vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  21 #include "vvImageReader.h"
  22 #include "vvStructureSetActor.h"
  23 #include "vvSlicer.h"
  24 #include "vvROIActor.h"
  25
  26 // Qt
  27 #include <QFileDialog>
  28 #include <QMessageBox>
  29 #include <QColorDialog>
  30 #include <QAbstractEventDispatcher>
  31
  32 // vtk
  33 #include <vtkLookupTable.h>
  34 #include <vtkRenderWindow.h>
  35
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  38 // the main window menu.
  39 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  40 //------------------------------------------------------------------------------
  41
  42 int vvToolStructureSetManager::m_NumberOfTool = 0;
  43 std::vector<vvSlicerManager*> vvToolStructureSetManager::mListOfInputs;
  44 std::map<vvSlicerManager*, vvToolStructureSetManager*> vvToolStructureSetManager::mListOfOpenTool;
  45
  46 //------------------------------------------------------------------------------
  47 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent,
  48                                                      Qt::WindowFlags f,
  49                                                      vvSlicerManager * current):
  50   vvToolWidgetBase(parent, f),
  51   // if Qt::Widget -> No dialog in this case (in tab) ; PB = "invisible widget on menu" !
  52   // if "f" normal widget
  53   vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  54   Ui::vvToolStructureSetManager()
  55 {
  56   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  57
  58   //  this->setFixedWidth(120);
  59   m_NumberOfTool++;
  60   mCurrentStructureSetActor = 0;
  61   connect(mCloseButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(close()));
  62   mCloseButton->setVisible(false);
  63   mTree->clear();
  64   mTree->header()->resizeSection(0, 30);
  65   mMainWindowBase->GetTab()->setTabIcon(mTabNumber, GetToolIcon());
  66   mCurrentStructureSet = NULL;
  67   mCurrentStructureSetIndex = -1;
  68   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  69   mCurrentROIActor = NULL;
  70   mIsAllVisibleEnabled = false;
  71   mNumberOfVisibleROI = 0;
  72   mNumberOfVisibleContourROI = 0;
  73   mDefaultLUTColor = vtkSmartPointer<vtkLookupTable>::New();
  74   for(int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  75     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  76     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  77     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  78     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  79     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  80   }
  81 #include "vvDefaultLut.h"
  82
  83   // Add input selector
  84   if (current == NULL) {
  85     MustOpenDialogWhenCreated = true;
  86     AddInputSelector("Select image");
  87   }
  88   else {
  89     MustOpenDialogWhenCreated = false;
  90     mMainButtonBox->setEnabled(true);
  91     mCurrentSlicerManager = current;
  92     mCurrentImage = mCurrentSlicerManager->GetImage();
  93     mToolWidget->setEnabled(true);
  94     InputIsSelected(mCurrentSlicerManager);
  95   }
  96 }
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98
  99
 100 //------------------------------------------------------------------------------
 101 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager()
 102 {
 103   m_NumberOfTool--;
 104
 105   // clearing the list at this point avoids
 106   // segfaulting due to events being dispatched
 107   // after object destruction
 108   mTreeWidgetList.clear();
 109   mTree->clearSelection();
 110
 111   //std::cout << "vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager()" << std::endl;
 112 }
 113 //------------------------------------------------------------------------------
 114
 115
 116 //------------------------------------------------------------------------------
 117 // STATIC
 118 void vvToolStructureSetManager::Initialize() {
 119   SetToolName("ROIManager_OLD");
 120   SetToolMenuName("Display ROI (binary image)");
 121   SetToolIconFilename(":/common/icons/tool-roi.png");
 122   SetToolTip("Display ROI from a binary image.");
 123   SetToolExperimental(true);
 124 }
 125 //------------------------------------------------------------------------------
 126
 127
 128 //------------------------------------------------------------------------------
 129 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
 130 {
 131   //std::cout << "vvToolStructureSetManager::InputIsSelected()" << std::endl;
 132
 133   //int mTabNumber = parent->GetTab()->addTab(this, "");
 134   //  this->setFixedWidth(120);
 135   //this->setPreferedHeight(441);
 136   // Refuse if 4D
 137   if (mCurrentImage->GetNumberOfDimensions() != 3) {
 138     QMessageBox::information(this,tr("Sorry only 3D yet"), tr("Sorry only 3D yet"));
 139     close();
 140     return;
 141   }
 142   // Hide selector
 143   HideInputSelector(); // splitter
 144   mToolInputSelectionWidget->hide();
 145   mLabelInputInfo->setText(QString("%1").arg(m->GetFileName().c_str()));
 146
 147   // add to instance
 148   // if (!isWindow()) {
 149   mListOfInputs.push_back(mCurrentSlicerManager);
 150   mListOfOpenTool[mCurrentSlicerManager] = this;
 151   // }
 152
 153   // Connect open menus
 154   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(OpenBinaryImage()));
 155   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 156   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 157   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 158   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 159   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 160   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 161   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 162   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 163   connect(mReloadButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ReloadCurrentROI()));
 164   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 165   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 166
 167   // Browse to load image
 168   if (MustOpenDialogWhenCreated)
 169     OpenBinaryImage();
 170 }
 171 //------------------------------------------------------------------------------
 172
 173
 174 //------------------------------------------------------------------------------
 175 void vvToolStructureSetManager::Open(int type) {
 176   switch (type) {
 177   case 0: OpenBinaryImage(); return; // Open binary image;
 178   case 1: DD("TODO"); return; // Open DICOM RT
 179   case 2: DD("TODO"); return; // Open mesh
 180   default: std::cerr << "Error ????" << std::endl; exit(0);
 181   }
 182 }
 183 //------------------------------------------------------------------------------
 184
 185
 186 //------------------------------------------------------------------------------
 187 void vvToolStructureSetManager::AddRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidget * ww) {
 188   mTreeWidgetList.push_back(QSharedPointer<QTreeWidgetItem>(new QTreeWidgetItem(ww)));
 189   QTreeWidgetItem * w = mTreeWidgetList.back().data();
 190   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 191   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 192   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[0]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 193   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 194   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 195   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 196   w->setBackground(2, brush);
 197   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 198   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 199   mTree->resizeColumnToContents(0);
 200   mTree->resizeColumnToContents(1);
 201 }
 202 //------------------------------------------------------------------------------
 203
 204
 205 //------------------------------------------------------------------------------
 206 void vvToolStructureSetManager::UpdateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s) {
 207   // Insert ROI
 208   /*
 209   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI::Pointer> & rois = s->GetListOfROI();
 210   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 211     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 212       AddRoiInTreeWidget(rois[i], mTree); // replace mTree with ss if several SS
 213   }
 214   */
 215   clitk::DicomRT_StructureSet::ROIConstIteratorType iter;
 216   for(iter = s->GetROIs().begin(); iter != s->GetROIs().end(); iter++) {
 217     clitk::DicomRT_ROI::Pointer roi = iter->second;
 218     if (mMapROIToTreeWidget.find(roi) == mMapROIToTreeWidget.end())
 219       AddRoiInTreeWidget(roi, mTree); // replace mTree with ss if several SS
 220   }
 221 }
 222 //------------------------------------------------------------------------------
 223
 224
 225 //------------------------------------------------------------------------------
 226 int vvToolStructureSetManager::AddStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet) {
 227   // Create actor for this SS
 228
 229   QSharedPointer<vvStructureSetActor> mStructureSetActor(new vvStructureSetActor);
 230
 231   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 232   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 233   // Insert in lists and get index
 234   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 235   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 236   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 237   // Return index
 238   return index;
 239 }
 240 //------------------------------------------------------------------------------
 241
 242
 243 //------------------------------------------------------------------------------
 244 void vvToolStructureSetManager::OpenBinaryImage()
 245 {
 246   int index;
 247   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 248     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 249       clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer mStructureSet = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 250       index = AddStructureSet(mStructureSet);
 251     }
 252     else { // Get first SS
 253       index = 0;
 254     }
 255   } else {
 256     index = mCurrentStructureSetIndex;
 257   }
 258   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 259   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index].data();
 260   mCurrentStructureSetIndex = index;
 261   // Open images
 262   QString Extensions = "Images files ( *.mha *.mhd *.hdr *.his)";
 263   Extensions += ";;All Files (*)";
 264   QStringList filename =
 265     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 266                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 267   if (filename.size() == 0) return;
 268   mLoadedROIIndex.clear();
 269   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 270     // Open Image
 271     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 272     vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 273     std::vector<std::string> filenames;
 274     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 275     reader->SetInputFilenames(filenames);
 276     reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 277     QApplication::restoreOverrideCursor();
 278
 279     if (reader->GetLastError().size() != 0) {
 280       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 281       QString error = "Cannot open file \n";
 282       error += reader->GetLastError().c_str();
 283       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 284       return;
 285     }
 286     vvImage::Pointer binaryImage = reader->GetOutput();
 287     AddImage(binaryImage, filename[i].toStdString(), mBackgroundValueSpinBox->value());
 288     mOpenedBinaryImage.push_back(binaryImage);
 289   }
 290
 291   UpdateImage();
 292 }
 293 //------------------------------------------------------------------------------
 294
 295
 296 //------------------------------------------------------------------------------
 297 void vvToolStructureSetManager::UpdateImage()
 298 {
 299   // Update the TreeWidget
 300   UpdateStructureSetInTreeWidget(mCurrentStructureSetIndex, mCurrentStructureSet);
 301   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 302   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 303     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 304   }
 305   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 306     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 307   }
 308 }
 309 //------------------------------------------------------------------------------
 310
 311
 312 //------------------------------------------------------------------------------
 313 void vvToolStructureSetManager::AddImage(vvImage * binaryImage, std::string filename,
 314                                          double BG, bool m_modeBG)
 315 {
 316   // Check current structure set
 317   int index;
 318   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 319     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 320       clitk::DicomRT_StructureSet::Pointer mStructureSet = clitk::DicomRT_StructureSet::New();
 321       index = AddStructureSet(mStructureSet);
 322     }
 323     else { // Get first SS
 324       index = 0;
 325     }
 326   } else {
 327     index = mCurrentStructureSetIndex;
 328   }
 329   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 330   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index].data();
 331   mCurrentStructureSetIndex = index;
 332
 333   // Check Dimension
 334   int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 335   int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 336   if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 337     std::ostringstream os;
 338     os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 339        << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 340     QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 341     return;
 342   }
 343
 344   // Add a new roi to the structure
 345   int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename);
 346   mLoadedROIIndex.push_back(n);
 347   if (m_modeBG)
 348     mCurrentStructureSet->GetROIFromROINumber(n)->SetBackgroundValueLabelImage(BG);
 349   else
 350     mCurrentStructureSet->GetROIFromROINumber(n)->SetForegroundValueLabelImage(BG);
 351
 352   // Change color
 353   if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 354     double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 355     mCurrentStructureSet->GetROIFromROINumber(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 356   }
 357
 358   // Add a new roi actor
 359   mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n, m_modeBG);
 360
 361   // CheckBox for "All"
 362   if (mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(n)->IsVisible())
 363     mNumberOfVisibleROI++;
 364   if (mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(n)->IsContourVisible())
 365     mNumberOfVisibleContourROI++;
 366   UpdateAllROIStatus();
 367 }
 368 //------------------------------------------------------------------------------
 369
 370
 371 //------------------------------------------------------------------------------
 372 void vvToolStructureSetManager::apply()
 373 {
 374   close();
 375 }
 376 //------------------------------------------------------------------------------
 377
 378
 379 //------------------------------------------------------------------------------
 380 bool vvToolStructureSetManager::close()
 381 {
 382   //std::cout << "vvToolStructureSetManager::close()" << std::endl;
 383
 384   return vvToolWidgetBase::close();
 385 }
 386 //------------------------------------------------------------------------------
 387
 388
 389 //------------------------------------------------------------------------------
 390 void vvToolStructureSetManager::closeEvent(QCloseEvent *event)
 391 {
 392   //std::cout << "vvToolStructureSetManager::closeEvent()" << std::endl;
 393
 394   std::vector<vvSlicerManager*>::iterator iter = std::find(mListOfInputs.begin(), mListOfInputs.end(), mCurrentSlicerManager);
 395   if (iter != mListOfInputs.end()) mListOfInputs.erase(iter);
 396
 397   //  DD("how delete mListOfOpenTool ???");
 398   mListOfOpenTool.erase(mCurrentSlicerManager);
 399
 400   mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 401   mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 402   if (mCurrentSlicerManager != 0)
 403     mCurrentSlicerManager->Render();
 404
 405   if (!isWindow()) {
 406     if (m_NumberOfTool == 1) {
 407       mMainWindow->GetTab()->removeTab(mTabNumber);
 408     }
 409   }
 410
 411   event->accept();
 412 }
 413 //------------------------------------------------------------------------------
 414
 415
 416 //------------------------------------------------------------------------------
 417 // CURRENT ROI INTERACTION
 418 //------------------------------------------------------------------------------
 419
 420
 421 //------------------------------------------------------------------------------
 422 void vvToolStructureSetManager::SelectedItemChangedInTree() {
 423
 424   // Search which roi is selected
 425   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 426   if (l.size() == 0) {
 427     mCurrentROIActor = NULL;
 428     mCurrentROI = NULL;
 429     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 430     return;
 431   }
 432   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 433   //std::cout << "selected item -> " << w->text(1).toStdString() << std::endl;
 434   //std::cout << "m_NumberOfTool -> " << m_NumberOfTool << std::endl;
 435   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 436     mCurrentROIActor = NULL;
 437     mCurrentROI = NULL;
 438     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 439     return;
 440   }
 441   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 442   // Get selected roi actor
 443   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 444   mCurrentROI = roi;
 445   mCurrentROIActor = actor;
 446
 447   // Warning -> avoid unuseful Render here by disconnect slider
 448   // Update GUI
 449   disconnect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 450   disconnect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 451   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 452   disconnect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 453   disconnect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 454   disconnect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 455   disconnect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 456   disconnect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 457
 458   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 459   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 460   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 461   mContourCheckBoxShow->setChecked(actor->IsContourVisible());
 462   mContourWidthSpinBox->setValue(actor->GetContourWidth());
 463   mDepthSpinBox->setValue(actor->GetDepth());
 464   w->setText(3, QString("%1").arg(actor->GetDepth()));
 465   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 466   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 467
 468   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 469   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 470   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 471   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 472   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 473   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 474   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 475   connect(mDepthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeDepth(int)));
 476
 477   // is this needed ?
 478   //  actor->Update();
 479   // Final rendering
 480   // mCurrentSlicerManager->Render();
 481 }
 482 //------------------------------------------------------------------------------
 483
 484
 485 //------------------------------------------------------------------------------
 486 void vvToolStructureSetManager::UpdateAllROIStatus() {
 487   int nbVisible = 0;
 488   int nb = mCurrentStructureSetActor->GetROIList().size();
 489   for(int i=0; i<nb; i++) {
 490     if (mCurrentStructureSetActor->GetROIList()[i]->IsVisible()) {
 491       nbVisible++;
 492     }
 493   }
 494
 495   disconnect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 496   disconnect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 497   if (nbVisible == nb) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 498   else {
 499     if (nbVisible == 0) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 500     else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::PartiallyChecked);
 501   }
 502   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 503   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(stateChanged(int)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(int)));
 504 }
 505 //------------------------------------------------------------------------------
 506
 507 //------------------------------------------------------------------------------
 508 void vvToolStructureSetManager::VisibleROIToggled(bool b) {
 509   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 510   if (b == mCurrentROIActor->IsVisible()) return; // nothing to do
 511   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 512   UpdateAllROIStatus();
 513   mCurrentSlicerManager->Render();
 514 }
 515 //------------------------------------------------------------------------------
 516
 517
 518 //------------------------------------------------------------------------------
 519 void vvToolStructureSetManager::VisibleContourROIToggled(bool b) {
 520   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 521   if (mCurrentROIActor->IsContourVisible() == b) return; // nothing to do
 522   mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 523   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 524   mCurrentSlicerManager->Render();
 525 }
 526 //------------------------------------------------------------------------------
 527
 528
 529 //------------------------------------------------------------------------------
 530 void vvToolStructureSetManager::OpacityChanged(int v) {
 531   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 532   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 533   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 534   mCurrentSlicerManager->Render();
 535 }
 536 //------------------------------------------------------------------------------
 537
 538
 539 //------------------------------------------------------------------------------
 540 void vvToolStructureSetManager::AllVisibleROIToggled(int b) {
 541   bool status = false;
 542   if ((mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 543       (mCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 544
 545   for(int i=0; i<mCurrentStructureSetActor->GetNumberOfROIs(); i++) {
 546     mCurrentStructureSetActor->GetROIList()[i]->SetVisible(status);
 547   }
 548   if (status) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 549   else  mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 550   mCheckBoxShow->setChecked(status);
 551   mCurrentSlicerManager->Render();
 552 }
 553 //------------------------------------------------------------------------------
 554
 555
 556 //------------------------------------------------------------------------------
 557 void vvToolStructureSetManager::AllVisibleContourROIToggled(bool b) {
 558   bool status = false;
 559   if ((mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::Checked) ||
 560       (mContourCheckBoxShowAll->checkState() == Qt::PartiallyChecked))  status = true;
 561   // Update current
 562   for(int i=0; i<mCurrentStructureSetActor->GetNumberOfROIs(); i++) {
 563     mCurrentStructureSetActor->GetROIList()[i]->SetContourVisible(status);
 564   }
 565   // Update current selection
 566   if (status) mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 567   else  mContourCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 568   mContourCheckBoxShow->setChecked(status);
 569   mCurrentSlicerManager->Render();
 570 }
 571 //------------------------------------------------------------------------------
 572
 573
 574 //------------------------------------------------------------------------------
 575 void vvToolStructureSetManager::ChangeColor() {
 576   QColor color;
 577   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 578                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 579                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 580   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 581   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 582   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 583
 584   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 585   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 586                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 587                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 588   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 589   w->setBackground(2, brush);
 590   // Render
 591   mCurrentSlicerManager->Render();
 592 }
 593 //------------------------------------------------------------------------------
 594
 595
 596 //------------------------------------------------------------------------------
 597 void vvToolStructureSetManager::ChangeContourColor() {
 598   QColor color;
 599   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetContourColor()[0],
 600                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[1],
 601                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[2]);
 602   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the contour color");
 603   mCurrentROIActor->SetContourColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 604   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 605   mCurrentSlicerManager->Render();
 606 }
 607 //------------------------------------------------------------------------------
 608
 609
 610 //------------------------------------------------------------------------------
 611 void vvToolStructureSetManager::ChangeContourWidth(int n) {
 612   mCurrentROIActor->SetContourWidth(n);
 613   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 614   mCurrentSlicerManager->Render();
 615 }
 616 //------------------------------------------------------------------------------
 617
 618
 619 //------------------------------------------------------------------------------
 620 void vvToolStructureSetManager::ChangeDepth(int n) {
 621   mCurrentROIActor->SetDepth(n);
 622   mCurrentROIActor->UpdateImage();
 623   mCurrentSlicerManager->Render();
 624   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 625   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 626   w->setText(3, QString("%1").arg(mCurrentROIActor->GetDepth()));
 627 }
 628 //------------------------------------------------------------------------------
 629
 630
 631 //------------------------------------------------------------------------------
 632 void vvToolStructureSetManager::ReloadCurrentROI() {
 633   // Reload image
 634   vvImageReader::Pointer reader = vvImageReader::New();
 635   reader->SetInputFilename(mCurrentROI->GetFilename());
 636   reader->Update(vvImageReader::IMAGE);
 637   if (reader->GetLastError() != "") {
 638     QMessageBox::information(mMainWindowBase, tr("Sorry, error. Could not reload"), reader->GetLastError().c_str());
 639     return;
 640   }
 641   mCurrentROI->GetImage()->GetFirstVTKImageData()->ReleaseData();
 642   mCurrentROI->SetImage(reader->GetOutput());
 643
 644   // Update visu"
 645   mCurrentROIActor->UpdateImage();
 646   mCurrentSlicerManager->Render();
 647 }
 648 //------------------------------------------------------------------------------
 649
 650
 651 //------------------------------------------------------------------------------
 652 void vvToolStructureSetManager::CheckInputList(std::vector<vvSlicerManager*> & l, int & index)
 653 {
 654   for(unsigned int i=0; i<l.size(); i++) {
 655     std::vector<vvSlicerManager*>::iterator iter = std::find(mListOfInputs.begin(), mListOfInputs.end(), l[i]);
 656     if (iter != mListOfInputs.end()) {
 657       for(unsigned int j=i;j<l.size(); j++) l[j] = l[j+1];
 658       l.pop_back();
 659       if (index == (int)i) index = 0;
 660       i--;
 661     }
 662   }
 663 }
 664 //------------------------------------------------------------------------------
 665
 666
 667 //------------------------------------------------------------------------------
 668 // STATIC
 669 vvToolStructureSetManager * vvToolStructureSetManager::AddImage(vvSlicerManager * m, std::string name, vvImage::Pointer image, double BG, bool m_modeBG)
 670 {
 671   // If the tool is open for this vvSlicerManager, use it and return
 672   if (mListOfOpenTool[m]) {
 673     vvToolStructureSetManager * tool = mListOfOpenTool[m];
 674     tool->AddImage(image, name, BG, m_modeBG);
 675     tool->UpdateImage();
 676     return tool;
 677   }
 678
 679   // If the tool is not open, create it
 680   vvToolStructureSetManager * tool = new vvToolStructureSetManager
 681     (CREATOR(vvToolStructureSetManager)->GetMainWindow(), Qt::Dialog, m);
 682   tool->AddImage(image, name, BG, m_modeBG);
 683   tool->UpdateImage();
 684   tool->show();
 685   return tool;
 686 }
 687 //------------------------------------------------------------------------------