tools/clitkComposeVFGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef __clitkComposeVFGenericFilter_txx
  19 #define __clitkComposeVFGenericFilter_txx
  20 #include "clitkComposeVFGenericFilter.h"
  21
  22 #include "clitkConvertBLUTCoeffsToVFFilter.h"
  23
  24 namespace clitk
  25 {
  26
  27   template<unsigned int Dimension>
  28   void ComposeVFGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType)
  29   {
  30     if (PixelType=="double")
  31       {
  32         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
  33       }
  34     else
  35       {
  36         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  37       }
  38   }
  39
  40
  41   template<unsigned int Dimension, class PixelType>
  42   void ComposeVFGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  43   {
  44     typedef itk::Vector<PixelType, Dimension> DisplacementType;
  45     typedef itk::Image<DisplacementType, Dimension> ImageType;
  46     typename ImageType::Pointer input1, input2;
  47
  48     //Define the image type
  49     if (m_Type == 1) {
  50       typedef ConvertBLUTCoeffsToVFFilter<ImageType> VFFilterType;
  51       typename VFFilterType::Pointer vf_filter = VFFilterType::New();
  52       vf_filter->SetInputFileName(m_InputName1);
  53       vf_filter->SetLikeFileName(m_LikeImage);
  54       vf_filter->SetVerbose(m_Verbose);
  55       vf_filter->Update();
  56       input1 = vf_filter->GetOutput();
  57
  58       vf_filter->SetInputFileName(m_InputName2);
  59       vf_filter->Update();
  60       input2 = vf_filter->GetOutput();
  61     }
  62     else {
  63       //Read the input1
  64       typedef itk::ImageFileReader<ImageType> ImageReaderType;
  65       typename  ImageReaderType::Pointer reader1= ImageReaderType::New();
  66       reader1->SetFileName(m_InputName1);
  67       reader1->Update();
  68       input1 =reader1->GetOutput();
  69
  70       //Read the input2
  71       typename  ImageReaderType::Pointer reader2= ImageReaderType::New();
  72       reader2->SetFileName(m_InputName2);
  73       reader2->Update();
  74       input2=reader2->GetOutput();
  75     }
  76
  77       //Create the ComposeVFFilter
  78       typedef clitk::ComposeVFFilter<ImageType,ImageType> FilterType;
  79       typename FilterType::Pointer filter =FilterType::New();
  80       filter->SetInput1(input1);
  81       filter->SetInput2(input2);
  82       filter->SetVerbose(m_Verbose);
  83       filter->Update();
  84
  85       //Write the output
  86       typedef itk::ImageFileWriter<ImageType> WriterType;
  87       typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  88       writer->SetFileName(m_OutputName);
  89       writer->SetInput(filter->GetOutput());
  90       writer->Update();
  91
  92   }
  93 }
  94
  95 #endif