registration/clitkAffineRegistrationGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER_H
  20 #define CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkIO.h"
  24 #include "clitkCommon.h"
  25 #include "clitkImageCommon.h"
  26 #include "clitkAffineRegistration_ggo.h"
  27 #include "clitkImageArithm_ggo.h"
  28 #include "clitkCorrelationRatioImageToImageMetric.h"
  29 #include "clitkTransformUtilities.h"
  30 #include "clitkGenericMetric.h"
  31 #include "clitkGenericOptimizer.h"
  32 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  33 #include "clitkGenericAffineTransform.h"
  34 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  35
  36
  37 //itk include
  38 #include <itkMultiResolutionImageRegistrationMethod.h>
  39 #include <itkMultiResolutionPyramidImageFilter.h>
  40 #include <itkImageToImageMetric.h>
  41 #include <itkEuler2DTransform.h>
  42 #include <itkCenteredEuler3DTransform.h>
  43 #include <itkImage.h>
  44 #include <itkResampleImageFilter.h>
  45 #include <itkCastImageFilter.h>
  46 #include <itkNormalizeImageFilter.h>
  47 #include <itkDiscreteGaussianImageFilter.h>
  48 #include <itkImageMaskSpatialObject.h>
  49 #include <itkCommand.h>
  50 #include <itkCheckerBoardImageFilter.h>
  51 #include <itkSubtractImageFilter.h>
  52 #include <itkLightObject.h>
  53 #include <itkImageMomentsCalculator.h>
  54 #include <itkThresholdImageFilter.h>
  55
  56 // other includes
  57 #include <time.h>
  58 #include <iostream>
  59 #include <iomanip>
  60
  61 namespace clitk
  62 {
  63
  64 //====================================================================
  65 class ITK_EXPORT AffineRegistrationGenericFilter:
  66     public ImageToImageGenericFilter<AffineRegistrationGenericFilter>
  67 {
  68 public:
  69
  70   AffineRegistrationGenericFilter();
  71
  72   //================================================
  73   typedef AffineRegistrationGenericFilter        Self;
  74
  75   typedef itk::SmartPointer<Self>        Pointer;
  76   typedef itk::SmartPointer<const Self> ConstPointer;
  77   typedef ImageToImageGenericFilterBase   Superclass;
  78   //================================================
  79   itkNewMacro(Self);
  80   //itkTypeMacro(AffineRegistrationGenericFilter, LightObject);
  81
  82
  83   //====================================================================
  84   // Set methods
  85        void SetArgsInfo(const args_info_clitkAffineRegistration & a);
  86
  87   //====================================================================
  88   template<unsigned int Dim>
  89   void InitializeImageType();
  90
  91   bool m_Verbose;
  92   args_info_clitkAffineRegistration m_ArgsInfo;
  93
  94   template<class InputImageType>
  95   void UpdateWithInputImageType();
  96 };
  97 }
  98
  99 #endif //#define CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER__H