lib/cpExtensions/Algorithms/SkeletonReader.hxx

   1 // -------------------------------------------------------------------------
   2 // @author Leonardo Florez-Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
   3 // -------------------------------------------------------------------------
   4
   5 #ifndef __cpExtensions__Algorithms__SkeletonReader__hxx__
   6 #define __cpExtensions__Algorithms__SkeletonReader__hxx__
   7
   8 #include <cpExtensions/Utility.h>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TSkeleton >
  12 _TSkeleton* cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  13 GetOutput( )
  14 {
  15   return(
  16     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >( this->GetPrimaryOutput( ) )
  17     );
  18 }
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 template< class _TSkeleton >
  22 _TSkeleton* cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  23 GetOutput( unsigned int i )
  24 {
  25   return(
  26     itkDynamicCastInDebugMode< TSkeleton* >(
  27       this->itk::ProcessObject::GetOutput( i )
  28       )
  29     );
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 template< class _TSkeleton >
  34 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  35 GraftOutput( itk::DataObject* out )
  36 {
  37   this->GraftNthOutput( 0, out );
  38 }
  39
  40 // -------------------------------------------------------------------------
  41 template< class _TSkeleton >
  42 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  43 GraftOutput(
  44   const typename Superclass::DataObjectIdentifierType& key,
  45   itk::DataObject* out
  46   )
  47 {
  48   if( out == NULL )
  49   {
  50     itkExceptionMacro(
  51       << "Requested to graft output that is a NULL pointer"
  52       );
  53
  54   } // fi
  55   itk::DataObject* output = this->itk::ProcessObject::GetOutput( key );
  56   output->Graft( out );
  57 }
  58
  59 // -------------------------------------------------------------------------
  60 template< class _TSkeleton >
  61 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  62 GraftNthOutput( unsigned int i, itk::DataObject* out )
  63 {
  64   if( i >= this->GetNumberOfIndexedOutputs( ) )
  65   {
  66     itkExceptionMacro(
  67       << "Requested to graft output " << i
  68       << " but this filter only has "
  69       << this->GetNumberOfIndexedOutputs( )
  70       << " indexed Outputs."
  71       );
  72
  73   } // fi
  74   this->GraftOutput( this->MakeNameFromOutputIndex( i ), out );
  75 }
  76
  77 // -------------------------------------------------------------------------
  78 template< class _TSkeleton >
  79 itk::DataObject::Pointer
  80 cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  81 MakeOutput( itk::ProcessObject::DataObjectPointerArraySizeType i )
  82 {
  83   return( TSkeleton::New( ).GetPointer( ) );
  84 }
  85
  86 // -------------------------------------------------------------------------
  87 template< class _TSkeleton >
  88 cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
  89 SkeletonReader( )
  90   : Superclass( )
  91 {
  92   typename TSkeleton::Pointer out =
  93     static_cast< TSkeleton* >( this->MakeOutput( 0 ).GetPointer( ) );
  94   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredInputs( 0 );
  95   this->itk::ProcessObject::SetNumberOfRequiredOutputs( 1 );
  96   this->itk::ProcessObject::SetNthOutput( 0, out.GetPointer( ) );
  97 }
  98
  99 // -------------------------------------------------------------------------
 100 template< class _TSkeleton >
 101 cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 102 ~SkeletonReader( )
 103 {
 104 }
 105
 106 // -------------------------------------------------------------------------
 107 template< class _TSkeleton >
 108 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonReader< _TSkeleton >::
 109 GenerateData( )
 110 {
 111   typedef typename TSkeleton::TPath         _TPath;
 112   typedef typename _TPath::TSpacing         _TSpacing;
 113   typedef typename _TPath::TPoint           _TPoint;
 114   typedef typename _TPath::TDirection       _TDirection;
 115   typedef typename _TPath::TContinuousIndex _TContinuousIndex;
 116
 117   std::string buffer;
 118   if( !( cpExtensions::Read( buffer, this->m_FileName ) ) )
 119   {
 120     itkExceptionMacro(
 121       << "Error reading skeleton from \"" << this->m_FileName << "\""
 122       );
 123     return;
 124
 125   } // fi
 126
 127   std::istringstream in( buffer );
 128   unsigned int dim;
 129   in >> dim;
 130   if( dim != TSkeleton::Dimension )
 131   {
 132     itkExceptionMacro(
 133       << "Mismatched skeletons dimension: " << dim
 134       << " != " << TSkeleton::Dimension
 135       );
 136     return;
 137
 138   } // fi
 139
 140   TSkeleton* out = this->GetOutput( );
 141   unsigned long size;
 142   in >> size;
 143   while( size > 0 )
 144   {
 145     _TSpacing spa;
 146     _TPoint ori;
 147     _TDirection dir;
 148     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 149       in >> spa[ d ];
 150     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 151       in >> ori[ d ];
 152     for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 153       for( unsigned int e = 0; e < dim; ++e )
 154         in >> dir[ d ][ e ];
 155
 156     typename _TPath::Pointer path = _TPath::New( );
 157     path->SetSpacing( spa );
 158     path->SetOrigin( ori );
 159     path->SetDirection( dir );
 160     for( unsigned long s = 0; s < size; ++s )
 161     {
 162       _TContinuousIndex idx;
 163       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
 164         in >> idx[ d ];
 165       path->AddVertex( idx );
 166
 167     } // rof
 168     out->AddBranch( path );
 169     in >> size;
 170
 171   } // elihw
 172 }
 173
 174 #endif // __cpExtensions__Algorithms__SkeletonReader__hxx__
 175
 176 // eof - $RCSfile$