tools/clitkRTStructStatisticsGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKRTSTRUCTSTATISTICSGENERICFILTER_TXX
  19 #define CLITKRTSTRUCTSTATISTICSGENERICFILTER_TXX
  20
  21 #include "clitkImageCommon.h"
  22
  23 #include "itkConnectedComponentImageFilter.h"
  24 #include "itkLabelImageToShapeLabelMapFilter.h"
  25
  26 namespace clitk
  27 {
  28
  29 //--------------------------------------------------------------------
  30 template<class args_info_type>
  31 RTStructStatisticsGenericFilter<args_info_type>::RTStructStatisticsGenericFilter()
  32   :ImageToImageGenericFilter<Self>("RTStructStatisticsGenericFilter")
  33 {
  34   InitializeImageType<2>();
  35   InitializeImageType<3>();
  36   InitializeImageType<4>();
  37 }
  38 //--------------------------------------------------------------------
  39
  40
  41 //--------------------------------------------------------------------
  42 template<class args_info_type>
  43 template<unsigned int Dim>
  44 void RTStructStatisticsGenericFilter<args_info_type>::InitializeImageType()
  45 {
  46   ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(Dim);
  47 }
  48 //--------------------------------------------------------------------
  49
  50
  51 //--------------------------------------------------------------------
  52 template<class args_info_type>
  53 void RTStructStatisticsGenericFilter<args_info_type>::SetArgsInfo(const args_info_type & a)
  54 {
  55   mArgsInfo=a;
  56
  57   // Set value
  58   this->SetIOVerbose(mArgsInfo.verbose_flag);
  59
  60   if (mArgsInfo.input_given) this->AddInputFilename(mArgsInfo.input_arg);
  61
  62   }
  63 //--------------------------------------------------------------------
  64
  65
  66 //--------------------------------------------------------------------
  67 template<class args_info_type>
  68 template<class ImageType>
  69 void RTStructStatisticsGenericFilter<args_info_type>::UpdateWithInputImageType()
  70 {
  71   // Read mask input
  72   typedef itk::Image<unsigned char, ImageType::ImageDimension> MaskInputImageType;
  73   typename MaskInputImageType::Pointer mask;
  74   mask = this->template GetInput<MaskInputImageType>(0);
  75
  76   //Create the Shape Label Map from the mask
  77   typedef itk::Image< unsigned char, ImageType::ImageDimension > OutputImageType;
  78   typedef itk::ShapeLabelObject< unsigned char, ImageType::ImageDimension > ShapeLabelObjectType;
  79   typedef itk::LabelMap< ShapeLabelObjectType > LabelMapType;
  80   typedef itk::ConnectedComponentImageFilter <MaskInputImageType, OutputImageType > ConnectedComponentImageFilterType;
  81   typedef itk::LabelImageToShapeLabelMapFilter< OutputImageType, LabelMapType> I2LType;
  82
  83   typename ConnectedComponentImageFilterType::Pointer connected = ConnectedComponentImageFilterType::New ();
  84   connected->SetInput(mask);
  85   connected->FullyConnectedOn();
  86   connected->Update();
  87
  88   //Create a map to contain all connectedComponent (even a little pixel)
  89   typename I2LType::Pointer i2l = I2LType::New();
  90   i2l->SetInput( connected->GetOutput() );
  91   i2l->SetComputePerimeter(true);
  92   i2l->Update();
  93
  94   // Retrieve the biggest component
  95   LabelMapType *labelMap = i2l->GetOutput();
  96   int largestComponent(0);
  97   int nbPixel(0);
  98   for (unsigned int n = 0; n < labelMap->GetNumberOfLabelObjects(); ++n)
  99   {
 100     ShapeLabelObjectType *labelObject = labelMap->GetNthLabelObject(n);
 101     if (labelObject->GetNumberOfPixels() > nbPixel)
 102     {
 103         nbPixel = labelObject->GetNumberOfPixels();
 104         largestComponent = n;
 105     }
 106   }
 107
 108   //Write statitistics on the largest component
 109   ShapeLabelObjectType *labelObject = labelMap->GetNthLabelObject(largestComponent);
 110   std::cout << " Centroid: " << std::endl;
 111   std::cout << labelObject->GetCentroid()[0] << std::endl;
 112   std::cout << labelObject->GetCentroid()[1] << std::endl;
 113   std::cout << labelObject->GetCentroid()[2] << std::endl;
 114   std::cout << " Roundness: " << std::endl;
 115   std::cout << labelObject->GetRoundness() << std::endl;
 116
 117 }
 118 //--------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121
 122 } // end namespace
 123
 124 #endif  //#define CLITKRTSTRUCTSTATISTICSGENERICFILTER_TXX