]> Creatis software - cpMesh.git/blob - lib/cpm/Plugins/SimpleFillRegion.cxx
Almost compatible with new cpPlugins
[cpMesh.git] / lib / cpm / Plugins / SimpleFillRegion.cxx
1 #include <cpm/Plugins/SimpleFillRegion.h>
2 #include <cpPlugins/Interface/Image.h>
3
4 #include <itkBinaryThresholdImageFunction.h>
5 #include <itkFloodFilledImageFunctionConditionalConstIterator.h>
6
7 #define ITK_MANUAL_INSTANTIATION
8 #include <itkImage.h>
9
10 // -------------------------------------------------------------------------
11 #define cpmPlugins_SimpleFillRegion_Dimension( r, d, i1, i2, f )     \
12   if(                                                                \
13     dynamic_cast< itk::ImageBase< d >* >( i1 ) != NULL &&            \
14     dynamic_cast< itk::ImageBase< d >* >( i2 ) != NULL               \
15     )                                                                \
16     r = this->f< d >( )
17
18 // -------------------------------------------------------------------------
19 #define cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, p, d, i, f )          \
20   if( dynamic_cast< itk::Image< p, d >* >( i ) != NULL )             \
21     r = this->f< p, d >( )
22
23 // -------------------------------------------------------------------------
24 #define cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, p1, p2, d, i, f )     \
25   if( dynamic_cast< itk::Image< p2, d >* >( i ) != NULL )            \
26     r = this->f< p1, p2, d >( )
27
28 // -------------------------------------------------------------------------
29 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
30 GetClassName( ) const
31 {
32   return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion" );
33 }
34
35 // -------------------------------------------------------------------------
36 cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
37 SimpleFillRegion( )
38   : Superclass( )
39 {
40   this->SetNumberOfInputs( 2 );
41   this->SetNumberOfOutputs( 1 );
42   this->_MakeOutput< cpPlugins::Interface::Image >( 0 );
43
44   using namespace cpPlugins::Interface;
45   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Real, "MinDelta" );
46   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Real, "MaxDelta" );
47   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Point, "Seed" );
48
49   this->m_DefaultParameters.SetValueAsReal( "MinDelta", 0 );
50   this->m_DefaultParameters.SetValueAsReal( "MaxDelta", 0 );
51   this->m_DefaultParameters.SetValueAsPoint( "Seed", 3, 0.0, 0.0, 0.0 );
52   this->m_Parameters = this->m_DefaultParameters;
53 }
54
55 // -------------------------------------------------------------------------
56 cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
57 ~SimpleFillRegion( )
58 {
59 }
60
61 // -------------------------------------------------------------------------
62 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
63 _GenerateData( )
64 {
65   itk::DataObject* i1 = this->_GetInput( 0 );
66   itk::DataObject* i2 = this->_GetInput( 1 );
67
68   std::string r =
69     "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: itk::Image(s) dimensions not supported";
70   cpmPlugins_SimpleFillRegion_Dimension( r, 2, i1, i2, _GD0 );
71   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Dimension( r, 3, i1, i2, _GD0 );
72   return( r );
73 }
74
75 // -------------------------------------------------------------------------
76 template< unsigned int D >
77 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
78 _GD0( )
79 {
80   typedef itk::ImageBase< D > _TImage;
81
82   _TImage* i1 = dynamic_cast< _TImage* >( this->_GetInput( 0 ) );
83
84   std::string r =
85     "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: first image's pixel type not supported";
86   cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, char, D, i1, _GD1 );
87   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, short, D, i1, _GD1 );
88   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, int, D, i1, _GD1 );
89   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, long, D, i1, _GD1 );
90   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned char, D, i1, _GD1 );
91   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned short, D, i1, _GD1 );
92   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned int, D, i1, _GD1 );
93   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned long, D, i1, _GD1 );
94   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, float, D, i1, _GD1 );
95   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, double, D, i1, _GD1 );
96   return( r );
97 }
98
99 // -------------------------------------------------------------------------
100 template< class P1, unsigned int D >
101 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
102 _GD1( )
103 {
104   typedef itk::ImageBase< D > _TImage;
105
106   _TImage* i2 = dynamic_cast< _TImage* >( this->_GetInput( 1 ) );
107
108   std::string r =
109     "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: second image's pixel type not supported";
110   cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, char, D, i2, _GD2 );
111   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, short, D, i2, _GD2 );
112   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, int, D, i2, _GD2 );
113   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, long, D, i2, _GD2 );
114   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned char, D, i2, _GD2 );
115   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned short, D, i2, _GD2 );
116   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned int, D, i2, _GD2 );
117   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned long, D, i2, _GD2 );
118   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, float, D, i2, _GD2 );
119   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, double, D, i2, _GD2 );
120   return( r );
121 }
122
123 // -------------------------------------------------------------------------
124 template< typename I1, class I2, typename TCoordRep >
125 class SimpleFillRegionFunction
126   : public itk::BinaryThresholdImageFunction< I1, TCoordRep >
127 {
128 public:
129   typedef SimpleFillRegionFunction                 Self;
130   typedef itk::BinaryThresholdImageFunction< I1, TCoordRep > Superclass;
131   typedef itk::SmartPointer< Self >                          Pointer;
132   typedef itk::SmartPointer< const Self >                    ConstPointer;
133
134   itkTypeMacro( SimpleFillRegionFunction, itkBinaryThresholdImageFunction );
135   itkNewMacro( Self );
136
137   itkSetConstObjectMacro( InputSegmentation, I2 );
138
139   typedef typename Superclass::InputImageType InputImageType;
140   typedef typename I1::PixelType PixelType;
141   itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, Superclass::ImageDimension);
142   typedef typename Superclass::PointType PointType;
143   typedef typename Superclass::IndexType IndexType;
144   typedef typename Superclass::ContinuousIndexType ContinuousIndexType;
145
146   virtual bool EvaluateAtIndex( const IndexType& index ) const
147     {
148       bool cont = true;
149       if( this->m_InputSegmentation.IsNotNull( ) )
150         cont = (
151           this->m_InputSegmentation->GetPixel( index ) ==
152           ( typename I2::PixelType )( 0 )
153           );
154       if( cont )
155         return( this->Superclass::EvaluateAtIndex( index ) );
156       else
157         return( false );
158     }
159
160 protected:
161   SimpleFillRegionFunction( )
162     : Superclass( )
163     {
164     }
165   virtual ~SimpleFillRegionFunction( )
166     {
167     }
168
169 private:
170   // Purposely not implemented
171   SimpleFillRegionFunction( const Self& );
172   Self& operator=( const Self& );
173
174 protected:
175   typename I2::ConstPointer m_InputSegmentation;
176 };
177
178 // -------------------------------------------------------------------------
179 template< class P1, class P2, unsigned int D >
180 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
181 _GD2( )
182 {
183   typedef itk::Image< P1, D > _TImage1;
184   typedef itk::Image< P2, D > _TImage2;
185
186   _TImage1* i1 = dynamic_cast< _TImage1* >( this->_GetInput( 0 ) );
187   _TImage2* i2 = dynamic_cast< _TImage2* >( this->_GetInput( 1 ) );
188
189   // Transform input seed
190   typename _TImage1::PointType pnt =
191     this->m_Parameters.GetValueAsPoint< typename _TImage1::PointType >( "Seed" );
192   typename _TImage1::IndexType idx;
193   i1->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, idx );
194
195   // Check spatial compatilibity
196   if( i1->GetLargestPossibleRegion( ) != i2->GetLargestPossibleRegion( ) )
197     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible regions." );
198   if( i1->GetSpacing( ) != i2->GetSpacing( ) )
199     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible spacings." );
200   if( i1->GetOrigin( ) != i2->GetOrigin( ) )
201     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible origins." );
202   if( i1->GetDirection( ) != i2->GetDirection( ) )
203     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible directions." );
204
205   // Create output
206   typename _TImage2::Pointer out = _TImage2::New( );
207   this->_SetOutput( 0, out );
208
209   // Create memory, if needed
210   if(
211     i1->GetLargestPossibleRegion( ) != out->GetLargestPossibleRegion( ) ||
212     i1->GetSpacing( ) != out->GetSpacing( ) ||
213     i1->GetOrigin( ) != out->GetOrigin( ) ||
214     i1->GetDirection( ) != out->GetDirection( )
215     )
216   {
217     out->SetLargestPossibleRegion( i1->GetLargestPossibleRegion( ) );
218     out->SetRequestedRegion( i1->GetRequestedRegion( ) );
219     out->SetBufferedRegion( i1->GetBufferedRegion( ) );
220     out->SetDirection( i1->GetDirection( ) );
221     out->SetOrigin( i1->GetOrigin( ) );
222     out->SetSpacing( i1->GetSpacing( ) );
223     out->Allocate( );
224
225   } // fi
226   out->FillBuffer( P2( 0 ) );
227
228   P1 min_delta = P1( this->m_Parameters.GetValueAsReal( "MinDelta" ) );
229   P1 max_delta = P1( this->m_Parameters.GetValueAsReal( "MaxDelta" ) );
230   P1 lower = i1->GetPixel( idx ) - min_delta;
231   P1 upper = i1->GetPixel( idx ) + min_delta;
232
233   typedef SimpleFillRegionFunction< _TImage1, _TImage2, double > _TFunction;
234   typename _TFunction::Pointer f = _TFunction::New( );
235   f->SetInputImage( i1 );
236   f->SetInputSegmentation( i2 );
237   f->ThresholdBetween( lower, upper );
238
239   typedef
240     itk::FloodFilledImageFunctionConditionalConstIterator< _TImage1, _TFunction >
241     _TIterator;
242   _TIterator fIt( i1, f, idx );
243   for( fIt.GoToBegin( ); !fIt.IsAtEnd( ); ++fIt )
244     out->SetPixel( fIt.GetIndex( ), 1 );
245
246   return( "" );
247 }
248
249 // eof - $RCSfile$