lib/cpExtensions/Algorithms/IsoImageSlicer.hxx

   1 // -------------------------------------------------------------------------
   2 // @author Leonardo Florez-Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
   3 // -------------------------------------------------------------------------
   4
   5 #ifndef __CPEXTENSIONS__ALGORITHMS__ISOIMAGESLICER__HXX__
   6 #define __CPEXTENSIONS__ALGORITHMS__ISOIMAGESLICER__HXX__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class R, class I >
  10 unsigned long cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  11 GetMTime( ) const
  12 {
  13   unsigned long t = this->Superclass::GetMTime( );
  14   unsigned long sT = this->m_Slicer->GetMTime( );
  15   unsigned long cT = this->m_Collapsor->GetMTime( );
  16   unsigned long tT = this->m_Transform->GetMTime( );
  17   t = ( sT > t )? sT: t;
  18   t = ( cT > t )? cT: t;
  19   t = ( tT > t )? tT: t;
  20   return( t );
  21 }
  22
  23 // -------------------------------------------------------------------------
  24 template< class R, class I >
  25 const typename cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  26 TInterpolateFunction*
  27 cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  28 GetInterpolator( ) const
  29 {
  30   return( this->m_Slicer->GetInterpolator( ) );
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 template< class R, class I >
  35 const typename cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  36 TMatrix& cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  37 GetRotation( ) const
  38 {
  39   return( this->m_Transform->GetMatrix( ) );
  40 }
  41
  42 // -------------------------------------------------------------------------
  43 template< class R, class I >
  44 const typename cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  45 TVector& cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  46 GetTranslation( ) const
  47 {
  48   return( this->m_Transform->GetOffset( ) );
  49 }
  50
  51 // -------------------------------------------------------------------------
  52 template< class R, class I >
  53 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  54 SetInterpolator( TInterpolateFunction* f )
  55 {
  56   this->m_Slicer->SetInterpolator( f );
  57   this->Modified( );
  58 }
  59
  60 // -------------------------------------------------------------------------
  61 template< class R, class I >
  62 template< class M >
  63 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  64 SetRotation( const M& r )
  65 {
  66   TMatrix rotation;
  67   for( unsigned int i = 0; i < Self::Dim; ++i )
  68     for( unsigned int j = 0; j < Self::Dim; ++j )
  69       rotation[ i ][ j ] = r[ i ][ j ];
  70   this->m_Transform->SetMatrix( rotation );
  71   this->Modified( );
  72 }
  73
  74 // -------------------------------------------------------------------------
  75 template< class R, class I >
  76 template< class V >
  77 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  78 SetTranslation( const V& t )
  79 {
  80   TVector off;
  81   for( unsigned int i = 0; i < Self::Dim; ++i )
  82     off[ i ] = t[ i ];
  83   this->m_Transform->SetOffset( off );
  84   this->Modified( );
  85 }
  86
  87 // -------------------------------------------------------------------------
  88 template< class R, class I >
  89 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  90 SetSize( TScalar s )
  91 {
  92   this->m_Size.Fill( s );
  93   this->Modified( );
  94 }
  95
  96 // -------------------------------------------------------------------------
  97 template< class R, class I >
  98 cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
  99 BaseImageSlicer( )
 100   : Superclass( ),
 101     m_SizeFromMaximum( false ),
 102     m_SizeFromMinimum( false ),
 103     m_Spacing( TSpacingValue( 1 ) ),
 104     m_SpacingFromMaximum( false ),
 105     m_SpacingFromMinimum( false )
 106 {
 107   this->m_Size.Fill( TScalar( 1 ) );
 108
 109   // Slicer
 110   this->m_Slicer = TSlicer::New( );
 111
 112   TIndex idx;
 113   idx.Fill( 0 );
 114   this->m_Slicer->SetOutputStartIndex( idx );
 115
 116   // Dimension collapsor
 117   this->m_Collapsor = TCollapsor::New( );
 118   this->m_Collapsor->SetInput( this->m_Slicer->GetOutput( ) );
 119   this->m_Collapsor->SetDirectionCollapseToIdentity( );
 120
 121   this->m_Transform = TTransform::New( );
 122   this->m_Transform->SetIdentity( );
 123 }
 124
 125 // -------------------------------------------------------------------------
 126 template< class R, class I >
 127 cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
 128 ~BaseImageSlicer( )
 129 {
 130 }
 131
 132 // -------------------------------------------------------------------------
 133 template< class R, class I >
 134 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
 135 GenerateOutputInformation( )
 136 {
 137 }
 138
 139 // -------------------------------------------------------------------------
 140 template< class R, class I >
 141 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
 142 GenerateInputRequestedRegion( )
 143 {
 144   TImage* input = const_cast< TImage* >( this->GetInput( ) );
 145   if( input != NULL )
 146     input->SetRequestedRegionToLargestPossibleRegion( );
 147 }
 148
 149 // -------------------------------------------------------------------------
 150 template< class R, class I >
 151 void cpExtensions::Algorithms::BaseImageSlicer< R, I >::
 152 GenerateData( )
 153 {
 154   const TImage* input = this->GetInput( );
 155
 156   // Spacing
 157   TSpacing spac;
 158   if( this->m_SpacingFromMaximum || this->m_SpacingFromMinimum )
 159   {
 160     spac = input->GetSpacing( );
 161     TSpacingValue minIso = spac[ 0 ];
 162     TSpacingValue maxIso = spac[ 0 ];
 163     for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 164     {
 165       minIso = ( spac[ i ] < minIso )? spac[ i ]: minIso;
 166       maxIso = ( spac[ i ] > maxIso )? spac[ i ]: maxIso;
 167
 168     } // rof
 169     this->m_Spacing = ( this->m_SpacingFromMinimum )? minIso: maxIso;
 170
 171   } // fi
 172   spac.Fill( this->m_Spacing );
 173
 174   // Size and origin
 175   if( this->m_SizeFromMaximum || this->m_SizeFromMinimum )
 176   {
 177     TSize iSize = input->GetRequestedRegion( ).GetSize( );
 178     TSpacing iSpac = input->GetSpacing( );
 179     TScalar minSize = TScalar( iSize[ 0 ] ) * TScalar( iSpac[ 0 ] );
 180     TScalar maxSize = minSize;
 181     for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 182     {
 183       TScalar v = TScalar( iSize[ i ] ) * TScalar( iSpac[ i ] );
 184       minSize = ( v < minSize )? v: minSize;
 185       maxSize = ( v > maxSize )? v: maxSize;
 186
 187     } // rof
 188     if( this->m_SizeFromMaximum )
 189       this->m_Size.Fill( maxSize );
 190     else
 191       this->m_Size.Fill( minSize );
 192
 193   } // fi
 194
 195   TSize size;
 196   typename TSlicer::OriginPointType origin;
 197   size[ 0 ] = 1;
 198   origin[ 0 ] = 0;
 199   for( unsigned int i = 1; i < Self::Dim; i++ )
 200   {
 201     double s = double( this->m_Size[ i ] ) / double( spac[ i ] );
 202     size[ i ] = ( unsigned int )( s );
 203     origin[ i ] = -( 0.5 * this->m_Size[ i ] );
 204
 205   } // rof
 206
 207   // Prepare slicer
 208   this->m_Slicer->SetInput( input );
 209   this->m_Slicer->SetTransform( this->m_Transform );
 210   this->m_Slicer->SetOutputSpacing( spac );
 211   this->m_Slicer->SetOutputOrigin( origin );
 212   this->m_Slicer->SetSize( size );
 213   this->m_Slicer->SetDefaultPixelValue( this->m_DefaultValue );
 214
 215   // Slice!
 216   // Note: UpdateLargestPossibleRegion( ) is used since we need the
 217   // output regions to be updated at each filter call.
 218   this->m_Slicer->UpdateLargestPossibleRegion( );
 219
 220   // Collapse result
 221   TRegion region = this->m_Slicer->GetOutput( )->GetRequestedRegion( );
 222   TSize regionSize = region.GetSize( );
 223   regionSize[ 0 ] = 0;
 224   region.SetSize( regionSize );
 225   this->m_Collapsor->SetExtractionRegion( region );
 226
 227   this->m_Collapsor->GraftOutput( this->GetOutput( ) );
 228   this->m_Collapsor->UpdateLargestPossibleRegion( );
 229   this->GraftOutput( this->m_Collapsor->GetOutput( ) );
 230 }
 231
 232 #endif // __CPEXTENSIONS__ALGORITHMS__ISOIMAGESLICER__HXX__
 233
 234 // eof - $RCSfile$