tools/clitkMergeSequenceGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef __clitkMergeSequenceGenericFilter_txx
  19 #define __clitkMergeSequenceGenericFilter_txx
  20 #include "clitkMergeSequenceGenericFilter.h"
  21
  22
  23 namespace clitk
  24 {
  25   template<unsigned int Dimension>
  26   void MergeSequenceGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, unsigned int Components)
  27   {
  28
  29     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  30
  31     if (Components==1) {
  32       if(PixelType == "short") {
  33         if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  34         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  35       } else if(PixelType == "unsigned_short") {
  36          if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  37          UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  38       } else if (PixelType == "unsigned_char") {
  39         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  40         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  41       } else if (PixelType == "char"){
  42         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  43         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  44       } else if(PixelType == "double"){
  45         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and double..." << std::endl;
  46         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, double>();
  47       } else {
  48         if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  49         UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  50       }
  51     } else if (Components==3) {
  52       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float (DVF)" << std::endl;
  53       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float, 3> >();
  54     } else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  55   }
  56
  57
  58   template<unsigned int Dimension, class PixelType >
  59   void MergeSequenceGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  60   {
  61
  62     //Define the input and output image type
  63     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  64     typedef itk::Image<PixelType, Dimension+1> OutputImageType;
  65
  66     //Read the input image series
  67     typedef itk::ImageSeriesReader<OutputImageType> ImageReaderType;
  68     typename  ImageReaderType::Pointer reader= ImageReaderType::New();
  69     reader->SetFileNames(m_InputNames);
  70     reader->Update();
  71     typename OutputImageType::Pointer image =reader->GetOutput();
  72
  73     //Set the spacing
  74     typename OutputImageType::SpacingType spacing=image->GetSpacing();
  75     spacing[Dimension]=m_Spacing;
  76     image->SetSpacing(spacing);
  77
  78     //Write the output
  79     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
  80     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
  81     writer->SetFileName(m_OutputName);
  82     writer->SetInput(reader->GetOutput());
  83     writer->Update();
  84
  85   }
  86
  87
  88 }
  89
  90 #endif
  91