registration/clitkDemonsDeformableRegistration.ggo

   1 #File clitkDemonsDeformableRegistration.ggo
   2 #Author: Jef Vandemeulebroucke <jefvdmb@gmail.com>
   3 #Date : Tue 13 Februari 2009 16.35
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   5 package "clitk"
   6 version "Apply Demons registration between (2D or 3D) images..."
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   8
   9 option "config"         -       "Config file"                   string          no
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  12 section "Run Time"
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  14 option "verbose"        v       "Verbose"                       flag            off
  15 option "threads"        -       "Number of threads to use for intensive algorithms (default=min(cores,8))"      int      no
  16 option "debug"          -       "Give debug info"               flag            off
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  19 section "Input"
  20
  21 option "reference"      r       "Input reference image"                 string          yes
  22 option "target"         t       "Input target image"                    string          yes
  23 option "init"           -       "Input initial deformation field"       string          no
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  25 section "Output"
  26
  27 option "vf"             -       "Result DVF"                            string          yes
  28 option "output"         o       "Deformed target image"                 string          yes
  29 option "before"         -       "Difference image before "              string          no
  30 option "after"          -       "Difference image after "               string          no
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  32 section "Demons"
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  34 option "demons"         -       "Type: 0=normal, 1=symm, 2=fast symm, 3=diffeomorphic"          int             no      default="3"
  35 option "levels"         -       "Number of resolution levels"                                   int             no      default="1"
  36 option "maxIter"        -       "Maximum number of iterations at each resolution level"         int             no      multiple default="50"
  37 option "maxRMSError"    -       "Maximum RMS error at each resolution level"                    double          no      multiple default="1"
  38 option "stop"           -       "Maximum oscillations at each resolution level (-1=unset)"      int             no      multiple default="-1"
  39 option "sd"             -       "SD (in mm) for smoothing in each dimension"                    double          no      multiple default="2.0"
  40 option "maxStep"        -       "2,3: Maximum step size (mm)"                                   double          no      default="2"
  41 option "scaleSD"        -       "Scale SD to coarse resolution levels"                          flag            off
  42 option "scaleStep"      -       "2,3: Scale maximum step size to coarse resolution levels"      flag            off
  43 option "fluid"          -       "Smooth update field instead of deformation field"              flag            off
  44 option "spacing"        -       "Use image spacing for derivatives (non-isotropic voxels)"      flag            off
  45 option "intThreshold"   -       "0,1,2: Intensity threshold to consider intensity equal"        double          no      default="0.001"
  46 option "movGrad"        -       "1: Use moving image gradient"                                  flag            off
  47 option "gradType"       -       "2,3: 0=Symmetric, 1=fixed, 2=warpedMoving, 3=mappedMoving"     int             no      default="0"
  48 option "firstOrder"     -       "3: Use first order approx for exponential"                     flag            off