registration/clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter_h
  19 #define clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
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  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkCommon.h"
  34 #include "clitkVectorBSplineDecompositionImageFilterWithOBD.h"
  35 #include "clitkVectorBSplineResampleImageFunction.h"
  36
  37 //itk include
  38 #include "itkImageToImageFilter.h"
  39 #include "itkVectorResampleImageFilter.h"
  40 #include "itkCastImageFilter.h"
  41
  42
  43 namespace clitk
  44 {
  45
  46   template <class InputImageType, class OutputImageType>
  47   class ITK_EXPORT ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter :
  48     public itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>
  49   {
  50   public:
  51     //----------------------------------------
  52     // ITK
  53     //----------------------------------------
  54     typedef ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter                                                 Self;
  55     typedef itk::ImageToImageFilter<InputImageType, OutputImageType>  Superclass;
  56     typedef itk::SmartPointer<Self>                                   Pointer;
  57     typedef itk::SmartPointer<const Self>                             ConstPointer;
  58
  59     // Method for creation through the object factory
  60     itkNewMacro(Self);
  61
  62     // Run-time type information (and related methods)
  63     itkTypeMacro( ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter, ImageToImageFilter );
  64
  65     /** Dimension of the domain space. */
  66     itkStaticConstMacro(InputImageDimension, unsigned int, Superclass::InputImageDimension);
  67
  68     //----------------------------------------
  69     // Typedefs
  70     //----------------------------------------
  71     typedef typename InputImageType::PointType              InputPointType;
  72     typedef typename InputImageType::IndexType              IndexType;
  73
  74     typedef typename OutputImageType::RegionType            OutputImageRegionType;
  75     typedef typename OutputImageType::PointType             OutputPointType;
  76     typedef typename OutputImageType::SpacingType           OutputSpacingType;
  77     typedef typename OutputImageType::DirectionType         OutputDirectionType;
  78     typedef typename OutputImageType::IndexType             OutputIndexType;
  79     typedef typename OutputImageType::SizeType             OutputSizeType;
  80
  81
  82     //----------------------------------------
  83     // Set & Get
  84     //----------------------------------------
  85     itkBooleanMacro(Verbose);
  86     itkSetMacro( Verbose, bool);
  87     itkGetConstReferenceMacro( Verbose, bool);
  88
  89     // Properties of the output
  90     itkSetMacro( Size, OutputSizeType );
  91     itkGetConstReferenceMacro( Size, OutputSizeType );
  92     itkSetMacro(OutputSpacing, OutputSpacingType);
  93     virtual void SetOutputSpacing( const double* values);
  94     itkGetConstReferenceMacro( OutputSpacing, OutputSpacingType );
  95     itkSetMacro(OutputOrigin, OutputPointType);
  96     virtual void SetOutputOrigin( const double* values);
  97     itkGetConstReferenceMacro( OutputOrigin, OutputPointType );
  98     itkSetMacro(OutputDirection, OutputDirectionType);
  99     itkGetConstReferenceMacro(OutputDirection, OutputDirectionType);
 100     itkSetMacro( OutputStartIndex, OutputIndexType );
 101     itkGetConstReferenceMacro( OutputStartIndex, OutputIndexType );
 102     void SetOutputParametersFromImage ( typename OutputImageType::Pointer Image )
 103     {
 104       this->SetOutputOrigin ( Image->GetOrigin() );
 105       this->SetOutputSpacing ( Image->GetSpacing() );
 106       this->SetOutputDirection ( Image->GetDirection() );
 107       this->SetSize ( Image->GetLargestPossibleRegion().GetSize() );
 108       this->SetOutputStartIndex(Image->GetLargestPossibleRegion().GetIndex());
 109     }
 110
 111     void SetOutputParametersFromConstImage ( typename OutputImageType::ConstPointer Image )
 112     {
 113       this->SetOutputOrigin ( Image->GetOrigin() );
 114       this->SetOutputSpacing ( Image->GetSpacing() );
 115       this->SetOutputDirection ( Image->GetDirection() );
 116       this->SetSize ( Image->GetLargestPossibleRegion().GetSize() );
 117       this->SetOutputStartIndex(Image->GetLargestPossibleRegion().GetIndex());
 118     }
 119
 120
 121   protected:
 122
 123     //----------------------------------------
 124     // Constructor & Destructor
 125     //----------------------------------------
 126     ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter();
 127     ~ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter() {};
 128
 129     //----------------------------------------
 130     // Update
 131     //----------------------------------------
 132     // Generate Data
 133     void GenerateData(void);
 134     //     // Threaded Generate Data
 135     //     void BeforeThreadedGenerateData(void );
 136     //     void ThreadedGenerateData(const OutputImageRegionType & outputRegionForThread, int threadId );
 137     //     void AfterThreadedGenerateData(void );
 138     //     // Override defaults
 139     //     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 140     //     virtual void GenerateOutputInformation (void);
 141     //     virtual void EnlargeOutputRequestedRegion(DataObject *data);
 142     void AllocateOutputs(){};
 143
 144     //----------------------------------------
 145     // Data members
 146     //----------------------------------------
 147     bool m_Verbose;
 148     OutputSizeType                m_Size;              // Size of the output image
 149     OutputSpacingType             m_OutputSpacing;     // output image spacing
 150     OutputPointType               m_OutputOrigin;      // output image origin
 151     OutputDirectionType           m_OutputDirection;   // output image direction cosines
 152     OutputIndexType               m_OutputStartIndex;  // output image start index
 153     OutputSizeType                m_SplineOrders;
 154
 155     //----------------------------------------
 156     // Components
 157     //----------------------------------------
 158     typedef itk::VectorResampleImageFilter<InputImageType, OutputImageType> ResamplerType;
 159     typedef VectorBSplineResampleImageFunction<InputImageType, double> FunctionType;
 160     typedef itk::IdentityTransform<double,InputImageDimension> IdentityTransformType;
 161     typedef VectorBSplineDecompositionImageFilterWithOBD<OutputImageType, OutputImageType> DecompositionType;
 162     typename ResamplerType::Pointer m_Resampler;
 163     typename FunctionType::Pointer m_Function;
 164     typename IdentityTransformType::Pointer m_Identity;
 165     typename DecompositionType::Pointer m_Decomposition;
 166
 167
 168   };
 169
 170
 171 } // end namespace clitk
 172
 173 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 174 #include "clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.txx"
 175 #endif
 176
 177 #endif // #define clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter_h
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