tools/clitkMergeSequenceGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef __clitkMergeSequenceGenericFilter_txx
  19 #define __clitkMergeSequenceGenericFilter_txx
  20 #include "clitkMergeSequenceGenericFilter.h"
  21
  22
  23 namespace clitk
  24 {
  25   template<unsigned int Dimension>
  26   void MergeSequenceGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  27   {
  28
  29     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  30
  31     if (Components==1)
  32       {
  33         if(PixelType == "short"){
  34           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  35           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  36         }
  37         //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  38         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  39         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  40         //     }
  41
  42         else if (PixelType == "unsigned_char"){
  43           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  44           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  45         }
  46
  47         //     else if (PixelType == "char"){
  48         //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  49         //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  50         //     }
  51         else {
  52           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  53           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  54         }
  55       }
  56
  57     else if (Components==3)
  58       {
  59         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  60         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  61       }
  62
  63     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  64
  65   }
  66
  67
  68   template<unsigned int Dimension, class PixelType >
  69   void MergeSequenceGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  70   {
  71
  72     //Define the input and output image type
  73     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  74     typedef itk::Image<PixelType, Dimension+1> OutputImageType;
  75
  76     //Read the input image series
  77     typedef itk::ImageSeriesReader<OutputImageType> ImageReaderType;
  78     typename  ImageReaderType::Pointer reader= ImageReaderType::New();
  79     reader->SetFileNames(m_InputNames);
  80     reader->Update();
  81     typename OutputImageType::Pointer image =reader->GetOutput();
  82
  83     //Set the spacing
  84     typename OutputImageType::SpacingType spacing=image->GetSpacing();
  85     spacing[Dimension]=m_Spacing;
  86     image->SetSpacing(spacing);
  87
  88     //Write the output
  89     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  90     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  91     writer->SetFileName(m_OutputName);
  92     writer->SetInput(reader->GetOutput());
  93     writer->Update();
  94
  95   }
  96
  97
  98 }
  99
 100 #endif
 101