP}
  31   # for all lines (except the 1st), split according tab
  32   # sum the some elements (dose, edep) ...
  33   for i in $(seq 2 $nblines); do
  34     #Get the 3 lines
  35     file1=`sed -n "${i}p" < ${IN1}`
  36     file2=`sed -n "${i}p" < ${IN2}`
  37     file3=`sed -n "${i}p" < ${RESULT}`
  38
  39     # sum edep: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  40     # The /#./0. is important to add 0 for decimal value between 0 and 1
  41     edep1=$(echo ${file1} | cut -f3 -d' ')
  42     edep2=$(echo ${file2} | cut -f3 -d' ')
  43     edep3=$(python -c "print($edep1+$edep2)")
  44     edep3=${edep3/#./0.}
  45     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${edep3} '{$3=r}1')
  46
  47     # sqrt sum square std_edep*edep: get the 2 values, sum the square, take the sqrt and replace it in the file3
  48     stdEdep1=$(echo ${file1} | cut -f4 -d' ')
  49     stdEdep2=$(echo ${file2} | cut -f4 -d' ')
  50     stdEdep3=$(python <<EOP
  51 import math;
  52 temp=$edep2*$stdEdep2;
  53 print(math.sqrt($stdEdep1*$stdEdep1+temp*temp))
  54 EOP
  55     )
  56     stdEdep3=${stdEdep3/#./0.}
  57     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${stdEdep3} '{$4=r}1')
  58
  59     # sum square_edep: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  60     sqEdep1=$(echo ${file1} | cut -f5 -d' ')
  61     sqEdep2=$(echo ${file2} | cut -f5 -d' ')
  62     sqEdep3=$(python -c "print($sqEdep1+$sqEdep2)")
  63     sqEdep3=${sqEdep3/#./0.}
  64     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${sqEdep3} '{$5=r}1')
  65
  66     # sum dose: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  67     dose1=$(echo ${file1} | cut -f6 -d' ')
  68     dose2=$(echo ${file2} | cut -f6 -d' ')
  69     dose3=$(python -c "print($dose1+$dose2)")
  70     dose3=${dose3/#./0.}
  71     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${dose3} '{$6=r}1')
  72
  73     # sqrt sum square std_dose*dose: get the 2 values, sum the square, take the sqrt and replace it in the file3
  74     stdDose1=$(echo ${file1} | cut -f7 -d' ')
  75     stdDose2=$(echo ${file2} | cut -f7 -d' ')
  76     stdDose3=$(python <<EOP
  77 import math;
  78 temp=$dose2*$stdDose2;
  79 print(math.sqrt($stdDose1*$stdDose1+temp*temp))
  80 EOP
  81     )
  82     stdDose3=${stdDose3/#./0.}
  83     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${stdDose3} '{$7=r}1')
  84
  85     # sum square_dose: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  86     sqDose1=$(echo ${file1} | cut -f8 -d' ')
  87     sqDose2=$(echo ${file2} | cut -f8 -d' ')
  88     sqDose3=$(python -c "print($sqDose1+$sqDose2)")
  89     sqDose3=${sqDose3/#./0.}
  90     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${sqDose3} '{$8=r}1')
  91
  92     # sum n_hits: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  93     hit1=$(echo ${file1} | cut -f9 -d' ')
  94     hit2=$(echo ${file2} | cut -f9 -d' ')
  95     hit3=$(python -c "print($hit1+$hit2)")
  96     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${hit3} '{$9=r}1')
  97
  98     # sum n_event_hits: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  99     event1=$(echo ${file1} | cut -f10 -d' ')
 100     event2=$(echo ${file2} | cut -f10 -d' ')
 101     event3=$(python -c "print($event1+$event2)")
 102     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${event3} '{$10=r}1')
 103
 104     #Write the output
 105     echo "${file3}" >> ${TMP}
 106   done
 107   mv -f ${TMP} ${RESULT}
 108 }
 109
 110 function addWithoutPartialResult {
 111   IN1=$2
 112   RESULT=$4
 113
 114   test -f ${IN1} || usage
 115
 116   TMP="$(mktemp)"
 117
 118   nblines=`cat ${IN1} | wc -l`
 119
 120   #Copy the 1st line in output
 121   line1=`sed -n "1p" < ${IN1}`
 122   echo "${line1}" >> ${TMP}
 123   # for all lines (except the 1st), split according tab
 124   # sum the some elements (dose, edep) ...
 125   for i in $(seq 2 $nblines); do
 126     #Get the lines
 127     file1=`sed -n "${i}p" < ${IN1}`
 128
 129     # copy id
 130     id1=$(echo ${file1} | cut -f1 -d' ')
 131     id1=${id1/#./0.}
 132     file3=$(echo $id1)
 133
 134     # copy volume
 135     vol1=$(echo ${file1} | cut -f2 -d' ')
 136     vol1=${vol1/#./0.}
 137     file3=$(echo "$file3 $vol1")
 138
 139     # copy edep
 140     edep1=$(echo ${file1} | cut -f3 -d' ')
 141     edep1=${edep1/#./0.}
 142     file3=$(echo "$file3 $edep1")
 143
 144     # sqrt sum square std_edep*edep
 145     stdEdep1=$(echo ${file1} | cut -f4 -d' ')
 146     stdEdep3=$(python <<EOP
 147 import math;
 148 temp=$edep1*$stdEdep1;
 149 print(math.sqrt(temp*temp))
 150 EOP
 151     )
 152     stdEdep3=${stdEdep3/#./0.}
 153     file3=$(echo "$file3 $stdEdep3")
 154
 155     # copy square_edep
 156     sqEdep1=$(echo ${file1} | cut -f5 -d' ')
 157     sqEdep1=${sqEdep1/#./0.}
 158     file3=$(echo "$file3 $sqEdep1")
 159
 160     # copy dose
 161     dose1=$(echo ${file1} | cut -f6 -d' ')
 162     dose1=${dose1/#./0.}
 163     file3=$(echo "$file3 $dose1")
 164
 165     # sqrt sum square std_dose*dose
 166     stdDose1=$(echo ${file1} | cut -f7 -d' ')
 167     stdDose3=$(python <<EOP
 168 import math;
 169 temp=$dose1*$stdDose1;
 170 print(math.sqrt(temp*temp))
 171 EOP
 172     )
 173     stdDose3=${stdDose3/#./0.}
 174     file3=$(echo "$file3 $stdDose3")
 175
 176     # copy square_dose
 177     sqDose1=$(echo ${file1} | cut -f8 -d' ')
 178     sqDose1=${sqDose1/#./0.}
 179     file3=$(echo "$file3 $sqDose1")
 180
 181     # copy n_hits
 182     hit1=$(echo ${file1} | cut -f9 -d' ')
 183     hit1=${hit1/#./0.}
 184     file3=$(echo "$file3 $hit1")
 185
 186     # copy n_event_hits
 187     event1=$(echo ${file1} | cut -f10 -d' ')
 188     event1=${event1/#./0.}
 189     file3=$(echo "$file3 $event1")
 190
 191     #Write the output
 192     echo "${file3}" >> ${TMP}
 193   done
 194   mv -f ${TMP} ${RESULT}
 195 }
 196
 197
 198 function divideUncertaintyResult {
 199   IN1=$2
 200   value=$4
 201   RESULT=$6
 202
 203   TMP="$(mktemp)"
 204
 205   # check if all 3 text files have the same number of lines
 206   nblines=`cat ${IN1} | wc -l`
 207   nb3=`cat ${RESULT} | wc -l`
 208
 209   if [ $nblines -ne $nb3 ]; then
 210     echo "Files does not have the same size"
 211     exit 1
 212   fi
 213
 214   #Copy the 1st line in output
 215   line1=`sed -n "1p" < ${RESULT}`
 216   echo "${line1}" >> ${TMP}
 217   # for all lines (except the 1st), split according tab
 218   # sum the some elements (dose, edep) ...
 219   for i in $(seq 2 $nblines); do
 220     #Get the lines
 221     file1=`sed -n "${i}p" < ${IN1}`
 222     file3=`sed -n "${i}p" < ${RESULT}`
 223
 224     # Divide uncertainty and replace it in the file3
 225     edep1=$(echo ${file1} | cut -f3 -d' ')
 226     stdEdep1=$(echo ${file1} | cut -f4 -d' ')
 227     stdEdep3=$(python <<EOP
 228 temp=$stdEdep1/$value
 229 if $edep1!=0:
 230   temp/=$edep1
 231 if temp==0:
 232   temp=1
 233 print(temp)
 234 EOP
 235     )
 236     stdEdep3=${stdEdep3/#./0.}
 237     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${stdEdep3} '{$4=r}1')
 238
 239     # Divide uncertainty and replace it in the file3
 240     dose1=$(echo ${file1} | cut -f6 -d' ')
 241     stdDose1=$(echo ${file1} | cut -f7 -d' ')
 242     stdDose3=$(python <<EOP
 243 temp=$stdDose1/$value
 244 if $dose1!=0:
 245   temp/=$dose1
 246 if temp==0:
 247   temp=1
 248 print(temp)
 249 EOP
 250     )
 251     stdDose3=${stdDose3/#./0.}
 252     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${stdDose3} '{$7=r}1')
 253
 254     #Write the output
 255     echo "${file3}" >> ${TMP}
 256   done
 257   mv -f ${TMP} ${RESULT}
 258 }
 259