tools/clitkImage2DicomGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkImage2DicomGenericFilter_h
  19 #define clitkImage2DicomGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkImage2DicomGenericFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkImageCommon.h"
  34 #include "clitkImage2Dicom_ggo.h"
  35
  36 //itk include
  37 #include "itkLightObject.h"
  38 #include "itkGDCMImageIO.h"
  39 #include "itkMetaDataDictionary.h"
  40 #include "itkGDCMSeriesFileNames.h"
  41 #include "itkImageSeriesReader.h"
  42 #include "itkImageSeriesWriter.h"
  43 #include <vector>
  44 #include <itksys/SystemTools.hxx>
  45
  46 #include "itkImage.h"
  47 #include "itkMinimumMaximumImageFilter.h"
  48
  49 #include "itkGDCMImageIO.h"
  50 #include "itkGDCMSeriesFileNames.h"
  51 #include "itkNumericSeriesFileNames.h"
  52
  53 #include "itkImageSeriesReader.h"
  54 #include "itkImageSeriesWriter.h"
  55
  56 #include "itkResampleImageFilter.h"
  57
  58 #if ( ( ITK_VERSION_MAJOR == 4 ) && ( ITK_VERSION_MINOR < 6 ) )
  59 #include "itkShiftScaleImageFilter.h"
  60 #endif
  61
  62 #include "itkIdentityTransform.h"
  63 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  64
  65 #include <itksys/SystemTools.hxx>
  66
  67 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
  68 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  69 #else
  70 #include "gdcm/src/gdcmFile.h"
  71 #include "gdcm/src/gdcmUtil.h"
  72 #endif
  73
  74 #include <string>
  75 #include <sstream>
  76
  77 namespace clitk
  78 {
  79   template<class args_info_type>
  80   class ITK_EXPORT Image2DicomGenericFilter : public itk::LightObject
  81   {
  82   public:
  83     //----------------------------------------
  84     // ITK
  85     //----------------------------------------
  86     typedef Image2DicomGenericFilter                   Self;
  87     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  88     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  89     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  90
  91     // Method for creation through the object factory
  92     itkNewMacro(Self);
  93
  94     // Run-time type information (and related methods)
  95     itkTypeMacro( Image2DicomGenericFilter, LightObject );
  96
  97
  98     //----------------------------------------
  99     // Typedefs
 100     //----------------------------------------
 101
 102
 103     //----------------------------------------
 104     // Set & Get
 105     //----------------------------------------
 106     void SetArgsInfo(const args_info_type & a)
 107     {
 108       m_ArgsInfo=a;
 109       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
 110       m_InputFileName=m_ArgsInfo.input_arg;
 111     }
 112
 113
 114     //----------------------------------------
 115     // Update
 116     //----------------------------------------
 117     void Update();
 118
 119   protected:
 120
 121     //----------------------------------------
 122     // Constructor & Destructor
 123     //----------------------------------------
 124     Image2DicomGenericFilter();
 125     ~Image2DicomGenericFilter() {};
 126
 127
 128     //void CopyDictionary (itk::MetaDataDictionary &fromDict, itk::MetaDataDictionary &toDict);
 129     //----------------------------------------
 130     // Templated members
 131     //----------------------------------------
 132     template <unsigned int inputDimension, unsigned int outputDimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 133     template <unsigned int inputDimension, unsigned int outputDimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 134
 135
 136      //----------------------------------------
 137     // Data members
 138     //----------------------------------------
 139     args_info_type m_ArgsInfo;
 140     bool m_Verbose;
 141     std::string m_InputFileName;
 142
 143   };
 144
 145
 146 } // end namespace clitk
 147
 148 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 149 #include "clitkImage2DicomGenericFilter.txx"
 150 #endif
 151
 152 #endif // #define clitkImage2DicomGenericFilter_h