itk/clitkDecomposeAndReconstructImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================*/
  18 #ifndef clitkDecomposeAndReconstructImageFilter_txx
  19 #define clitkDecomposeAndReconstructImageFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkDecomposeAndReconstructImageFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<class InputImageType, class OutputImageType>
  38   DecomposeAndReconstructImageFilter<InputImageType, OutputImageType>::DecomposeAndReconstructImageFilter()
  39   {
  40    m_Verbose=false;
  41    for (unsigned int i=0; i<InputImageDimension; i++)
  42      m_Radius[i]=1;
  43    m_NumberOfNewLabels=1;
  44    m_FullyConnected=true;
  45    m_BackgroundValue=0;
  46    m_ForegroundValue=1;
  47    m_MaximumNumberOfLabels=10;
  48    m_MinimumObjectSize=10;
  49    m_MinimumNumberOfIterations=1;
  50
  51   }
  52
  53
  54   //-------------------------------------------------------------------
  55   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  56   //-------------------------------------------------------------------
  57   template <class InputImageType, class  OutputImageType>
  58   void
  59   DecomposeAndReconstructImageFilter<InputImageType, OutputImageType>::GenerateData()
  60   {
  61
  62
  63     // Internal type
  64     typedef itk::Image<InternalPixelType, InputImageDimension> InternalImageType;
  65
  66     // Filters used
  67     typedef clitk::DecomposeThroughErosionImageFilter<InputImageType, InternalImageType> DecomposeThroughErosionImageFilterType;
  68     typedef clitk::ReconstructThroughDilationImageFilter<InternalImageType, InputImageType> ReconstructThroughDilationImageFilterType;
  69
  70     // Erode
  71     typename DecomposeThroughErosionImageFilterType::Pointer erosionFilter=DecomposeThroughErosionImageFilterType::New();
  72     erosionFilter->SetInput(this->GetInput());
  73     erosionFilter->SetVerbose(m_Verbose);
  74     erosionFilter->SetFullyConnected(m_FullyConnected);
  75     erosionFilter->SetRadius(m_Radius);
  76     erosionFilter->SetNumberOfNewLabels(m_NumberOfNewLabels);
  77     erosionFilter->SetMinimumObjectSize(m_MinimumObjectSize);
  78     erosionFilter->SetMinimumNumberOfIterations(m_MinimumNumberOfIterations);
  79     erosionFilter->Update();
  80
  81     // Reconstruct
  82     typename ReconstructThroughDilationImageFilterType::Pointer reconstructionFilter =ReconstructThroughDilationImageFilterType::New();
  83     reconstructionFilter->SetInput(erosionFilter->GetOutput());
  84     reconstructionFilter->SetVerbose(m_Verbose);
  85     reconstructionFilter->SetRadius(m_Radius);
  86     reconstructionFilter->SetMaximumNumberOfLabels(m_MaximumNumberOfLabels);
  87     reconstructionFilter->SetBackgroundValue(m_BackgroundValue);
  88     reconstructionFilter->SetForegroundValue(m_ForegroundValue);
  89     reconstructionFilter->Update();
  90
  91     // Output
  92     this->SetNthOutput(0,reconstructionFilter->GetOutput());
  93   }
  94
  95
  96 }//end clitk
  97
  98 #endif //#define clitkDecomposeAndReconstructImageFilter_txx