segmentation/clitkMorphoMathFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 #ifndef CLITKMORPHOMATHFILTER_H
  20 #define CLITKMORPHOMATHFILTER_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkIO.h"
  24 #include "clitkImageCommon.h"
  25 #include "clitkConditionalBinaryErodeImageFilter.h"
  26 #include "clitkConditionalBinaryDilateImageFilter.h"
  27
  28 // itk include
  29 #include <itkLightObject.h>
  30 #include <itkBinaryErodeImageFilter.h>
  31 #include <itkBinaryDilateImageFilter.h>
  32 #include <itkBinaryMorphologicalClosingImageFilter.h>
  33 #include <itkBinaryMorphologicalOpeningImageFilter.h>
  34 #include <itkBinaryBallStructuringElement.h>
  35 #include <itkCastImageFilter.h>
  36
  37 namespace clitk {
  38
  39   //--------------------------------------------------------------------
  40   template<class ImageType>
  41   class ITK_EXPORT MorphoMathFilter:
  42     public clitk::FilterBase,
  43     public itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType>
  44   {
  45
  46   public:
  47     /** Standard class typedefs. */
  48     typedef itk::ImageToImageFilter<ImageType, ImageType> Superclass;
  49     typedef MorphoMathFilter<ImageType>                   Self;
  50     typedef itk::SmartPointer<Self>                       Pointer;
  51     typedef itk::SmartPointer<const Self>                 ConstPointer;
  52
  53     /** Method for creation through the object factory. */
  54     itkNewMacro(Self);
  55
  56     /** Run-time type information (and related methods). */
  57     itkTypeMacro(AddRelativePositionConstraintToLabelImageFilter, ImageToImageFilter);
  58     FILTERBASE_INIT;
  59
  60     /** Some convenient typedefs. */
  61     typedef typename ImageType::ConstPointer ImageConstPointer;
  62     typedef typename ImageType::Pointer      ImagePointer;
  63     typedef typename ImageType::RegionType   RegionType;
  64     typedef typename ImageType::PixelType    PixelType;
  65     typedef typename ImageType::SpacingType  SpacingType;
  66     typedef typename ImageType::SizeType     SizeType;
  67     typedef typename ImageType::IndexType    IndexType;
  68     typedef typename ImageType::PointType    PointType;
  69     typedef float InternalPixelType;
  70     typedef itk::Image<InternalPixelType, ImageType::ImageDimension> InternalImageType;
  71
  72     /** ImageDimension constants */
  73     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, ImageType::ImageDimension);
  74     typedef itk::Image<float, ImageDimension> FloatImageType;
  75
  76     /** Operation types */
  77     typedef enum { Erode     = 0, Dilate     = 1,
  78                    Close     = 2, Open       = 3,
  79                    CondErode = 4, CondDilate = 5
  80     } OperationTypeEnumeration;
  81
  82     /** Options */
  83     itkGetConstMacro(VerboseFlag, bool);
  84     itkSetMacro(VerboseFlag, bool);
  85     itkBooleanMacro(VerboseFlag);
  86
  87     itkGetConstMacro(BackgroundValue, PixelType);
  88     itkSetMacro(BackgroundValue, PixelType);
  89
  90     itkGetConstMacro(ForegroundValue, PixelType);
  91     itkSetMacro(ForegroundValue, PixelType);
  92
  93     void SetOperationType(int type);
  94
  95     itkGetConstMacro(RadiusInMM, PointType);
  96     void SetRadiusInMM(PointType & p);
  97
  98     itkGetConstMacro(Radius, SizeType);
  99     void SetRadius(SizeType & r);
 100     void SetRadius(int r);
 101
 102     itkGetConstMacro(BoundaryToForegroundFlag, bool);
 103     itkSetMacro(BoundaryToForegroundFlag, bool);
 104     itkBooleanMacro(BoundaryToForegroundFlag);
 105
 106     itkGetConstMacro(ExtendSupportFlag, bool);
 107     itkSetMacro(ExtendSupportFlag, bool);
 108     itkBooleanMacro(ExtendSupportFlag);
 109
 110   protected:
 111     MorphoMathFilter();
 112     virtual ~MorphoMathFilter();
 113
 114     bool m_VerboseFlag;
 115     PixelType m_BackgroundValue;
 116     PixelType m_ForegroundValue;
 117     PointType m_RadiusInMM;
 118     SizeType  m_Radius;
 119     bool m_RadiusInMMIsSet;
 120     bool m_RadiusIsSet;
 121     OperationTypeEnumeration m_OperationType;
 122     bool m_BoundaryToForegroundFlag;
 123     bool m_ExtendSupportFlag;
 124     typename InternalImageType::Pointer input;
 125
 126     virtual void GenerateOutputInformation();
 127     virtual void GenerateInputRequestedRegion();
 128     virtual void GenerateData();
 129
 130   private:
 131     MorphoMathFilter(const Self&); //purposely not implemented
 132     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 133   };
 134
 135 } // end namespace clitk
 136 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 137 #include "clitkMorphoMathFilter.txx"
 138 #endif
 139
 140 #endif //#define CLITKMORPHOMATHFILTER_H