tools/clitkImageConvertGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_H
  19 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_H
  20 /**
  21  ===================================================================
  22  * @file   clitkImageConvertGenericFilter.h
  23  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   05 May 2008 10:40:24
  25
  26  * @brief
  27
  28  ===================================================================*/
  29
  30 // clitk include
  31 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  32
  33 // itk include
  34 #include "itkCastImageFilter.h"
  35 #include "itkVectorCastImageFilter.h"
  36
  37
  38 namespace clitk {
  39
  40   template <class TPixel>
  41   class ImageConvertTraits
  42   {
  43   public:
  44     enum { IS_VECTOR = false };
  45     ImageConvertTraits() {
  46       TPixel p = "SCALAR";
  47     }
  48   };
  49
  50   template < class TPixel, unsigned int Comp >
  51   class ImageConvertTraits< itk::Vector<TPixel, Comp> >
  52   {
  53   public:
  54     enum { IS_VECTOR = true };
  55   };
  56
  57   class ImageConvertGenericFilter:
  58     public clitk::ImageToImageGenericFilter<ImageConvertGenericFilter> {
  59
  60   public:
  61     // constructor - destructor
  62     ImageConvertGenericFilter();
  63
  64     // Types
  65     typedef ImageConvertGenericFilter     Self;
  66     typedef itk::SmartPointer<Self>       Pointer;
  67     typedef itk::SmartPointer<const Self> ConstPointer;
  68
  69     // New
  70     itkNewMacro(Self);
  71
  72     // Members functions
  73     std::string GetInputPixelTypeName() { return m_PixelTypeName; }
  74     std::string GetOutputPixelTypeName() { return mOutputPixelTypeName; }
  75     void SetOutputPixelType(std::string p) { mOutputPixelTypeName = p; }
  76     void SetVV(bool b) { mVV = b; }
  77     void SetNoNiiMeta(bool b) { mNoNiiMeta = b; }
  78     bool IsWarningOccur() { return mWarningOccur; }
  79     std::string & GetWarning() { return mWarning; }
  80     void EnableDisplayWarning(bool b) { mDisplayWarning = b; }
  81     void SetCorrectNegativeSpacingFlag(bool b) { mCorrectNegativeSpacingFlag = b; }
  82
  83     //--------------------------------------------------------------------
  84     // Main function called each time the filter is updated
  85     template<class InputImageType>
  86     void UpdateWithInputImageType();
  87
  88     template<class PixelType, class OutputPixelType>
  89     void CheckTypes(std::string inType, std::string outType);
  90
  91   protected:
  92
  93     template<unsigned int Dim> void InitializeImageType();
  94     std::string mOutputPixelTypeName;
  95     std::string mWarning;
  96     bool mWarningOccur;
  97     bool mDisplayWarning;
  98     bool mVV;
  99     bool mNoNiiMeta;
 100     bool mCorrectNegativeSpacingFlag;
 101
 102   private:
 103     template <class InputImageType, bool isVector>
 104     class UpdateWithSelectiveOutputType
 105     {
 106     public:
 107       static bool Run(ImageConvertGenericFilter& filter, std::string outputPixelType)
 108       {
 109           if (IsSameType<char>(outputPixelType))
 110             UpdateWithOutputType<char>(filter);
 111           else if (IsSameType<uchar>(outputPixelType))
 112             UpdateWithOutputType<uchar>(filter);
 113           else if (IsSameType<short>(outputPixelType))
 114             UpdateWithOutputType<short>(filter);
 115           else if (IsSameType<ushort>(outputPixelType))
 116             UpdateWithOutputType<ushort>(filter);
 117           else if (IsSameType<int>(outputPixelType))
 118             UpdateWithOutputType<int>(filter);
 119           else if (IsSameType<float>(outputPixelType))
 120             UpdateWithOutputType<float>(filter);
 121           else if (IsSameType<double>(outputPixelType))
 122             UpdateWithOutputType<double>(filter);
 123           else
 124           {
 125             std::string list = CreateListOfTypes<float, double>();
 126             std::cerr << "Error, I don't know the vector output type '" << outputPixelType
 127                       << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
 128             return false;
 129           }
 130
 131           return true;
 132       }
 133
 134     private:
 135
 136       template <class OutputPixelType>
 137       static void UpdateWithOutputType(ImageConvertGenericFilter& filter)
 138       {
 139         // Read
 140         typename InputImageType::Pointer input =filter.template GetInput<InputImageType>(0);
 141
 142         // Typedef
 143         typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 144
 145         // Warning
 146         filter.CheckTypes<PixelType, OutputPixelType>(filter.GetInputPixelTypeName(), filter.GetOutputPixelTypeName());
 147
 148         // Cast
 149         typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 150         typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 151         typename FilterType::Pointer cast_filter = FilterType::New();
 152         cast_filter->SetInput(input);
 153         cast_filter->Update();
 154
 155         // Write
 156         filter.SetNextOutput<OutputImageType>(cast_filter->GetOutput());
 157       }
 158     };
 159
 160     template <class InputImageType>
 161     class UpdateWithSelectiveOutputType<InputImageType, true>
 162     {
 163     public:
 164       static bool Run(ImageConvertGenericFilter& filter, std::string outputPixelType)
 165       {
 166         /*
 167         // RP: future conversions?
 168         if (IsSameType<char>(outputPixelType))
 169           UpdateWithOutputVectorType<char>();
 170         else if (IsSameType<uchar>(outputPixelType))
 171           UpdateWithOutputVectorType<uchar>();
 172         else if (IsSameType<short>(outputPixelType))
 173           UpdateWithOutputVectorType<short>();
 174         else if (IsSameType<ushort>(outputPixelType))
 175           UpdateWithOutputVectorType<ushort>();
 176         else if (IsSameType<int>(outputPixelType))
 177           UpdateWithOutputVectorType<int>();
 178         else
 179           */
 180         if (IsSameType<float>(outputPixelType))
 181           UpdateWithOutputVectorType<float>(filter);
 182         else if (IsSameType<double>(outputPixelType))
 183           UpdateWithOutputVectorType<double>(filter);
 184         else
 185         {
 186           std::string list = CreateListOfTypes<float, double>();
 187           std::cerr << "Error, I don't know the vector output type '" << outputPixelType
 188                     << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
 189           return false;
 190         }
 191
 192         return true;
 193       }
 194
 195     private:
 196
 197       template <class OutputPixelType>
 198       static void UpdateWithOutputVectorType(ImageConvertGenericFilter& filter)
 199       {
 200         // Read
 201         typename InputImageType::Pointer input =filter.template GetInput<InputImageType>(0);
 202
 203         // Typedef
 204         typedef typename InputImageType::PixelType::ValueType PixelType;
 205
 206         // Warning
 207         filter.CheckTypes<PixelType, OutputPixelType>(filter.GetInputPixelTypeName(), filter.GetOutputPixelTypeName());
 208
 209         // Cast
 210         typedef itk::Image<itk::Vector<OutputPixelType, InputImageType::PixelType::Dimension>, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 211         typedef itk::VectorCastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 212         typename FilterType::Pointer cast_filter = FilterType::New();
 213         cast_filter->SetInput(input);
 214         cast_filter->Update();
 215
 216         // Write
 217         filter.SetNextOutput<OutputImageType>(cast_filter->GetOutput());
 218       }
 219     };
 220   }; // end class ImageConvertGenericFilter
 221
 222 //#include "clitkImageConvertGenericFilter.txx"
 223
 224 } // end namespace
 225
 226 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_H */