tools/clitkChangeImageInfoGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkChangeImageInfoGenericFilter_cxx
  19 #define clitkChangeImageInfoGenericFilter_cxx
  20
  21 #include "clitkChangeImageInfoGenericFilter.h"
  22
  23 // itk include
  24 #include <itkChangeInformationImageFilter.h>
  25
  26 namespace clitk
  27 {
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 ChangeImageInfoGenericFilter::ChangeImageInfoGenericFilter():
  31   ImageToImageGenericFilter<Self>("ChangeImageInfo")
  32 {
  33   InitializeImageType<2>();
  34   InitializeImageType<3>();
  35   InitializeImageType<4>();
  36 }
  37 //--------------------------------------------------------------------
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 template<unsigned int Dim>
  41 void ChangeImageInfoGenericFilter::InitializeImageType()
  42 {
  43   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47 //--------------------------------------------------------------------
  48 void ChangeImageInfoGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  49 {
  50   mArgsInfo=a;
  51   if (mArgsInfo.verbose_given)
  52     SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  53   if (mArgsInfo.imagetypes_given && mArgsInfo.imagetypes_flag)
  54     this->PrintAvailableImageTypes();
  55
  56   if (mArgsInfo.input_given) {
  57     SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  58   }
  59   if (mArgsInfo.output_given) {
  60     SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  61   }
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template<class InputImageType>
  69 void
  70 ChangeImageInfoGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  71 {
  72   // Reading input
  73   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  74
  75   // Main filter
  76   typedef typename itk::ChangeInformationImageFilter<InputImageType> CIIFType;
  77   typename CIIFType::Pointer ciif = CIIFType::New();
  78   const unsigned int Dimension = InputImageType::ImageDimension;
  79   ciif->SetInput(input);
  80
  81   // Direction
  82   ciif->SetChangeDirection(mArgsInfo.direction_given);
  83   if( ciif->GetChangeDirection() ) {
  84     if(mArgsInfo.direction_given != Dimension*Dimension) {
  85       std::cerr << "You must provide " << Dimension*Dimension
  86                 << " values for --direction."
  87                 << std::endl;
  88       exit(1);
  89     }
  90     typename InputImageType::DirectionType dir;
  91     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
  92       for(unsigned int j=0; j<Dimension; j++)
  93          dir[i][j] = mArgsInfo.direction_arg[i*Dimension+j];
  94     ciif->SetOutputDirection(dir);
  95   }
  96
  97   // Spacing
  98   ciif->SetChangeSpacing(mArgsInfo.spacing_given);
  99   if( ciif->GetChangeSpacing() ) {
 100     if(mArgsInfo.spacing_given != Dimension) {
 101       std::cerr << "You must provide " << Dimension
 102                 << " values for --spacing."
 103                 << std::endl;
 104       exit(1);
 105     }
 106     typename InputImageType::SpacingType spacing;
 107     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 108        spacing[i] = mArgsInfo.spacing_arg[i];
 109     ciif->SetOutputSpacing(spacing);
 110   }
 111
 112   // Origin
 113   ciif->SetChangeOrigin(mArgsInfo.origin_given);
 114   if( ciif->GetChangeOrigin() ) {
 115     if(mArgsInfo.origin_given != Dimension) {
 116       std::cerr << "You must provide " << Dimension
 117                 << " values for --origin."
 118                 << std::endl;
 119       exit(1);
 120     }
 121     typename InputImageType::PointType origin;
 122     for(unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
 123        origin[i] = mArgsInfo.origin_arg[i];
 124     ciif->SetOutputOrigin(origin);
 125   }
 126
 127   ciif->Update();
 128   this->template SetNextOutput<InputImageType>(ciif->GetOutput());
 129 }
 130 //--------------------------------------------------------------------
 131
 132 }//end clitk
 133
 134 #endif  //#define clitkChangeImageInfoGenericFilter_cxx