lib/cpExtensions/Algorithms/SkeletonReader.hxx

   1 // -------------------------------------------------------------------------
   2 // @author Leonardo Florez-Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
   3 // -------------------------------------------------------------------------
   4
   5 #ifndef __cpExtensions__Algorithms__SkeletonReader__hxx__
   6 #define __cpExtensions__Algorithms__SkeletonReader__hxx__
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 template< class _TSkeleton >
  10 _TSkeleton* cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  11 GetOutput( )
  12 {
  13   return(
  14     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >( this->GetPrimaryOutput( ) )
  15     );
  16 }
  17
  18 // -------------------------------------------------------------------------
  19 template< class _TSkeleton >
  20 _TSkeleton* cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  21 GetOutput( unsigned int i )
  22 {
  23   return(
  24     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >(
  25       this->itk::ProcessObject::GetOutput( i )
  26       )
  27     );
  28 }
  29
  30 // -------------------------------------------------------------------------
  31 template< class _TSkeleton >
  32 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  33 GraftOutput( itk::DataObject* out )
  34 {
  35   this->GraftNthOutput( 0, out );
  36 }
  37
  38 // -------------------------------------------------------------------------
  39 template< class _TSkeleton >
  40 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  41 GraftOutput(
  42   const typename Superclass::DataObjectIdentifierType& key,
  43   itk::DataObject* out
  44   )
  45 {
  46   if( out == NULL )
  47   {
  48     itkExceptionMacro(
  49       << "Requested to graft output that is a NULL pointer"
  50       );
  51
  52   } // fi
  53   itk::DataObject* output = this->itk::ProcessObject::GetOutput( key );
  54   output->Graft( out );
  55 }
  56
  57 // -------------------------------------------------------------------------
  58 template< class _TSkeleton >
  59 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  60 GraftNthOutput( unsigned int i, itk::DataObject* out )
  61 {
  62   if( i >= this->GetNumberOfIndexedOutputs( ) )
  63   {
  64     itkExceptionMacro(
  65       << "Requested to graft output " << i
  66       << " but this filter only has "
  67       << this->GetNumberOfIndexedOutputs( )
  68       << " indexed Outputs."
  69       );
  70
  71   } // fi
  72   this->GraftOutput( this->MakeNameFromOutputIndex( i ), out );
  73 }
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 template< class _TSkeleton >
  77 itk::DataObject::Pointer
  78 cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  79 MakeOutput( itk::ProcessObject::DataObjectPointerArraySizeType i )
  80 {
  81   return( TSkeleton::New( ).GetPointer( ) );
  82 }
  83
  84 // -------------------------------------------------------------------------
  85 template< class _TSkeleton >
  86 cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  87 SkeletonReader( )
  88   : Superclass( )
  89 {
  90   typename TSkeleton::Pointer out =
  91     static_cast< TSkeleton* >( this->MakeOutput( 0 ).GetPointer( ) );
  92   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  93   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
  94   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  95 }
  96
  97 // -------------------------------------------------------------------------
  98 template< class _TSkeleton >
  99 cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 100 ~SkeletonReader( )
 101 {
 102 }
 103
 104 // -------------------------------------------------------------------------
 105 template< class _TSkeleton >
 106 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 107 GenerateData( )
 108 {
 109   typedef typename TSkeleton::TPath         _TPath;
 110   typedef typename _TPath::TSpacing         _TSpacing;
 111   typedef typename _TPath::TPoint           _TPoint;
 112   typedef typename _TPath::TDirection       _TDirection;
 113   typedef typename _TPath::TContinuousIndex _TContinuousIndex;
 114
 115   std::string buffer;
 116   /* TODO
 117      if( !( cpExtensions::Read( buffer, this->m_FileName ) ) )
 118      {
 119      itkExceptionMacro(
 120      << "Error reading skeleton from \"" << this->m_FileName << "\""
 121      );
 122      return;
 123
 124      } // fi
 125   */
 126
 127   std::istringstream in( buffer );
 128   unsigned int dim;
 129   in >> dim;
 130   if( dim != TSkeleton::Dimension )
 131   {
 132     itkExceptionMacro(
 133       << "Mismatched skeletons dimension: " << dim
 134       << " != " << TSkeleton::Dimension
 135       );
 136     return;
 137
 138   } // fi
 139
 140   TSkeleton* out = this->GetOutput( );
 141   unsigned long size;
 142   in >> size;
 143   while( size > 0 )
 144   {
 145     _TSpacing spa;
 146     _TPoint ori;
 147     _TDirection dir;
 148     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 149       in >> spa[ d ];
 150     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 151       in >> ori[ d ];
 152     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 153       for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 154         in >> dir[ d ][ e ];
 155
 156     typename _TPath::Pointer path = _TPath::New( );
 157     path->SetSpacing( spa );
 158     path->SetOrigin( ori );
 159     path->SetDirection( dir );
 160     for( unsigned long s = 0; s < size; ++s )
 161     {
 162       _TContinuousIndex idx;
 163       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 164         in >> idx[ d ];
 165       path->AddVertex( idx );
 166
 167     } // rof
 168     out->AddBranch( path );
 169     in >> size;
 170
 171   } // elihw
 172 }
 173
 174 #endif // __cpExtensions__Algorithms__SkeletonReader__hxx__
 175
 176 // eof - $RCSfile$