tools/clitk4DImageToNVectorImageGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitk4DImageToNVectorImageGenericFilter_txx
  19 #define clitk4DImageToNVectorImageGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitk4DImageToNVectorImageGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "itkComposeImageFilter.h"
  31 #include "itkExtractImageFilter.h"
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   // Update with the number of dimensions
  38   //-------------------------------------------------------------------
  39   template<unsigned int Dimension>
  40   void
  41   FourDImageToNVectorImageGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  42   {
  43     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  44
  45     if (PixelType == "short") {
  46       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, short>();
  47     } else if (PixelType == "unsigned short") {
  48       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  49     } else if (PixelType == "unsigned_short") {
  50       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  51     } else if (PixelType == "char") {
  52       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, char>();
  53     } else if (PixelType == "unsigned_char") {
  54       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55     } else if (PixelType == "int") {
  56       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, int>();
  57     } else if (PixelType == "unsigned_int") {
  58       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned int>();
  59     } else if (PixelType == "double") {
  60       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
  61     } else if (PixelType == "float") {
  62       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  63     } else {
  64       std::cerr << "Error, pixel type : \"" << PixelType << "\" unknown !" << std::endl;
  65     }
  66   }
  67
  68
  69   //-------------------------------------------------------------------
  70   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  71   //-------------------------------------------------------------------
  72   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  73   void
  74   FourDImageToNVectorImageGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  75   {
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension-1> MedianImageType;
  79     typedef itk::VectorImage<PixelType, Dimension-1> OutputImageType;
  80
  81     // Read the input
  82     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  83     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  84     reader->SetFileName(m_InputFileName);
  85     reader->Update();
  86     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  87     std::string fileName=m_ArgsInfo.output_arg;
  88
  89     //Filter
  90     typedef itk::ComposeImageFilter<MedianImageType> ImageToVectorImageFilterType;
  91     typename ImageToVectorImageFilterType::Pointer imageToVectorImageFilter = ImageToVectorImageFilterType::New();
  92     typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType, MedianImageType> ExtractFilterType;
  93     typename ExtractFilterType::Pointer extractFilter = ExtractFilterType::New();
  94     extractFilter->SetDirectionCollapseToSubmatrix();
  95     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  96     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  97
  98     extractFilter->SetInput(input);
  99     typename InputImageType::SizeType size;
 100     typename OutputImageType::DirectionType direction;
 101     direction.SetIdentity();
 102     for (unsigned int nbDimension=0; nbDimension<Dimension-1; ++nbDimension)
 103     {
 104         size[nbDimension] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize(nbDimension);
 105         for (unsigned int pixelDim2=0; pixelDim2<Dimension-1; ++pixelDim2)
 106         {
 107           direction[nbDimension][pixelDim2]=input->GetDirection()[nbDimension][pixelDim2];
 108         }
 109     }
 110     size[Dimension-1] = 0;
 111     typename MedianImageType::Pointer tempImage = MedianImageType::New();
 112
 113     //Extract All "time" slices
 114     for (unsigned int nbSlice=0; nbSlice<input->GetLargestPossibleRegion().GetSize(Dimension-1); ++nbSlice)
 115     {
 116       typename InputImageType::RegionType desiredRegion;
 117       typename InputImageType::IndexType index;
 118       index.Fill(0);
 119       index[Dimension-1]=nbSlice;
 120       desiredRegion.SetSize(size);
 121       extractFilter->SetInput(input);
 122       desiredRegion.SetIndex(index);
 123       extractFilter->SetExtractionRegion(desiredRegion);
 124       extractFilter->Update();
 125       tempImage = extractFilter->GetOutput();
 126       tempImage->DisconnectPipeline();
 127       extractFilter->Update();
 128       imageToVectorImageFilter->SetInput(nbSlice, tempImage);
 129     }
 130
 131     imageToVectorImageFilter->Update();
 132
 133     // Copy transform matrix
 134     imageToVectorImageFilter->GetOutput()->SetDirection(direction);
 135
 136     //Output
 137     writer->SetInput(imageToVectorImageFilter->GetOutput());
 138     writer->SetFileName(fileName);
 139     writer->Update();
 140   }
 141 }//end clitk
 142
 143 #endif //#define clitk4DImageToNVectorImageGenericFilter_txx