tools/clitkVFResampleGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef CLITKIMAGERESAMPLEGENERICFILTER_H
  19 #define CLITKIMAGERESAMPLEGENERICFILTER_H
  20 /**
  21  -------------------------------------------------------------------
  22  * @file   clitkVFResampleGenericFilter.h
  23  * @author David Sarrut <David.Sarrut@creatis.insa-lyon.fr>
  24  * @date   23 Feb 2008 08:37:53
  25
  26  * @brief
  27  -------------------------------------------------------------------*/
  28
  29 // clitk include
  30 #include "clitkCommon.h"
  31 #include "clitkImageCommon.h"
  32 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  33
  34 // itk include
  35 #include "itkImage.h"
  36 #include "itkVectorImage.h"
  37 #include "itkFixedArray.h"
  38 #include "itkImageFileReader.h"
  39 #include "itkImageSeriesReader.h"
  40 #include "itkImageFileWriter.h"
  41 #include "itkRecursiveGaussianImageFilter.h"
  42 #if ( ITK_VERSION_MAJOR < 5 )
  43 #include "itkVectorResampleImageFilter.h"
  44 #include "itkVectorNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  45 #include "itkVectorLinearInterpolateImageFunction.h"
  46 #else
  47 #include "itkResampleImageFilter.h"
  48 #include "itkNearestNeighborInterpolateImageFunction.h"
  49 #include "itkLinearInterpolateImageFunction.h"
  50 #endif
  51 #include "itkAffineTransform.h"
  52 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
  53 #include "itkBSplineInterpolateImageFunctionWithLUT.h"
  54 #include "itkCommand.h"
  55
  56 namespace clitk {
  57
  58   //--------------------------------------------------------------------
  59   class VFResampleGenericFilter:
  60     public clitk::ImageToImageGenericFilter<VFResampleGenericFilter> {
  61
  62   public:
  63     // constructor
  64     VFResampleGenericFilter();
  65
  66     // Types
  67     typedef VFResampleGenericFilter       Self;
  68     typedef itk::SmartPointer<Self>       Pointer;
  69     typedef itk::SmartPointer<const Self> ConstPointer;
  70
  71     // New
  72     itkNewMacro(Self);
  73
  74     void SetOutputSize(const std::vector<int> & size);
  75     void SetOutputSpacing(const std::vector<double> & spacing);
  76     void SetGaussianSigma(const std::vector<double> & sigma);
  77     void SetInterpolationName(const std::string & inter);
  78     void SetDefaultPixelValue(double dpv) { mDefaultPixelValue = dpv;}
  79     void SetBSplineOrder(int o) { mBSplineOrder = o; }
  80     void SetBLUTSampling(int b) { mSamplingFactors.resize(1); mSamplingFactors[0] = b; }
  81
  82    //--------------------------------------------------------------------
  83     // Main function called each time the filter is updated
  84     template<class InputImageType>
  85     void UpdateWithInputImageType();
  86
  87   protected:
  88     template<unsigned int Dim> void InitializeImageType();
  89     //--------------------------------------------------------------------
  90     std::string mInterpolatorName;
  91     std::vector<int> mOutputSize;
  92     std::vector<double> mOutputSpacing;
  93     std::vector<double> mOutputOrigin;
  94     double mDefaultPixelValue;
  95     bool mApplyGaussianFilterBefore;
  96     std::vector<double> mSigma;
  97     int mBSplineOrder;
  98     std::vector<int> mSamplingFactors;
  99
 100     //--------------------------------------------------------------------
 101     template<unsigned int Dim, class PixelType, unsigned int DimCompo>
 102     void Update_WithDimAndPixelTypeAndComponent();
 103     template<class ImageType>
 104     typename ImageType::Pointer ComputeImage(typename ImageType::Pointer inputImage);
 105
 106   }; // end class VFResampleGenericFilter
 107   //--------------------------------------------------------------------
 108
 109 } // end namespace
 110 //--------------------------------------------------------------------
 111
 112 #endif /* end #define CLITKIMAGERESAMPLEGENERICFILTER_H */
 113