registration/clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter_txx
  19 #define clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<class InputImageType, class OutputImageType>
  38   ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter<InputImageType, OutputImageType>::ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter()
  39   {
  40    m_Verbose=false;
  41    m_SplineOrders.Fill(3);
  42    m_Size.Fill(0);
  43    m_OutputSpacing.Fill(1.0);
  44    m_OutputOrigin.Fill(-1);
  45    m_OutputStartIndex.Fill(0);
  46    m_OutputDirection.SetIdentity();
  47
  48    // Components
  49    m_Resampler = ResamplerType::New();
  50    m_Function = FunctionType::New();
  51    m_Identity = IdentityTransformType::New();
  52    m_Decomposition = DecompositionType::New();
  53
  54    // Connect
  55    m_Resampler->SetInterpolator( m_Function );
  56    m_Resampler->SetTransform( m_Identity );
  57    m_Decomposition->SetInput( m_Resampler->GetOutput() );
  58
  59   }
  60
  61   //-------------------------------------------------------------------
  62   // Output Info
  63   //-------------------------------------------------------------------
  64   template <class InputImageType, class  OutputImageType>
  65   void
  66   ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter<InputImageType, OutputImageType>::SetOutputSpacing( const double* spacing )
  67   {
  68     OutputSpacingType s(spacing);
  69     this->SetOutputSpacing( s );
  70   }
  71
  72   //-------------------------------------------------------------------
  73   // Output Info
  74   //-------------------------------------------------------------------
  75   template <class InputImageType, class  OutputImageType>
  76   void
  77   ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter<InputImageType, OutputImageType>::SetOutputOrigin( const double* origin )
  78   {
  79     OutputPointType p(origin);
  80     this->SetOutputOrigin( p );
  81   }
  82
  83
  84
  85   //-------------------------------------------------------------------
  86   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  87   //-------------------------------------------------------------------
  88   template <class InputImageType, class  OutputImageType>
  89   void
  90   ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter<InputImageType, OutputImageType>::GenerateData()
  91   {
  92
  93     // Resample?
  94     bool sizeIsCorrect=true;
  95
  96     if (this->GetInput()->GetSpacing()  !=m_OutputSpacing)
  97       sizeIsCorrect=false;
  98     else if (this->GetInput()->GetLargestPossibleRegion().GetSize()!=m_Size)
  99       sizeIsCorrect=false;
 100     else if (this->GetInput()->GetOrigin()!=m_OutputOrigin)
 101       sizeIsCorrect=false;
 102
 103     // No resampling resquired
 104     if (sizeIsCorrect)
 105       {
 106         if(m_Verbose)std::cout<<"Output properties are up to date, no resampling required!"<<std::endl;
 107         typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType>  CastImageFilterType;
 108         typename CastImageFilterType::Pointer caster = CastImageFilterType::New();
 109         caster->SetInput(this->GetInput());
 110         caster->Update();
 111         this->GraftOutput(caster->GetOutput());
 112       }
 113
 114     // Resample
 115     else
 116       {
 117         if(m_Verbose)std::cout<<"Resampling transform..."<<std::endl;
 118
 119         // Resample the coeeficients to values of correct size, spacing,...
 120         m_Resampler->SetInput( this->GetInput() );
 121         m_Resampler->SetSize( m_Size);
 122         m_Resampler->SetOutputSpacing( m_OutputSpacing );
 123         m_Resampler->SetOutputOrigin( m_OutputOrigin );
 124         m_Resampler->SetOutputDirection( m_OutputDirection );
 125         m_Resampler->SetOutputStartIndex( m_OutputStartIndex );
 126
 127         // Transform the values back to Bspline coefficients
 128         m_Decomposition->SetSplineOrders( m_SplineOrders );
 129         m_Decomposition->Update();
 130         this->GraftOutput( m_Decomposition->GetOutput() );
 131       }
 132
 133   }
 134
 135
 136 }//end clitk
 137
 138 #endif //#define clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter_txx