vv/vvQDicomSeriesSelector.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  19 #define VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX
  20 #include <itkGDCMImageIO.h>
  21 #include <itkGDCMSeriesFileNames.h>
  22 #include <gdcmFile.h>
  23 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
  24 #include <gdcmImageReader.h>
  25 #include <gdcmDataSetHelper.h>
  26 #include <gdcmStringFilter.h>
  27 #include <gdcmImageHelper.h>
  28 #else
  29 #include <gdcmDocEntry.h>
  30 #endif
  31
  32 #include "vvQDicomSeriesSelector.h"
  33 //#include "vvUserConfig.h"
  34
  35 //====================================================================
  36 vvDicomSeriesSelector::vvDicomSeriesSelector(QWidget* parent)
  37   :QDialog(parent)
  38 {
  39   // Set GUI
  40   ui.setupUi(this);
  41   // Correct GUI for splitter ...
  42   //   QSplitter * splitter = new QSplitter(this);
  43   //   splitter->setOrientation(Qt::Horizontal);
  44   //   ui.gridLayout1->addWidget(splitter, 0, 0, 1, 1);
  45   //   ui.mFrameLeft->setParent(splitter);
  46   //   ui.mFrameRight->setParent(splitter);
  47   //  ui.toolBox->setCurrentIndex(0);
  48
  49
  50
  51   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(false);
  52
  53   connect(ui.mBrowseButton, SIGNAL(released()),
  54           this, SLOT(BrowseButtonRelease()));
  55   connect(ui.mSearchButton, SIGNAL(released()),
  56           this, SLOT(SearchButtonRelease()));
  57   connect(ui.mListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  58           this, SLOT(itemSelectionChanged()));
  59   connect(ui.mDicomDetailsListWidget, SIGNAL(itemSelectionChanged()),
  60           this, SLOT(itemDetailsSelectionChanged()));
  61   connect(ui.mIsMatrixCheckBox, SIGNAL(stateChanged(int)),
  62           this, SLOT(itemMatrixSelectionChanged(int)));
  63
  64   // Initialization
  65   /*    if (config::get_current_path() != QString(0))
  66     mFoldername = config::get_current_path();
  67     else*/
  68   mFoldername = QFileInfo("./").absolutePath();
  69
  70   mPreviousPath = mFoldername;
  71   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
  72   ui.mIsMatrixCheckBox->setChecked(0);
  73   mPatientCoordinateSystem = false;
  74   //  ui.mTableWidget->setRowCount(0);
  75 }
  76 //====================================================================
  77
  78 //====================================================================
  79 void vvDicomSeriesSelector::show()
  80 {
  81   QDialog::show();
  82   //grabKeyboard();
  83   // ui.mListWidget->grabKeyboard();
  84   //  ui.mDicomDetailsListWidget->grabKeyboard();
  85 }
  86 //====================================================================
  87
  88 //====================================================================
  89 void vvDicomSeriesSelector::close()
  90 {
  91   QDialog::close();
  92   // ui.mListWidget->releaseKeyboard()
  93   //releaseKeyboard();
  94 }
  95 //====================================================================
  96
  97 //====================================================================
  98 void vvDicomSeriesSelector::BrowseButtonRelease()
  99 {
 100   QFileDialog dialog(this);
 101   QStringList filters;
 102   filters << "DICOM files (*.dcm)"
 103           << "All files (*)";
 104   dialog.setFileMode(QFileDialog::AnyFile);
 105   dialog.setNameFilters(filters);
 106   //dialog.setFilter(tr("DICOM files (*.dcm); All files (*)"));
 107   mFoldername = dialog.getExistingDirectory(this,
 108                 "Select a folder to find DICOM image",
 109                 mPreviousPath);
 110   ui.mFolderLineEdit->setText(mFoldername);
 111   mPreviousPath = QFileInfo(mFoldername).absolutePath();
 112   //    config::set_current_path(mPreviousPath);
 113 }
 114 //====================================================================
 115
 116 //====================================================================
 117 void vvDicomSeriesSelector::SearchButtonRelease()
 118 {
 119   typedef itk::GDCMSeriesFileNames NamesGeneratorType;
 120   NamesGeneratorType::Pointer nameGenerator = NamesGeneratorType::New();
 121   nameGenerator->SetUseSeriesDetails(true);
 122   //nameGenerator->SetDirectory(mFoldername.toStdString());
 123   nameGenerator->SetRecursive(ui.mIsRecursiveCheckBox->checkState() == Qt::Checked);
 124
 125   //ds gérer recursive moi-meme pour progress ...
 126   nameGenerator->SetInputDirectory(mFoldername.toStdString());
 127
 128   // insert in table
 129   typedef std::vector<std::string> SeriesIdContainer;
 130   const SeriesIdContainer & seriesUID = nameGenerator->GetSeriesUIDs();
 131
 132   for (unsigned int i=0; i<seriesUID.size(); i++) {
 133     // std::cout << seriesUID[i] << std::endl; //ds verif existe pas déja
 134
 135     if (mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]]) {
 136       std::cout << seriesUID[i] << " exist" << std::endl;
 137     } else {
 138       // store filenames
 139       std::vector<std::string> * filenames = new std::vector<std::string>;
 140       const std::vector<std::string> & temp = nameGenerator->GetFileNames(seriesUID[i]);
 141       for (unsigned int j=0; j<temp.size(); j++) {
 142         filenames->push_back(temp[j]);
 143       }
 144       mListOfSeriesFilenames[seriesUID[i]] = filenames;
 145
 146       // store first header
 147 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 148       mDicomHeader[seriesUID[i]].SetFileName( (*filenames)[0].c_str() );
 149       mDicomHeader[seriesUID[i]].Read();
 150 #else
 151       gdcm::File *header = new gdcm::File();
 152       header->SetFileName((*filenames)[0]);
 153       header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 154       header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 155       header->Load();
 156
 157
 158       //
 159       DD(header->GetEntryValue(0x0028,0x0030).c_str());
 160
 161       //DS TEST DAVID
 162       DD(header->GetXSize());
 163       DD(header->GetYSize());
 164       DD(header->GetZSize());
 165       DD(header->GetXSpacing());
 166       DD(header->GetYSpacing());
 167       DD(header->GetZSpacing());
 168       DD(header->GetXOrigin());
 169       DD(header->GetYOrigin());
 170       DD(header->GetZOrigin());
 171       DD("\n");
 172       /*
 173         QString size = QString("%1x%2x%3")
 174         .arg(header->GetXSize())
 175         .arg(header->GetYSize())
 176         .arg(header->GetZSize());
 177         QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 178         .arg(header->GetXSpacing())
 179         .arg(header->GetYSpacing())
 180         .arg(header->GetZSpacing());
 181         QString origin = QString("%1x%2x%3")
 182         .arg(header->GetXOrigin())
 183         .arg(header->GetYOrigin())
 184         .arg(header->GetZOrigin());
 185       */
 186
 187
 188       mDicomHeader[seriesUID[i]] = header;
 189 #endif
 190
 191       // new item
 192       QListWidgetItem *newItem = new QListWidgetItem;
 193       newItem->setText(seriesUID[i].c_str());
 194       ui.mListWidget->insertItem(i, newItem);
 195
 196       //AddSerieToTheTable(i, *filenames);
 197     }
 198   }
 199 }
 200 //====================================================================
 201
 202 //====================================================================
 203 void vvDicomSeriesSelector::itemSelectionChanged()
 204 {
 205   //  mLabelSelected.setText(
 206   mCurrentSerie = ui.mListWidget->selectedItems()[0]->text().toStdString();
 207   mFilenames = mListOfSeriesFilenames[mCurrentSerie];
 208   ui.mButtonBox->button(QDialogButtonBox::Open)->setEnabled(true);
 209
 210   if (mDicomInfo[mCurrentSerie] == "") {
 211     //  QString m;
 212     //  m = QString("Patient : <font color=\"blue\">%1</font><br>").arg(mDicomHeader[s]->GetEntryValue(0x0010,0x0010).c_str()); // Patient's name
 213
 214     mDicomInfo[mCurrentSerie] = MakeDicomInfo(mCurrentSerie, mDicomHeader[mCurrentSerie]);
 215   }
 216   ui.mDicomInfoPanel->setText(mDicomInfo[mCurrentSerie]);
 217
 218   // Detail tab
 219   ui.mDicomDetailsListWidget->clear();
 220   for (unsigned int i=0; i<mFilenames->size(); i++) {
 221     QListWidgetItem * newItem = new QListWidgetItem;
 222     newItem->setText(QFileInfo((*mFilenames)[i].c_str()).fileName());
 223     ui.mDicomDetailsListWidget->insertItem(i, newItem);
 224   }
 225
 226 }
 227 //====================================================================
 228
 229 //====================================================================
 230 void vvDicomSeriesSelector::itemDetailsSelectionChanged()
 231 {
 232   unsigned int i = ui.mDicomDetailsListWidget->currentRow();
 233   if (i<mFilenames->size()) {
 234     if (mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] == "") {
 235       std::ostringstream s;
 236       QString l;
 237
 238 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 239       mDicomHeader[mCurrentSerie].GetFile().Print(s);
 240       const gdcm::File& header = mDicomHeader[mCurrentSerie].GetFile();
 241       gdcm::StringFilter sf;
 242       sf.SetFile( header );
 243       const gdcm::DataSet &ds = header.GetDataSet();
 244       gdcm::DataSet::ConstIterator it = ds.Begin();
 245       for (; it != ds.End(); ++it )
 246         {
 247         const gdcm::DataElement & ref = *it;
 248         const gdcm::Tag &         tag = ref.GetTag();
 249         gdcm::VR vr = gdcm::DataSetHelper::ComputeVR(header, ds, tag);
 250         if ( vr & ( gdcm::VR::OB | gdcm::VR::OF | gdcm::VR::OW | gdcm::VR::SQ | gdcm::VR::UN ) )
 251           {
 252           // What is the behavior for binary stuff ?
 253           }
 254         else /* if ( vr & gdcm::VR::VRASCII ) */
 255           {
 256           if ( tag.IsPublic() )
 257             {
 258             std::pair<std::string, std::string> p = sf.ToStringPair(tag);
 259             l += QString("%1 : %2\n")
 260               .arg( p.first.c_str() )
 261               .arg( p.second.c_str() );
 262             }
 263           }
 264         }
 265 #else
 266       mDicomHeader[mCurrentSerie]->Print(s);
 267       gdcm::File * header = mDicomHeader[mCurrentSerie];
 268       gdcm::DocEntry * e = header->GetFirstEntry();
 269       while (e) {
 270         if (e->GetName() != "gdcm::Unknown") {
 271           l += QString("%1 : %2\n")
 272                .arg(e->GetName().c_str())
 273                .arg((header->GetEntryValue(e->GetGroup(), e->GetElement())).c_str());
 274         }
 275         e = header->GetNextEntry();
 276       }
 277 #endif
 278
 279       mDicomDetails[(*mFilenames)[i]] = l.toStdString();
 280     }
 281     ui.mDicomDetailsLabel->setText(mDicomDetails[(*mFilenames)[i]].c_str());
 282   }
 283 }
 284 //====================================================================
 285
 286 //====================================================================
 287 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 288 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, const gdcm::Reader& header)
 289 {
 290   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 291   const gdcm::File &f = header.GetFile();
 292   std::vector<double> thespacing = gdcm::ImageHelper::GetSpacingValue(f);
 293   std::vector<double> theorigin = gdcm::ImageHelper::GetOriginValue(f);
 294
 295   QString size = QString("%1x%2x%3")
 296                  .arg(0)
 297                  .arg(0)
 298                  .arg(0);
 299   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 300                     .arg(thespacing[0])
 301                     .arg(thespacing[1])
 302                     .arg(thespacing[2]);
 303   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 304                    .arg(theorigin[0])
 305                    .arg(theorigin[1])
 306                    .arg(theorigin[2]);
 307
 308   QString ss =
 309     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 310     AddInfo(&header.GetFile(), "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 311     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 312     AddInfo(&header.GetFile(), "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 313     AddInfo(&header.GetFile(), "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 314     AddInfo(&header.GetFile(), "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 315     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 316     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 317     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 318     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 319     AddInfo(&header.GetFile(), "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 320     AddInfo(        "Pixel type : ", "");
 321   return ss;
 322 }
 323 #else
 324 QString vvDicomSeriesSelector::MakeDicomInfo(std::string & s, gdcm::File *header)
 325 {
 326   QString n = QString("%1").arg(mListOfSeriesFilenames[s]->size());
 327   QString size = QString("%1x%2x%3")
 328                  .arg(header->GetXSize())
 329                  .arg(header->GetYSize())
 330                  .arg(header->GetZSize());
 331   QString spacing = QString("%1x%2x%3")
 332                     .arg(header->GetXSpacing())
 333                     .arg(header->GetYSpacing())
 334                     .arg(header->GetZSpacing());
 335   QString origin = QString("%1x%2x%3")
 336                    .arg(header->GetXOrigin())
 337                    .arg(header->GetYOrigin())
 338                    .arg(header->GetZOrigin());
 339   QString ss =
 340     //AddInfo(        "Serie ID   : ", s)+
 341     AddInfo(header, "Patient : ", 0x0010,0x0010)+
 342     AddInfo(        "Folder : ", QFileInfo((*mFilenames)[0].c_str()).canonicalPath().toStdString())+
 343     AddInfo(header, "Series Description : ", 0x0008,0x103e)+
 344     AddInfo(header, "Modality : ", 0x0008,0x0060)+
 345     AddInfo(header, "# images : ", 0x0020,0x0013)+
 346     AddInfo(        "# files : ", n.toStdString())+
 347     AddInfo(        "Size : ", size.toStdString())+
 348     AddInfo(        "Spacing : ", spacing.toStdString())+
 349     AddInfo(        "Origin : ", origin.toStdString())+
 350     AddInfo(header, "Pixel size : ", 0x0028,0x0100)+
 351     AddInfo(        "Pixel type : ", header->GetPixelType());
 352   return ss;
 353 }
 354 #endif
 355 //====================================================================
 356
 357 //====================================================================
 358 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(const gdcm::File *header, QString n, uint16_t group, uint16_t elem)
 359 {
 360 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 361   gdcm::StringFilter sf;
 362   sf.SetFile( *header );
 363   gdcm::Tag t( group, elem );
 364   std::string s = sf.ToString( t );
 365   return AddInfo(n.toStdString(), s);
 366 #else
 367   return AddInfo(n.toStdString(), const_cast<gdcm::File*>(header)->GetEntryValue(group, elem));
 368 #endif
 369 }
 370 //====================================================================
 371
 372 //====================================================================
 373 QString vvDicomSeriesSelector::AddInfo(std::string n, std::string m)
 374 {
 375   QString s = QString("%1 <font color=\"blue\">%2</font><br>").
 376               arg(n.c_str()).arg(m.c_str());
 377   return s;
 378 }
 379 //====================================================================
 380
 381 //====================================================================
 382 void vvDicomSeriesSelector::AddSerieToTheTable(int i, std::vector<std::string> & filenames)
 383 {
 384 #if GDCM_MAJOR_VERSION >= 2
 385 #else
 386   gdcm::File *header = new gdcm::File();
 387   header->SetFileName(filenames[0]);
 388   header->SetMaxSizeLoadEntry(16384);
 389   header->SetLoadMode(gdcm::LD_NOSHADOW);// don't load shadow tags (in order to save memory)
 390   header->Load();
 391   //header->Print(cout);
 392   // ->GetValEntry
 393   //  mDicomHeader[] = header;
 394
 395   /*
 396
 397   QTableWidgetItem *newItem = new
 398   QTableWidgetItem(QString("# images = %1").arg(header->GetImageNumber()));
 399   //  newItem->setCheckState(Qt::Checked);
 400   //newItem->setFlags(!Qt::ItemIsEditable);
 401   DD(ui.mTableWidget->rowCount());
 402   ui.mTableWidget->setItem(i, 0, newItem);
 403   */
 404 #endif
 405 }
 406 //====================================================================
 407
 408
 409 //====================================================================
 410 void vvDicomSeriesSelector::itemMatrixSelectionChanged(int state)
 411 {
 412   mPatientCoordinateSystem = state;
 413 }
 414 //====================================================================
 415
 416
 417 #endif // VVDICOMSERIESSELECTOR_CXX