tools/clitkExtrudeGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkExtrudeGenericFilter_txx
  19 #define clitkExtrudeGenericFilter_txx
  20
  21 // itk include
  22 #include <clitkCommon.h>
  23
  24 namespace clitk
  25 {
  26
  27 //--------------------------------------------------------------------
  28 template<class args_info_type>
  29 ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::ExtrudeGenericFilter():
  30   ImageToImageGenericFilter<Self>("Extrude")
  31 {
  32   InitializeImageType<2>();
  33   InitializeImageType<3>();
  34 }
  35 //--------------------------------------------------------------------
  36
  37
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39 template<class args_info_type>
  40 template<unsigned int Dim>
  41 void ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  42 {
  43   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  44 }
  45 //--------------------------------------------------------------------
  46
  47
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49 template<class args_info_type>
  50 void ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  51 {
  52   mArgsInfo=a;
  53   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  54
  55   if (mArgsInfo.input_given) {
  56     this->SetInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  57   }
  58   if (mArgsInfo.output_given) {
  59     this->SetOutputFilename(mArgsInfo.output_arg);
  60   }
  61 }
  62 //--------------------------------------------------------------------
  63
  64 //--------------------------------------------------------------------
  65 // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template<class args_info_type>
  68 template<class InputImageType>
  69 void
  70 ExtrudeGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  71 {
  72
  73   // Reading input
  74   typename InputImageType::Pointer input = this->template GetInput<InputImageType>(0);
  75
  76   // Main filter
  77   typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
  78   const int Dim = InputImageType::ImageDimension;
  79   typedef itk::Image<PixelType,Dim> ImageType;
  80   typedef itk::Image<PixelType,Dim+1> OutputImageType;
  81
  82   //Create the output
  83   typename OutputImageType::IndexType start;
  84   typename OutputImageType::SizeType size;
  85   typename OutputImageType::PointType origin;
  86   typename OutputImageType::SpacingType spacing;
  87   typename OutputImageType::DirectionType direction;
  88   typename OutputImageType::Pointer output = OutputImageType::New();
  89
  90   start.Fill(0);
  91
  92   int extrusionSize(1);
  93   if (mArgsInfo.size_given) {
  94     if (mArgsInfo.size_arg > 0)
  95       extrusionSize = mArgsInfo.size_arg;
  96     else {
  97       std::cerr << "The size has to be > 0" << std::endl;
  98       return;
  99     }
 100   }
 101
 102   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 103     size[i] = input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[i];
 104   size[Dim] = extrusionSize;
 105
 106   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 107     origin[i] = input->GetOrigin()[i];
 108   if (mArgsInfo.origin_given)
 109     origin[Dim] = mArgsInfo.origin_arg;
 110   else
 111     origin[Dim] = 0;
 112
 113   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 114     spacing[i] = input->GetSpacing()[i];
 115   if (mArgsInfo.spacing_given)
 116     spacing[Dim] = mArgsInfo.spacing_arg;
 117   else
 118     spacing[Dim] = 1;
 119
 120   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i) {
 121     for (unsigned int j=0; j<Dim; ++j)
 122       direction[i][j] = input->GetDirection()[i][j];
 123     direction[i][Dim] = 0;
 124   }
 125   for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 126     direction[Dim][i] = 0;
 127   direction[Dim][Dim] = 1;
 128
 129   typename OutputImageType::RegionType region(start, size);
 130   output->SetRegions(region);
 131   output->Allocate();
 132   output->FillBuffer(0);
 133   output->SetOrigin(origin);
 134   output->SetSpacing(spacing);
 135   output->SetDirection(direction);
 136
 137   itk::ImageRegionIteratorWithIndex<InputImageType> inputIterator(input, input->GetLargestPossibleRegion());
 138   while(!inputIterator.IsAtEnd()) {
 139     typename OutputImageType::IndexType pixelIndex;
 140     for (unsigned int i=0; i<Dim; ++i)
 141       pixelIndex[i] = inputIterator.GetIndex()[i];
 142     for (unsigned int i=0; i<extrusionSize; ++i) {
 143       pixelIndex[Dim] = i;
 144       output->SetPixel(pixelIndex, inputIterator.Get());
 145     }
 146     ++inputIterator;
 147   }
 148
 149   this->template SetNextOutput<OutputImageType>(output);
 150
 151 }
 152 //--------------------------------------------------------------------
 153
 154
 155 }//end clitk
 156
 157 #endif //#define clitkExtrudeGenericFilter_txx