lib/cpm/Plugins/SimpleFillRegion.cxx

   1 #include <cpm/Plugins/SimpleFillRegion.h>
   2 #include <cpPlugins/Interface/Image.h>
   3
   4 #include <itkBinaryThresholdImageFunction.h>
   5 #include <itkFloodFilledImageFunctionConditionalConstIterator.h>
   6
   7 #define ITK_MANUAL_INSTANTIATION
   8 #include <itkImage.h>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 #define cpmPlugins_SimpleFillRegion_Dimension( r, d, i1, i2, f )     \
  12   if(                                                                \
  13     dynamic_cast< itk::ImageBase< d >* >( i1 ) != NULL &&            \
  14     dynamic_cast< itk::ImageBase< d >* >( i2 ) != NULL               \
  15     )                                                                \
  16     r = this->f< d >( )
  17
  18 // -------------------------------------------------------------------------
  19 #define cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, p, d, i, f )          \
  20   if( dynamic_cast< itk::Image< p, d >* >( i ) != NULL )             \
  21     r = this->f< p, d >( )
  22
  23 // -------------------------------------------------------------------------
  24 #define cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, p1, p2, d, i, f )     \
  25   if( dynamic_cast< itk::Image< p2, d >* >( i ) != NULL )            \
  26     r = this->f< p1, p2, d >( )
  27
  28 // -------------------------------------------------------------------------
  29 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
  30 GetClassName( ) const
  31 {
  32   return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion" );
  33 }
  34
  35 // -------------------------------------------------------------------------
  36 cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
  37 SimpleFillRegion( )
  38   : Superclass( )
  39 {
  40   this->SetNumberOfInputs( 2 );
  41   this->SetNumberOfOutputs( 1 );
  42   this->_MakeOutput< cpPlugins::Interface::Image >( 0 );
  43
  44   using namespace cpPlugins::Interface;
  45   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Real, "MinDelta" );
  46   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Real, "MaxDelta" );
  47   this->m_DefaultParameters.Configure( Parameters::Point, "Seed" );
  48
  49   this->m_DefaultParameters.SetValueAsReal( "MinDelta", 0 );
  50   this->m_DefaultParameters.SetValueAsReal( "MaxDelta", 0 );
  51   this->m_DefaultParameters.SetValueAsPoint( "Seed", 3, 0.0, 0.0, 0.0 );
  52   this->m_Parameters = this->m_DefaultParameters;
  53 }
  54
  55 // -------------------------------------------------------------------------
  56 cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
  57 ~SimpleFillRegion( )
  58 {
  59 }
  60
  61 // -------------------------------------------------------------------------
  62 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
  63 _GenerateData( )
  64 {
  65   /* TODO
  66      itk::DataObject* i1 = this->_GetInput( 0 );
  67      itk::DataObject* i2 = this->_GetInput( 1 );
  68
  69      std::string r =
  70      "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: itk::Image(s) dimensions not supported";
  71      cpmPlugins_SimpleFillRegion_Dimension( r, 2, i1, i2, _GD0 );
  72      else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Dimension( r, 3, i1, i2, _GD0 );
  73      return( r );
  74   */
  75   return( "" );
  76 }
  77
  78 // -------------------------------------------------------------------------
  79 /*
  80 template< unsigned int D >
  81 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
  82 _GD0( )
  83 {
  84   typedef itk::ImageBase< D > _TImage;
  85
  86   _TImage* i1 = dynamic_cast< _TImage* >( this->_GetInput( 0 ) );
  87
  88   std::string r =
  89     "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: first image's pixel type not supported";
  90   cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, char, D, i1, _GD1 );
  91   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, short, D, i1, _GD1 );
  92   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, int, D, i1, _GD1 );
  93   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, long, D, i1, _GD1 );
  94   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned char, D, i1, _GD1 );
  95   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned short, D, i1, _GD1 );
  96   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned int, D, i1, _GD1 );
  97   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, unsigned long, D, i1, _GD1 );
  98   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, float, D, i1, _GD1 );
  99   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel1( r, double, D, i1, _GD1 );
 100   return( r );
 101 }
 102
 103 // -------------------------------------------------------------------------
 104 template< class P1, unsigned int D >
 105 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
 106 _GD1( )
 107 {
 108   typedef itk::ImageBase< D > _TImage;
 109
 110   _TImage* i2 = dynamic_cast< _TImage* >( this->_GetInput( 1 ) );
 111
 112   std::string r =
 113     "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: second image's pixel type not supported";
 114   cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, char, D, i2, _GD2 );
 115   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, short, D, i2, _GD2 );
 116   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, int, D, i2, _GD2 );
 117   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, long, D, i2, _GD2 );
 118   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned char, D, i2, _GD2 );
 119   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned short, D, i2, _GD2 );
 120   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned int, D, i2, _GD2 );
 121   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, unsigned long, D, i2, _GD2 );
 122   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, float, D, i2, _GD2 );
 123   else cpmPlugins_SimpleFillRegion_Pixel2( r, P1, double, D, i2, _GD2 );
 124   return( r );
 125 }
 126
 127 // -------------------------------------------------------------------------
 128 template< typename I1, class I2, typename TCoordRep >
 129 class SimpleFillRegionFunction
 130   : public itk::BinaryThresholdImageFunction< I1, TCoordRep >
 131 {
 132 public:
 133   typedef SimpleFillRegionFunction                 Self;
 134   typedef itk::BinaryThresholdImageFunction< I1, TCoordRep > Superclass;
 135   typedef itk::SmartPointer< Self >                          Pointer;
 136   typedef itk::SmartPointer< const Self >                    ConstPointer;
 137
 138   itkTypeMacro( SimpleFillRegionFunction, itkBinaryThresholdImageFunction );
 139   itkNewMacro( Self );
 140
 141   itkSetConstObjectMacro( InputSegmentation, I2 );
 142
 143   typedef typename Superclass::InputImageType InputImageType;
 144   typedef typename I1::PixelType PixelType;
 145   itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, Superclass::ImageDimension);
 146   typedef typename Superclass::PointType PointType;
 147   typedef typename Superclass::IndexType IndexType;
 148   typedef typename Superclass::ContinuousIndexType ContinuousIndexType;
 149
 150   virtual bool EvaluateAtIndex( const IndexType& index ) const
 151     {
 152       bool cont = true;
 153       if( this->m_InputSegmentation.IsNotNull( ) )
 154         cont = (
 155           this->m_InputSegmentation->GetPixel( index ) ==
 156           ( typename I2::PixelType )( 0 )
 157           );
 158       if( cont )
 159         return( this->Superclass::EvaluateAtIndex( index ) );
 160       else
 161         return( false );
 162     }
 163
 164 protected:
 165   SimpleFillRegionFunction( )
 166     : Superclass( )
 167     {
 168     }
 169   virtual ~SimpleFillRegionFunction( )
 170     {
 171     }
 172
 173 private:
 174   // Purposely not implemented
 175   SimpleFillRegionFunction( const Self& );
 176   Self& operator=( const Self& );
 177
 178 protected:
 179   typename I2::ConstPointer m_InputSegmentation;
 180 };
 181
 182 // -------------------------------------------------------------------------
 183 template< class P1, class P2, unsigned int D >
 184 std::string cpm::Plugins::SimpleFillRegion::
 185 _GD2( )
 186 {
 187   typedef itk::Image< P1, D > _TImage1;
 188   typedef itk::Image< P2, D > _TImage2;
 189
 190   _TImage1* i1 = dynamic_cast< _TImage1* >( this->_GetInput( 0 ) );
 191   _TImage2* i2 = dynamic_cast< _TImage2* >( this->_GetInput( 1 ) );
 192
 193   // Transform input seed
 194   typename _TImage1::PointType pnt =
 195     this->m_Parameters.GetValueAsPoint< typename _TImage1::PointType >( "Seed" );
 196   typename _TImage1::IndexType idx;
 197   i1->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, idx );
 198
 199   // Check spatial compatilibity
 200   if( i1->GetLargestPossibleRegion( ) != i2->GetLargestPossibleRegion( ) )
 201     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible regions." );
 202   if( i1->GetSpacing( ) != i2->GetSpacing( ) )
 203     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible spacings." );
 204   if( i1->GetOrigin( ) != i2->GetOrigin( ) )
 205     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible origins." );
 206   if( i1->GetDirection( ) != i2->GetDirection( ) )
 207     return( "cpm::Plugins::SimpleFillRegion: incompatible directions." );
 208
 209   // Create output
 210   typename _TImage2::Pointer out = _TImage2::New( );
 211   this->_SetOutput( 0, out );
 212
 213   // Create memory, if needed
 214   if(
 215     i1->GetLargestPossibleRegion( ) != out->GetLargestPossibleRegion( ) ||
 216     i1->GetSpacing( ) != out->GetSpacing( ) ||
 217     i1->GetOrigin( ) != out->GetOrigin( ) ||
 218     i1->GetDirection( ) != out->GetDirection( )
 219     )
 220   {
 221     out->SetLargestPossibleRegion( i1->GetLargestPossibleRegion( ) );
 222     out->SetRequestedRegion( i1->GetRequestedRegion( ) );
 223     out->SetBufferedRegion( i1->GetBufferedRegion( ) );
 224     out->SetDirection( i1->GetDirection( ) );
 225     out->SetOrigin( i1->GetOrigin( ) );
 226     out->SetSpacing( i1->GetSpacing( ) );
 227     out->Allocate( );
 228
 229   } // fi
 230   out->FillBuffer( P2( 0 ) );
 231
 232   P1 min_delta = P1( this->m_Parameters.GetValueAsReal( "MinDelta" ) );
 233   P1 max_delta = P1( this->m_Parameters.GetValueAsReal( "MaxDelta" ) );
 234   P1 lower = i1->GetPixel( idx ) - min_delta;
 235   P1 upper = i1->GetPixel( idx ) + min_delta;
 236
 237   typedef SimpleFillRegionFunction< _TImage1, _TImage2, double > _TFunction;
 238   typename _TFunction::Pointer f = _TFunction::New( );
 239   f->SetInputImage( i1 );
 240   f->SetInputSegmentation( i2 );
 241   f->ThresholdBetween( lower, upper );
 242
 243   typedef
 244     itk::FloodFilledImageFunctionConditionalConstIterator< _TImage1, _TFunction >
 245     _TIterator;
 246   _TIterator fIt( i1, f, idx );
 247   for( fIt.GoToBegin( ); !fIt.IsAtEnd( ); ++fIt )
 248     out->SetPixel( fIt.GetIndex( ), 1 );
 249
 250   return( "" );
 251 }
 252 */
 253
 254 // eof - $RCSfile$