cluster_tools/mergeDoseByRegions.sh

   1 #!/bin/bash
   2 set -u
   3
   4 function usage {
   5   echo "$0 -i <file1> -j <file2> -o <result>"
   6   exit 1
   7 }
   8
   9 if [ $# != 6 ]
  10 then
  11   usage
  12 fi
  13
  14 IN1=$2
  15 IN2=$4
  16 RESULT=$6
  17
  18 test -f ${IN1} && test -f ${IN2} || usage
  19
  20 TMP="$(mktemp)"
  21 echo "merging dose by regions file"
  22 # check if all 3 text files have the same number of lines
  23 nblines=`cat ${IN1} | wc -l`
  24 nb2=`cat ${IN2} | wc -l`
  25 nb3=`cat ${RESULT} | wc -l`
  26
  27 if [ $nblines -ne $nb2 ] || [ $nblines -ne $nb3 ]; then
  28   echo "Files does not have the same size"
  29   exit 1
  30 fi
  31
  32 #Copy the 1st line in output
  33 line1=`sed -n "1p" < ${RESULT}`
  34 echo "${line1}" >> ${TMP}
  35
  36 # for all lines (except the 1st), split according tab
  37 # sum the some elements (dose, edep) ...
  38 for i in $(seq 2 $nblines); do
  39   #Get the 3 lines
  40   line1=`sed -n "${i}p" < ${IN1}`
  41   line2=`sed -n "${i}p" < ${IN2}`
  42   line3=`sed -n "${i}p" < ${RESULT}`
  43
  44   # sum edep: get the 2 values, sum them and replace it in the line3
  45   # The /#./0. is important to add 0 for decimal value between 0 and 1
  46   edep1=$(echo ${line1} | cut -f3 -d' ')
  47   edep2=$(echo ${line2} | cut -f3 -d' ')
  48   edep3=$(echo "scale=30;$edep1+$edep2" | bc)
  49   edep3=${edep3/#./0.}
  50   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$3=r}1')
  51
  52   # sqrt sum square std_edep: get the 2 values, sum the square, take the sqrt and replace it in the line3
  53   edep1=$(echo ${line1} | cut -f4 -d' ')
  54   edep2=$(echo ${line2} | cut -f4 -d' ')
  55   edep3=$(echo "scale=30;sqrt($edep1*$edep1+$edep2*$edep2)" | bc)
  56   edep3=${edep3/#./0.}
  57   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$4=r}1')
  58
  59   # sum square_edep: get the 2 values, sum them and replace it in the line3
  60   edep1=$(echo ${line1} | cut -f5 -d' ')
  61   edep2=$(echo ${line2} | cut -f5 -d' ')
  62   edep3=$(echo "scale=30;$edep1+$edep2" | bc)
  63   edep3=${edep3/#./0.}
  64   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$5=r}1')
  65
  66   # sum dose: get the 2 values, sum them and replace it in the line3
  67   edep1=$(echo ${line1} | cut -f6 -d' ')
  68   edep2=$(echo ${line2} | cut -f6 -d' ')
  69   edep3=$(echo "scale=30;$edep1+$edep2" | bc)
  70   edep3=${edep3/#./0.}
  71   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$6=r}1')
  72
  73   # sqrt sum square std_dose: get the 2 values, sum the square, take the sqrt and replace it in the line3
  74   edep1=$(echo ${line1} | cut -f7 -d' ')
  75   edep2=$(echo ${line2} | cut -f7 -d' ')
  76   edep3=$(echo "scale=30;sqrt($edep1*$edep1+$edep2*$edep2)" | bc)
  77   edep3=${edep3/#./0.}
  78   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$7=r}1')
  79
  80   # sum square_dose: get the 2 values, sum them and replace it in the line3
  81   edep1=$(echo ${line1} | cut -f8 -d' ')
  82   edep2=$(echo ${line2} | cut -f8 -d' ')
  83   edep3=$(echo "scale=30;$edep1+$edep2" | bc)
  84   edep3=${edep3/#./0.}
  85   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$8=r}1')
  86
  87   # sum n_hits: get the 2 values, sum them and replace it in the line3
  88   edep1=$(echo ${line1} | cut -f9 -d' ')
  89   edep2=$(echo ${line2} | cut -f9 -d' ')
  90   edep3=$(echo "scale=30;$edep1+$edep2" | bc)
  91   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$9=r}1')
  92
  93   # sum n_event_hits: get the 2 values, sum them and replace it in the line3
  94   edep1=$(echo ${line1} | cut -f10 -d' ')
  95   edep2=$(echo ${line2} | cut -f10 -d' ')
  96   edep3=$(echo "scale=30;$edep1+$edep2" | bc)
  97   line3=$(echo $line3 |awk -v r=${edep3} '{$10=r}1')
  98
  99   #Write the output
 100   echo "${line3}" >> ${TMP}
 101 done
 102 mv -f ${TMP} ${RESULT}
 103