tools/clitkImageConvertGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_H
  19 #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_H
  20 /**
  21  ===================================================================
  22  * @file   clitkImageConvertGenericFilter.h
  23  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   05 May 2008 10:40:24
  25
  26  * @brief
  27
  28  ===================================================================*/
  29
  30 // clitk include
  31 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  32
  33 // itk include
  34 #include "itkCastImageFilter.h"
  35 #if ( ITK_VERSION_MAJOR < 5 )
  36 #include "itkVectorCastImageFilter.h"
  37 #endif
  38
  39
  40 namespace clitk {
  41
  42   template <class TPixel>
  43   class ImageConvertTraits
  44   {
  45   public:
  46     enum { IS_VECTOR = false };
  47     ImageConvertTraits() {
  48       TPixel p = "SCALAR";
  49     }
  50   };
  51
  52   template < class TPixel, unsigned int Comp >
  53   class ImageConvertTraits< itk::Vector<TPixel, Comp> >
  54   {
  55   public:
  56     enum { IS_VECTOR = true };
  57   };
  58
  59   class ImageConvertGenericFilter:
  60     public clitk::ImageToImageGenericFilter<ImageConvertGenericFilter> {
  61
  62   public:
  63     // constructor - destructor
  64     ImageConvertGenericFilter();
  65
  66     // Types
  67     typedef ImageConvertGenericFilter     Self;
  68     typedef itk::SmartPointer<Self>       Pointer;
  69     typedef itk::SmartPointer<const Self> ConstPointer;
  70
  71     // New
  72     itkNewMacro(Self);
  73
  74     // Members functions
  75     std::string GetInputPixelTypeName() { return m_PixelTypeName; }
  76     std::string GetOutputPixelTypeName() { return mOutputPixelTypeName; }
  77     void SetOutputPixelType(std::string p) { mOutputPixelTypeName = p; }
  78     void SetVV(bool b) { mVV = b; }
  79     void SetNoNiiMeta(bool b) { mNoNiiMeta = b; }
  80     bool IsWarningOccur() { return mWarningOccur; }
  81     std::string & GetWarning() { return mWarning; }
  82     void EnableDisplayWarning(bool b) { mDisplayWarning = b; }
  83     void SetCorrectNegativeSpacingFlag(bool b) { mCorrectNegativeSpacingFlag = b; }
  84
  85     //--------------------------------------------------------------------
  86     // Main function called each time the filter is updated
  87     template<class InputImageType>
  88     void UpdateWithInputImageType();
  89
  90     template<class PixelType, class OutputPixelType>
  91     void CheckTypes(std::string inType, std::string outType);
  92
  93   protected:
  94
  95     template<unsigned int Dim> void InitializeImageType();
  96     std::string mOutputPixelTypeName;
  97     std::string mWarning;
  98     bool mWarningOccur;
  99     bool mDisplayWarning;
 100     bool mVV;
 101     bool mNoNiiMeta;
 102     bool mCorrectNegativeSpacingFlag;
 103
 104   private:
 105     template <class InputImageType, bool isVector>
 106     class UpdateWithSelectiveOutputType
 107     {
 108     public:
 109       static bool Run(ImageConvertGenericFilter& filter, std::string outputPixelType)
 110       {
 111           if (IsSameType<char>(outputPixelType))
 112             UpdateWithOutputType<char>(filter);
 113           else if (IsSameType<uchar>(outputPixelType))
 114             UpdateWithOutputType<uchar>(filter);
 115           else if (IsSameType<short>(outputPixelType))
 116             UpdateWithOutputType<short>(filter);
 117           else if (IsSameType<ushort>(outputPixelType))
 118             UpdateWithOutputType<ushort>(filter);
 119           else if (IsSameType<int>(outputPixelType))
 120             UpdateWithOutputType<int>(filter);
 121           else if (IsSameType<float>(outputPixelType))
 122             UpdateWithOutputType<float>(filter);
 123           else if (IsSameType<double>(outputPixelType))
 124             UpdateWithOutputType<double>(filter);
 125           else
 126           {
 127             std::string list = CreateListOfTypes<float, double>();
 128             std::cerr << "Error, I don't know the vector output type '" << outputPixelType
 129                       << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
 130             return false;
 131           }
 132
 133           return true;
 134       }
 135
 136     private:
 137
 138       template <class OutputPixelType>
 139       static void UpdateWithOutputType(ImageConvertGenericFilter& filter)
 140       {
 141         // Read
 142         typename InputImageType::Pointer input =filter.template GetInput<InputImageType>(0);
 143
 144         // Typedef
 145         typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 146
 147         // Warning
 148         filter.CheckTypes<PixelType, OutputPixelType>(filter.GetInputPixelTypeName(), filter.GetOutputPixelTypeName());
 149
 150         // Cast
 151         typedef itk::Image<OutputPixelType,InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 152         typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 153         typename FilterType::Pointer cast_filter = FilterType::New();
 154         cast_filter->SetInput(input);
 155         cast_filter->Update();
 156
 157         // Write
 158         filter.SetNextOutput<OutputImageType>(cast_filter->GetOutput());
 159       }
 160     };
 161
 162     template <class InputImageType>
 163     class UpdateWithSelectiveOutputType<InputImageType, true>
 164     {
 165     public:
 166       static bool Run(ImageConvertGenericFilter& filter, std::string outputPixelType)
 167       {
 168         /*
 169         // RP: future conversions?
 170         if (IsSameType<char>(outputPixelType))
 171           UpdateWithOutputVectorType<char>();
 172         else if (IsSameType<uchar>(outputPixelType))
 173           UpdateWithOutputVectorType<uchar>();
 174         else if (IsSameType<short>(outputPixelType))
 175           UpdateWithOutputVectorType<short>();
 176         else if (IsSameType<ushort>(outputPixelType))
 177           UpdateWithOutputVectorType<ushort>();
 178         else if (IsSameType<int>(outputPixelType))
 179           UpdateWithOutputVectorType<int>();
 180         else
 181           */
 182         if (IsSameType<float>(outputPixelType))
 183           UpdateWithOutputVectorType<float>(filter);
 184         else if (IsSameType<double>(outputPixelType))
 185           UpdateWithOutputVectorType<double>(filter);
 186         else
 187         {
 188           std::string list = CreateListOfTypes<float, double>();
 189           std::cerr << "Error, I don't know the vector output type '" << outputPixelType
 190                     << "'. " << std::endl << "Known types are " << list << "." << std::endl;
 191           return false;
 192         }
 193
 194         return true;
 195       }
 196
 197     private:
 198
 199       template <class OutputPixelType>
 200       static void UpdateWithOutputVectorType(ImageConvertGenericFilter& filter)
 201       {
 202         // Read
 203         typename InputImageType::Pointer input =filter.template GetInput<InputImageType>(0);
 204
 205         // Typedef
 206         typedef typename InputImageType::PixelType::ValueType PixelType;
 207
 208         // Warning
 209         filter.CheckTypes<PixelType, OutputPixelType>(filter.GetInputPixelTypeName(), filter.GetOutputPixelTypeName());
 210
 211         // Cast
 212         typedef itk::Image<itk::Vector<OutputPixelType, InputImageType::PixelType::Dimension>, InputImageType::ImageDimension> OutputImageType;
 213 #if ( ITK_VERSION_MAJOR < 5 )
 214         typedef itk::VectorCastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 215 #else
 216         typedef itk::CastImageFilter<InputImageType, OutputImageType> FilterType;
 217 #endif
 218         typename FilterType::Pointer cast_filter = FilterType::New();
 219         cast_filter->SetInput(input);
 220         cast_filter->Update();
 221
 222         // Write
 223         filter.SetNextOutput<OutputImageType>(cast_filter->GetOutput());
 224       }
 225     };
 226   }; // end class ImageConvertGenericFilter
 227
 228 //#include "clitkImageConvertGenericFilter.txx"
 229
 230 } // end namespace
 231
 232 #endif /* end #define CLITKIMAGECONVERTGENERICFILTER_H */