registration/clitkCalculateTREGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCalculateTREGenericFilter_h
  19 #define clitkCalculateTREGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCalculateTREGenericFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkCalculateTRE_ggo.h"
  35 #include "clitkGenericVectorInterpolator.h"
  36 #include "clitkPointListWriter.h"
  37 #include "clitkPointListReader.h"
  38 #include "clitkDeformationListStatisticsFilter.h"
  39 #include "clitkList.h"
  40
  41 //itk include
  42 #include "itkLightObject.h"
  43 #include "itkExtractImageFilter.h"
  44
  45 //general
  46 #include <iomanip>
  47
  48 namespace clitk
  49 {
  50
  51
  52   class ITK_EXPORT CalculateTREGenericFilter : public itk::LightObject
  53   {
  54   public:
  55     //----------------------------------------
  56     // ITK
  57     //----------------------------------------
  58     typedef CalculateTREGenericFilter                   Self;
  59     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  60     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  61     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  62
  63     // Method for creation through the object factory
  64     itkNewMacro(Self);
  65
  66     // Run-time type information (and related methods)
  67     itkTypeMacro( CalculateTREGenericFilter, LightObject );
  68
  69
  70     //-----------------------------
  71     // Typedefs
  72     //-----------------------------
  73     typedef double ValueType;
  74     typedef std::vector<ValueType> MeasureListType;
  75
  76
  77     //----------------------------------------
  78     // Set & Get
  79     //----------------------------------------
  80     void SetArgsInfo(const args_info_clitkCalculateTRE& a)
  81     {
  82       m_ArgsInfo=a;
  83       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  84     }
  85
  86
  87     //----------------------------------------
  88     // Update
  89     //----------------------------------------
  90     void Update();
  91
  92   protected:
  93
  94     //----------------------------------------
  95     // Constructor & Destructor
  96     //----------------------------------------
  97     CalculateTREGenericFilter();
  98     ~CalculateTREGenericFilter() {};
  99
 100
 101     //----------------------------------------
 102     // Templated members
 103     //----------------------------------------
 104     template <unsigned int Dimension,unsigned int Components> void ReadVectorFields(void);
 105     template <unsigned int Dimension,unsigned int Components> void ProcessVectorFields(std::vector< typename itk::Image<itk::Vector<double, Components>, Dimension>::Pointer > dvfs, char** filenames);
 106     template <unsigned int Dimension> void UpdateDVFWithDim( std::vector<typename itk::Image<itk::Vector<ValueType, Dimension>, Dimension>::Pointer > dvfs,  std::vector<std::string> filenames);
 107     template <unsigned int Dimension,unsigned int Components> void ReadCoefficientImages(void);
 108     template <unsigned int Dimension,unsigned int Components> void ProcessCoefficientImages(std::vector< typename itk::Image<itk::Vector<double, Components>, Dimension>::Pointer > dvfs, char** filenames);
 109     template <unsigned int Dimension> void UpdateCoeffsWithDim( std::vector<typename itk::Image<itk::Vector<ValueType, Dimension>, Dimension>::Pointer > dvfs,  std::vector<std::string> filenames);
 110     template<unsigned int Dimension> void BuildPointLists(std::vector<std::string>& filenames);
 111
 112     //----------------------------------------
 113     // Data members
 114     //----------------------------------------
 115     args_info_clitkCalculateTRE m_ArgsInfo;
 116     bool m_Verbose;
 117     std::string m_InputFileName;
 118     unsigned int m_NumberOfFields;
 119     unsigned int m_NumberOfLists;
 120     unsigned int m_NumberOfPoints;
 121
 122   };
 123
 124
 125 } // end namespace clitk
 126
 127 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 128 #include "clitkCalculateTREGenericFilter.txx"
 129 #endif
 130
 131 #endif // #define clitkCalculateTREGenericFilter_h