tools/clitkCropImageGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkCropImageGenericFilter_cxx
  19 #define clitkCropImageGenericFilter_cxx
  20
  21 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  22
  23 //-----------------------------------------------------------
  24 // Constructor
  25 //-----------------------------------------------------------
  26 clitk::CropImageGenericFilter::CropImageGenericFilter():
  27   ImageToImageGenericFilter<Self>("CropImage")
  28 {
  29   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo);
  30   InitializeImageType<2>();
  31   InitializeImageType<3>();
  32   InitializeImageType<4>();
  33 }
  34
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36 template<unsigned int Dim>
  37 void clitk::CropImageGenericFilter::InitializeImageType()
  38 {
  39   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  40   ADD_DEFAULT_VEC_IMAGE_TYPES;
  41 }
  42 //--------------------------------------------------------------------
  43
  44 //--------------------------------------------------------------------
  45 void clitk::CropImageGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_type& a)
  46 {
  47   mArgsInfo=a;
  48   SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  49   if (mArgsInfo.imagetypes_flag) this->PrintAvailableImageTypes();
  50   if (mArgsInfo.input_given)   AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  51   if (mArgsInfo.output_given)  AddOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  52 }
  53 //--------------------------------------------------------------------
  54
  55 //--------------------------------------------------------------------
  56 template <class ImageType>
  57 typename clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::ImagePointer
  58 clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::Do(args_info_type &argsInfo, ImagePointer input)
  59 {
  60   static const unsigned int PixelDimension = itk::PixelTraits<typename ImageType::PixelType>::Dimension;
  61   return this->Do(argsInfo, input, static_cast< PixelDimType<PixelDimension> *>(NULL) );
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 template <class ImageType>
  67 template<unsigned int Dim>
  68 typename clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::ImagePointer
  69 clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::Do(args_info_type &, ImagePointer, PixelDimType<Dim> *)
  70 {
  71   clitkExceptionMacro("Autocrop is not implemented for vector fields");
  72   return ITK_NULLPTR;
  73 }
  74 //--------------------------------------------------------------------
  75
  76 //--------------------------------------------------------------------
  77 template <class ImageType>
  78 typename clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::ImagePointer
  79 clitk::CropImageGenericFilter::AutoCrop<ImageType>::Do(args_info_type &argsInfo, ImagePointer input, PixelDimType<1> *)
  80 {
  81   if (argsInfo.boundingBox_given)
  82     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --boundingBox at the same time");
  83   if (argsInfo.lower_given)
  84     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --lower at the same time");
  85   if (argsInfo.upper_given)
  86     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --upper at the same time");
  87   typedef clitk::AutoCropFilter<ImageType> FilterType;
  88   typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
  89   filter->SetInput(input);
  90   filter->SetBackgroundValue(argsInfo.BG_arg);
  91   filter->Update();
  92   return filter->GetOutput();
  93 }
  94 //--------------------------------------------------------------------
  95
  96 //--------------------------------------------------------------------
  97 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  98 //--------------------------------------------------------------------
  99 template<class ImageType>
 100 void clitk::CropImageGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
 101 {
 102   // Reading input
 103   typename ImageType::Pointer input = this->template GetInput<ImageType>(0);
 104   typename ImageType::RegionType input_region = input->GetLargestPossibleRegion();
 105
 106   // Check options
 107   if (mArgsInfo.BG_given && mArgsInfo.like_given)
 108     clitkExceptionMacro("Do not use --BG and --like at the same time");
 109   if (mArgsInfo.updateOrigin_flag && !mArgsInfo.like_given)
 110     clitkExceptionMacro("Use --updateOrigin with --like");
 111
 112   // Prepare output
 113   typename ImageType::Pointer output;
 114
 115   // ------------------------------------------------
 116   if (mArgsInfo.BG_given) { // AutoCrop filter
 117     AutoCrop<ImageType> autoCrop;
 118     output = autoCrop.Do(mArgsInfo, input);
 119   }
 120   else {
 121     // ------------------------------------------------
 122     if (mArgsInfo.like_given) { // CropLike filter
 123     if (mArgsInfo.boundingBox_given)
 124       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --boundingBox at the same time");
 125     if (mArgsInfo.lower_given)
 126       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --lower at the same time");
 127     if (mArgsInfo.upper_given)
 128       clitkExceptionMacro("Do not use --like and --upper at the same time");
 129       typedef clitk::CropLikeImageFilter<ImageType> FilterType;
 130       typename FilterType::Pointer filter = FilterType::New();
 131       filter->SetInput(input);
 132       filter->SetCropLikeFilename(mArgsInfo.like_arg);
 133       filter->SetBackgroundValue(mArgsInfo.BGLike_arg);
 134       filter->Update();
 135       output = filter->GetOutput();
 136     }
 137     else {
 138       // ------------------------------------------------
 139       typename ImageType::SizeType lSize;
 140       typename ImageType::SizeType uSize;
 141       if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "input region " << input_region << std::endl;
 142       if (mArgsInfo.boundingBox_given) {
 143         for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++) {
 144           lSize[i] = mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i];
 145           uSize[i] = input_region.GetSize()[i]-mArgsInfo.boundingBox_arg[2*i+1]-1;
 146         }
 147       }
 148       else {
 149         if (mArgsInfo.lower_given) {
 150           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 151             lSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.lower_arg[i]);
 152         }
 153         else lSize.Fill(0);
 154         if (mArgsInfo.upper_given) {
 155           for(unsigned int i=0; i<ImageType::ImageDimension; i++)
 156             uSize[i]=static_cast<unsigned int >(mArgsInfo.upper_arg[i]);
 157         }
 158         else uSize.Fill(0);
 159       }
 160
 161       if (mArgsInfo.verbose_flag) {
 162         std::cout << "lower " << lSize << " upper " << uSize << std::endl;
 163       }
 164
 165       typedef  itk::CropImageFilter<ImageType, ImageType> CropImageFilterType;
 166       typename CropImageFilterType::Pointer filter=CropImageFilterType::New();
 167       filter->SetInput(input);
 168       filter->SetLowerBoundaryCropSize(lSize);
 169       filter->SetUpperBoundaryCropSize(uSize);
 170       filter->Update();
 171       output = filter->GetOutput();
 172     }
 173   }
 174
 175   // Force origin if needed
 176   if (mArgsInfo.origin_flag) {
 177     typename ImageType::PointType origin;
 178     origin.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 179     output->SetOrigin(origin);
 180   }
 181
 182   // adjust image origin and force index to zero
 183   typename ImageType::RegionType region = output->GetLargestPossibleRegion();
 184   typename ImageType::IndexType index = region.GetIndex();
 185   typename ImageType::PointType origin = output->GetOrigin();
 186   typename ImageType::SpacingType spacing = output->GetSpacing();
 187   if (!mArgsInfo.BG_given && (!mArgsInfo.like_given || mArgsInfo.updateOrigin_flag)) {
 188     if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "origin before crop " << origin << std::endl;
 189     input->TransformIndexToPhysicalPoint(index,origin);
 190     if (mArgsInfo.verbose_flag) std::cout << "origin after crop " << origin << std::endl;
 191     output->SetOrigin(origin);
 192   }
 193
 194   index.Fill(itk::NumericTraits<double>::Zero);
 195   region.SetIndex(index);
 196   output->SetRegions(region);
 197
 198   // Write/Save results
 199   this->template SetNextOutput<ImageType>(output);
 200 }
 201 //--------------------------------------------------------------------
 202
 203 #endif  //#define clitkCropImageGenericFilter_cxx