tools/clitkExtrudeGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkExtrudeGenericFilter_txx
  19 #define clitkExtrudeGenericFilter_txx
  20
  21 // itk include
  22 #include <itkImageFileReader.h>
  23 #include <clitkCommon.h>
  24
  25 namespace clitk
  26 {
  27
  28 //--------------------------------------------------------------------
  29 template<class args_info_type>
  30 ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::ExtrudeGenericFilter():
  31   ImageToImageGenericFilter<Self>("Extrude")
  32 {
  33   InitializeImageType<2>();
  34   InitializeImageType<3>();
  35 }
  36 //--------------------------------------------------------------------
  37
  38
  39 //--------------------------------------------------------------------
  40 template<class args_info_type>
  41 template<unsigned int Dim>
  42 void ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  43 {
  44   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  45 }
  46 //--------------------------------------------------------------------
  47
  48
  49 //--------------------------------------------------------------------
  50 template<class args_info_type>
  51 void ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  52 {
  53   mArgsInfo=a;
  54   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  55
  56   if (mArgsInfo.input_given) {
  57     this->SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  58   }
  59   if (mArgsInfo.output_given) {
  60     this->SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  61   }
  62 }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65 //--------------------------------------------------------------------
  66 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  67 //--------------------------------------------------------------------
  68 template<class args_info_type>
  69 template<class InputImageType>
  70 void
  71 ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  72 {
  73
  74   // Reading input
  75   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  76
  77   // Main filter
  78   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  79   const int Dim = InputImageType::ImageDimension;
  80   typedef itk::Image<PixelType,Dim> ImageType;
  81   typedef itk::Image<PixelType,Dim+1> OutputImageType;
  82
  83   //Create the output
  84   typename OutputImageType::IndexType start;
  85   typename OutputImageType::SizeType size;
  86   typename OutputImageType::PointType origin;
  87   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  88   typename OutputImageType::DirectionType direction;
  89   typename OutputImageType::Pointer output = OutputImageType::New();
  90
  91   start.Fill(0);
  92
  93   //Check if like is given and not size, origin and spacing
  94   int extrusionSize(1);
  95   double extrusionOrigin(0.0), extrusionSpacing(1.0);
  96
  97   if (mArgsInfo.like_given) {
  98     if (mArgsInfo.size_given || mArgsInfo.spacing_given || mArgsInfo.origin_given) {
  99       std::cerr << "You cannot set --like and --size, --origin or --spacing at the same time" << std::endl;
 100       return;
 101     }
 102
 103     // Read the input like image
 104     typedef itk::ImageFileReader<OutputImageType> LikeReaderType;
 105     typename LikeReaderType::Pointer reader = LikeReaderType::New();
 106     reader->SetFileName(mArgsInfo.like_arg);
 107     reader->Update();
 108     typename OutputImageType::Pointer likeImage = reader->GetOutput();
 109
 110     extrusionSize = likeImage->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[Dim];
 111     extrusionSpacing = likeImage->GetSpacing()[Dim];
 112     extrusionOrigin = likeImage->GetOrigin()[Dim];
 113   } else {
 114     if (mArgsInfo.size_given) {
 115       if (mArgsInfo.size_arg > 0)
 116         extrusionSize = mArgsInfo.size_arg;
 117       else {
 118         std::cerr << "The size has to be > 0" << std::endl;
 119         return;
 120       }
 121     }
 122     if (mArgsInfo.origin_given) {
 123       extrusionOrigin = mArgsInfo.origin_arg;
 124     }
 125     if (mArgsInfo.spacing_given) {
 126       if (mArgsInfo.spacing_arg > 0)
 127         extrusionSpacing = mArgsInfo.spacing_arg;
 128       else {
 129         std::cerr << "The spacing has to be > 0" << std::endl;
 130         return;
 131       }
 132     }
 133   }
 134
 135   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 136     size[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i];
 137   size[Dim] = extrusionSize;
 138
 139   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 140     origin[i] = input->GetOrigin()[i];
 141   if (mArgsInfo.origin_given)
 142     origin[Dim] = mArgsInfo.origin_arg;
 143   else
 144     origin[Dim] = 0;
 145
 146   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 147     spacing[i] = input->GetSpacing()[i];
 148   if (mArgsInfo.spacing_given)
 149     spacing[Dim] = mArgsInfo.spacing_arg;
 150   else
 151     spacing[Dim] = 1;
 152
 153   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i) {
 154     for (unsigned int j=0; j<Dim; ++j)
 155       direction[i][j] = input->GetDirection()[i][j];
 156     direction[i][Dim] = 0;
 157   }
 158   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 159     direction[Dim][i] = 0;
 160   direction[Dim][Dim] = 1;
 161
 162   typename OutputImageType::RegionType region(start, size);
 163   output->SetRegions(region);
 164   output->Allocate();
 165   output->FillBuffer(0);
 166   output->SetOrigin(origin);
 167   output->SetSpacing(spacing);
 168   output->SetDirection(direction);
 169
 170   itk::ImageRegionIteratorWithIndex<InputImageType> inputIterator(input, input->GetLargestPossibleRegion());
 171   while(!inputIterator.IsAtEnd()) {
 172     typename OutputImageType::IndexType pixelIndex;
 173     for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 174       pixelIndex[i] = inputIterator.GetIndex()[i];
 175     for (unsigned int i=0; i<extrusionSize; ++i) {
 176       pixelIndex[Dim] = i;
 177       output->SetPixel(pixelIndex, inputIterator.Get());
 178     }
 179     ++inputIterator;
 180   }
 181
 182   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 183
 184 }
 185 //--------------------------------------------------------------------
 186
 187
 188 }//end clitk
 189
 190 #endif //#define clitkExtrudeGenericFilter_txx