vv/vvToolCropImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolCropImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33 #include <QSignalMapper>
  34
  35 // vtk
  36 #include <vtkVersion.h>
  37 #include <vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h>
  38 #include <vtkInformation.h>
  39 #include <vtkImageClip.h>
  40 #include <vtkImageTranslateExtent.h>
  41 #include <vtkImageData.h>
  42 #include <vtkSmartPointer.h>
  43
  44 //------------------------------------------------------------------------------
  45 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  46 // the main window menu.
  47 ADD_TOOL(vvToolCropImage);
  48 //------------------------------------------------------------------------------
  49
  50 //same order of int* returned by VtkImageData::WholeExtent
  51 enum sliderId {xmin, xmax, ymin, ymax, zmin, zmax, tmin, tmax};
  52 //------------------------------------------------------------------------------
  53 vvToolCropImage::vvToolCropImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  54   vvToolWidgetBase(parent, f),
  55   vvToolBase<vvToolCropImage>(parent),
  56   Ui::vvToolCropImage(),mSliders(8)
  57 {
  58
  59   // GUI Initialization
  60   Ui_vvToolCropImage::setupUi(mToolWidget);
  61   mTLabel1->setHidden(true);
  62   mTLabel2->setHidden(true);
  63   tminSlider->setHidden(true);
  64   tmaxSlider->setHidden(true);
  65   spin_tmin->setHidden(true);
  66   spin_tmax->setHidden(true);
  67   mLabelTimeCropping->setHidden(true);
  68
  69   // Set how many inputs are needed for this tool
  70   AddInputSelector("Select one image");
  71
  72   mSliders[xmin]=xminSlider;
  73   mSliders[xmax]=xmaxSlider;
  74   mSliders[ymin]=yminSlider;
  75   mSliders[ymax]=ymaxSlider;
  76   mSliders[zmin]=zminSlider;
  77   mSliders[zmax]=zmaxSlider;
  78   mSliders[tmin]=tminSlider;
  79   mSliders[tmax]=tmaxSlider;
  80
  81   // Record initial extend
  82   mReducedExtent = new int[6];
  83   mInitialExtent = new int[6];
  84 }
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86
  87
  88 //------------------------------------------------------------------------------
  89 vvToolCropImage::~vvToolCropImage()
  90 {
  91   delete [] mReducedExtent;
  92   delete [] mInitialExtent;
  93 }
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98 void vvToolCropImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  99 {
 100   if(mCurrentSlicerManager){
 101 //     Reset extends
 102     for(int i=0; i<6; i++){
 103       mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 104     }
 105     for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++)
 106       mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(false);
 107     UpdateExtent();
 108
 109     mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetTransform()[0]->SetMatrix(mConcatenedTransform);
 110     for (int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 111       mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ResetCamera();
 112       mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 113       mCurrentSlicerManager->UpdateLinkedNavigation( mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i) );
 114     }
 115   }
 116   vvToolWidgetBase::closeEvent(event);
 117 }
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119
 120
 121 //------------------------------------------------------------------------------
 122 bool vvToolCropImage::close()
 123 {
 124   return vvToolWidgetBase::close();
 125 }
 126 //------------------------------------------------------------------------------
 127
 128
 129 //------------------------------------------------------------------------------
 130 void vvToolCropImage::reject()
 131 {
 132   for(int i=0; i<mExtentSize; i++)
 133     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 134   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++)
 135     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(false);
 136   UpdateExtent();
 137   return vvToolWidgetBase::reject();
 138 }
 139 //------------------------------------------------------------------------------
 140
 141
 142 //------------------------------------------------------------------------------
 143 void vvToolCropImage::sliderValueChanged(int dim)
 144 {
 145   int dimMin = dim;
 146   if(dim%2==0){//case we are minimum
 147     mSliders[dim+1]->setMinimum(mSliders[dim]->value());
 148   }else {
 149     mSliders[--dimMin]->setMaximum(mSliders[dim]->value());
 150   }
 151   mReducedExtent[dim] = mSliders[dim]->value() + mInitialExtent[dimMin];
 152   UpdateExtent();
 153 }
 154 //------------------------------------------------------------------------------
 155
 156
 157 //------------------------------------------------------------------------------
 158 void vvToolCropImage::UpdateExtent()
 159 {
 160   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 161     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 162     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 163     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 164   }
 165 }
 166 //------------------------------------------------------------------------------
 167
 168
 169 //------------------------------------------------------------------------------
 170 void vvToolCropImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 171 {
 172   //Save the current transformation
 173   mConcatenedTransform = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 174   mConcatenedTransform->DeepCopy(slicer->GetSlicer(0)->GetConcatenatedTransform()->GetMatrix());
 175   vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> matrix = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 176   matrix->Identity();
 177   mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetTransform()[0]->SetMatrix(matrix);
 178   for (int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 179     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ResetCamera();
 180     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 181     mCurrentSlicerManager->UpdateLinkedNavigation( mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i) );
 182   }
 183
 184   // Change interface according to number of dimension
 185   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 186    if (slicer->GetDimension()<4) {
 187      mTLabel1->setHidden(true);
 188      mTLabel2->setHidden(true);
 189      tminSlider->setHidden(true);
 190      tmaxSlider->setHidden(true);
 191      spin_tmin->setHidden(true);
 192      spin_tmax->setHidden(true);
 193      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 194    }
 195   if (slicer->GetDimension()<3) {
 196     mZLabel1->setHidden(true);
 197     mZLabel2->setHidden(true);
 198     zminSlider->setHidden(true);
 199     zmaxSlider->setHidden(true);
 200     spin_zmin->setHidden(true);
 201     spin_zmax->setHidden(true);
 202   }
 203 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 204   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 205 #else
 206   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetInformation()->Get(vtkDataObject::DATA_EXTENT());
 207 #endif
 208   for(int i=0; i<6; i++){
 209     mInitialExtent[i] = a[i];
 210     mReducedExtent[i] = a[i];
 211   }
 212   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 213     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 214     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mInitialExtent);
 215   }
 216
 217 //   Set initial sliders values
 218   int w_ext[6], imsize[4];
 219   mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetRegisterExtent(w_ext);
 220   for(int dim=0; dim<slicer->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 221     imsize[dim] = w_ext[2*dim+1] - w_ext[2*dim] +1;
 222     mSliders[dim*2]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 223     mSliders[dim*2+1]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 224     mSliders[dim*2+1]->setValue(imsize[dim]-1);
 225   }
 226   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 227   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 228   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 229
 230   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 231   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 232   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 233
 234   if (slicer->GetDimension() >2) {
 235     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 236     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 237     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 238   }
 239
 240   if (slicer->GetDimension() >3) {
 241     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 242     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 243     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 244   }
 245
 246   QSignalMapper* signalMapper = new QSignalMapper(this);
 247   connect(signalMapper, SIGNAL(mapped(int)), this, SLOT(sliderValueChanged(int)));
 248   for(unsigned int i=0; i<mSliders.size(); ++i){
 249     signalMapper->setMapping(mSliders[i], i);
 250     connect(mSliders[i], SIGNAL(valueChanged(int)), signalMapper, SLOT(map()));
 251   }
 252   UpdateExtent();
 253 }
 254 //------------------------------------------------------------------------------
 255
 256
 257 //------------------------------------------------------------------------------
 258 void vvToolCropImage::autoCropValueChanged(double v)
 259 {
 260   //TODO
 261 }
 262 //------------------------------------------------------------------------------
 263
 264
 265 //------------------------------------------------------------------------------
 266 void vvToolCropImage::apply()
 267 {
 268   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 269   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 270
 271   // Typedef
 272   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 273   typedef clitk::CropImageGenericFilter CropFilterType;
 274
 275   // Get options
 276   ArgsInfoType mArgsInfo;
 277   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 278   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 279   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 280   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 281
 282   for(int dim=0; dim<mCurrentSlicerManager->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 283     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2] = mSliders[dim*2]->value();
 284     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2+1] = mSliders[dim*2+1]->value();
 285   }
 286   if (n>6) { // 4D
 287     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 288     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 289   }
 290   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 291   // filter to retrieve the correct image size
 292   for(int i=0; i<6; i++) {
 293     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 294   }
 295
 296   UpdateExtent();
 297   // Main filter
 298   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 299   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 300   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 301
 302   // Go ! (not threaded)
 303   try{
 304     filter->Update();
 305   }
 306   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 307     DD(e.what());
 308     QApplication::restoreOverrideCursor();
 309     delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 310     close();
 311   }
 312   std::ostringstream croppedImageName;
 313   croppedImageName << "Cropped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 314   // Retrieve result and display it
 315   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 316
 317   output->GetTransform()[0]->SetMatrix(mConcatenedTransform);
 318
 319   AddImage(output,croppedImageName.str());
 320
 321   // End
 322   QApplication::restoreOverrideCursor();
 323   delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 324   close();
 325 }
 326 //------------------------------------------------------------------------------
 327