cluster_tools/mergeDoseByRegions.sh

   1 #!/bin/bash
   2 set -u
   3
   4 function usage {
   5   echo "$0 -i <result> -j <file2> -o <result>"
   6   exit 1
   7 }
   8
   9 function addToPartialResult {
  10   IN1=$2
  11   IN2=$4
  12   RESULT=$6
  13
  14   test -f ${IN1} && test -f ${IN2} || usage
  15
  16   TMP="$(mktemp)"
  17
  18   # check if all 3 text files have the same number of lines
  19   nblines=`cat ${IN1} | wc -l`
  20   nb2=`cat ${IN2} | wc -l`
  21   nb3=`cat ${RESULT} | wc -l`
  22
  23   if [ $nblines -ne $nb2 ] || [ $nblines -ne $nb3 ]; then
  24     echo "Files does not have the same size"
  25     exit 1
  26   fi
  27
  28   #Copy the 1st line in output
  29   line1=`sed -n "1p" < ${RESULT}`
  30   echo "${line1}" >> ${TMP}
  31   # for all lines (except the 1st), split according tab
  32   # sum the some elements (dose, edep) ...
  33   for i in $(seq 2 $nblines); do
  34     #Get the 3 lines
  35     file1=`sed -n "${i}p" < ${IN1}`
  36     file2=`sed -n "${i}p" < ${IN2}`
  37     file3=`sed -n "${i}p" < ${RESULT}`
  38
  39     # sum edep: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  40     # The /#./0. is important to add 0 for decimal value between 0 and 1
  41     edep1=$(echo ${file1} | cut -f3 -d' ')
  42     edep2=$(echo ${file2} | cut -f3 -d' ')
  43     edep3=$(python -c "print($edep1+$edep2)")
  44     edep3=${edep3/#./0.}
  45     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${edep3} '{$3=r}1')
  46
  47     # sum square_edep: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  48     sqEdep1=$(echo ${file1} | cut -f5 -d' ')
  49     sqEdep2=$(echo ${file2} | cut -f5 -d' ')
  50     sqEdep3=$(python -c "print($sqEdep1+$sqEdep2)")
  51     sqEdep3=${sqEdep3/#./0.}
  52     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${sqEdep3} '{$5=r}1')
  53
  54     # sum dose: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  55     dose1=$(echo ${file1} | cut -f6 -d' ')
  56     dose2=$(echo ${file2} | cut -f6 -d' ')
  57     dose3=$(python -c "print($dose1+$dose2)")
  58     dose3=${dose3/#./0.}
  59     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${dose3} '{$6=r}1')
  60
  61     # sum square_dose: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  62     sqDose1=$(echo ${file1} | cut -f8 -d' ')
  63     sqDose2=$(echo ${file2} | cut -f8 -d' ')
  64     sqDose3=$(python -c "print($sqDose1+$sqDose2)")
  65     sqDose3=${sqDose3/#./0.}
  66     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${sqDose3} '{$8=r}1')
  67
  68     # sum n_hits: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  69     hit1=$(echo ${file1} | cut -f9 -d' ')
  70     hit2=$(echo ${file2} | cut -f9 -d' ')
  71     hit3=$(python -c "print($hit1+$hit2)")
  72     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${hit3} '{$9=r}1')
  73
  74     # sum n_event_hits: get the 2 values, sum them and replace it in the file3
  75     event1=$(echo ${file1} | cut -f10 -d' ')
  76     event2=$(echo ${file2} | cut -f10 -d' ')
  77     event3=$(python -c "print($event1+$event2)")
  78     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${event3} '{$10=r}1')
  79
  80     #Write the output
  81     echo "${file3}" >> ${TMP}
  82   done
  83   mv -f ${TMP} ${RESULT}
  84 }
  85
  86 function divideUncertaintyResult {
  87   IN1=$2
  88   value=$4
  89   RESULT=$6
  90
  91   TMP="$(mktemp)"
  92
  93   # check if all 2 text files have the same number of lines
  94   nblines=`cat ${IN1} | wc -l`
  95   nb3=`cat ${RESULT} | wc -l`
  96
  97   if [ $nblines -ne $nb3 ]; then
  98     echo "Files does not have the same size"
  99     exit 1
 100   fi
 101
 102   #Copy the 1st line in output
 103   line1=`sed -n "1p" < ${RESULT}`
 104   echo "${line1}" >> ${TMP}
 105   # for all lines (except the 1st), split according tab
 106   # sum the some elements (dose, edep) ...
 107   for i in $(seq 2 $nblines); do
 108     #Get the lines
 109     file1=`sed -n "${i}p" < ${IN1}`
 110     file3=`sed -n "${i}p" < ${RESULT}`
 111
 112     # Divide uncertainty and replace it in the file3
 113     edep1=$(echo ${file1} | cut -f3 -d' ')
 114     sqEdep1=$(echo ${file1} | cut -f5 -d' ')
 115     stdEdep3=$(python <<EOP
 116 import math
 117 temp=math.sqrt(($sqEdep1/$value-pow($edep1/$value, 2))/($value-1))/$edep1/$value
 118 print(temp)
 119 EOP
 120     )
 121     stdEdep3=${stdEdep3/#./0.}
 122     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${stdEdep3} '{$4=r}1')
 123
 124     # Divide uncertainty and replace it in the file3
 125     dose1=$(echo ${file1} | cut -f6 -d' ')
 126     sqDose1=$(echo ${file1} | cut -f8 -d' ')
 127     stdDose3=$(python <<EOP
 128 import math
 129 temp=math.sqrt(($sqDose1/$value-pow($dose1/$value, 2))/($value-1))/$dose1/$value
 130 print(temp)
 131 EOP
 132     )
 133     stdDose3=${stdDose3/#./0.}
 134     file3=$(echo $file3 |awk -v r=${stdDose3} '{$7=r}1')
 135
 136     #Write the output
 137     echo "${file3}" >> ${TMP}
 138   done
 139   mv -f ${TMP} ${RESULT}
 140 }
 141