registration/clitkCalculateTREGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCalculateTREGenericFilter_cxx
  19 #define clitkCalculateTREGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCalculateTREGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkCalculateTREGenericFilter.h"
  31
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36
  37   //-----------------------------------------------------------
  38   // Constructor
  39   //-----------------------------------------------------------
  40   CalculateTREGenericFilter::CalculateTREGenericFilter()
  41   {
  42     m_Verbose=false;
  43     m_InputFileName="";
  44     m_NumberOfFields=0;
  45     m_NumberOfLists=0;
  46     m_NumberOfPoints=0;
  47   }
  48
  49
  50   //-----------------------------------------------------------
  51   // Update
  52   //-----------------------------------------------------------
  53   void CalculateTREGenericFilter::Update()
  54   {
  55     // Read the Dimension and PixelType
  56     if (m_ArgsInfo.vf_given && m_ArgsInfo.coeff_given)
  57       {
  58         std::cout << "Error, You have to supply either vector fields or coefficient images. Supplying both is not allowed. See clitkCalculateTRE --help for details."<<std::endl;;
  59         return;
  60       }
  61     else if (!m_ArgsInfo.vf_given && !m_ArgsInfo.coeff_given)
  62       {
  63         std::cout << "Error, You have to supply either vector fields or coefficient images. Supplying none is not allowed. See clitkCalculateTRE --help for details."<<std::endl;;
  64         return;
  65       }
  66     else if (m_ArgsInfo.vf_given)
  67       m_InputFileName=m_ArgsInfo.vf_arg[0];
  68     else
  69       {
  70         m_InputFileName=m_ArgsInfo.coeff_arg[0];
  71       }
  72
  73     int Dimension, Components;
  74     std::string PixelType;
  75     ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType, Components);
  76     if (Dimension < 2 || Dimension > 4)
  77       {
  78         std::cout<<"Error, Only for 2, 3 or 4  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  79         return;
  80       }
  81
  82     // Call UpdateWithDim
  83     if (m_ArgsInfo.vf_given)
  84       {
  85         if(Dimension==2) ReadVectorFields<2,2>();
  86         else
  87         if(Dimension==3) ReadVectorFields<3,3>();
  88         else if (Dimension==4)ReadVectorFields<4,3>();
  89       }
  90     else
  91       {
  92         if(Dimension==2) ReadCoefficientImages<2,2>();
  93         else
  94         if(Dimension==3) ReadCoefficientImages<3,3>();
  95         else if (Dimension==4)ReadCoefficientImages<4,3>();
  96       }
  97   }
  98
  99   //-----------------------------
 100   // Process DVF
 101   //-----------------------------
 102   template< >
 103   void
 104   CalculateTREGenericFilter::ProcessVectorFields<4,3>(std::vector<itk::Image<itk::Vector<double, 3>, 4>::Pointer > dvfs,  char** filenames )
 105   {
 106     // Typedefs
 107     typedef itk::Vector<double,3> PixelType;
 108     typedef itk::Image<PixelType, 4> InputImageType;
 109     typedef itk::Image<PixelType, 3> OutputImageType;
 110
 111     // IO
 112     InputImageType::Pointer input=dvfs[0];
 113     std::vector<itk::Image<itk::Vector<double, 3>, 3>::Pointer > new_dvfs;
 114
 115     // Split vector field
 116     typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 117     unsigned int splitDimension=3;
 118
 119     // Make new file names
 120     std::vector<std::string> new_filenames;
 121     std::string base = filenames[0];
 122
 123     // Set the extract region
 124     InputImageType::SizeType size=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 125     size[splitDimension]=0;
 126     InputImageType::RegionType extracted_region;
 127     extracted_region.SetSize(size);
 128     InputImageType::IndexType index=input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 129
 130
 131     // Loop
 132     for (unsigned int i=0;i<input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[splitDimension];i++)
 133       {
 134
 135         // Skip?
 136         if (m_ArgsInfo.skip_given && i==(unsigned int) m_ArgsInfo.skip_arg) continue;
 137
 138         // extract dvf
 139          FilterType::Pointer filter= FilterType::New();
 140         filter->SetInput(input);
 141         index[splitDimension]=i;
 142         extracted_region.SetIndex(index);
 143         filter->SetExtractionRegion(extracted_region);
 144         filter->Update();
 145         new_dvfs.push_back(filter->GetOutput());
 146
 147         // make name
 148         std::ostringstream number_dvf;
 149         number_dvf << i;
 150         std::string number =  number_dvf.str();
 151         new_filenames.push_back(base+"_"+number);
 152       }
 153
 154     // Update
 155     this->UpdateDVFWithDim<3>(new_dvfs, new_filenames);
 156
 157   }
 158
 159   //-----------------------------
 160   // Process Coefficient images
 161   //-----------------------------
 162   template< >
 163   void
 164   CalculateTREGenericFilter::ProcessCoefficientImages<4,3>(std::vector<itk::Image<itk::Vector<double, 3>, 4>::Pointer > coeffs,  char** filenames )
 165   {
 166     // Typedefs
 167     typedef itk::Vector<double,3> PixelType;
 168     typedef itk::Image<PixelType, 4> InputImageType;
 169     typedef itk::Image<PixelType, 3> OutputImageType;
 170
 171     // IO
 172     InputImageType::Pointer input=coeffs[0];
 173     std::vector<itk::Image<itk::Vector<double, 3>, 3>::Pointer > new_coeffs;
 174
 175     // Split vector field
 176     typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
 177     unsigned int splitDimension=3;
 178
 179     // Make new file names
 180     std::vector<std::string> new_filenames;
 181     std::string base = filenames[0];
 182
 183     // Set the extract region
 184     InputImageType::SizeType size=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 185     size[splitDimension]=0;
 186     InputImageType::RegionType extracted_region;
 187     extracted_region.SetSize(size);
 188     InputImageType::IndexType index=input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 189
 190
 191     // Loop
 192     for (unsigned int i=0;i<input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[splitDimension];i++)
 193       {
 194
 195         // Skip?
 196         if (m_ArgsInfo.skip_given && i==(unsigned int) m_ArgsInfo.skip_arg) continue;
 197
 198         // extract dvf
 199          FilterType::Pointer filter= FilterType::New();
 200         filter->SetInput(input);
 201         index[splitDimension]=i;
 202         extracted_region.SetIndex(index);
 203         filter->SetExtractionRegion(extracted_region);
 204         filter->Update();
 205         new_coeffs.push_back(filter->GetOutput());
 206
 207         // make name
 208         std::ostringstream number_dvf;
 209         number_dvf << i;
 210         std::string number =  number_dvf.str();
 211         new_filenames.push_back(base+"_"+number);
 212       }
 213
 214     // Update
 215     this->UpdateCoeffsWithDim<3>(new_coeffs, new_filenames);
 216
 217   }
 218
 219
 220
 221 } //end clitk
 222
 223 #endif  //#define clitkCalculateTREGenericFilter_cxx