lib/cpExtensions/Algorithms/SkeletonWriter.hxx

   1 // -------------------------------------------------------------------------
   2 // @author Leonardo Florez-Valencia (florez-l@javeriana.edu.co)
   3 // -------------------------------------------------------------------------
   4
   5 #ifndef __cpExtensions__Algorithms__SkeletonWriter__hxx__
   6 #define __cpExtensions__Algorithms__SkeletonWriter__hxx__
   7
   8 #include <fstream>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 template< class _TSkeleton >
  12 const _TSkeleton* cpExtensions::Algorithms::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  13 GetInput( ) const
  14 {
  15   return(
  16     dynamic_cast< const TSkeleton* >(
  17       this->itk::ProcessObject::GetInput( 0 )
  18       )
  19     );
  20 }
  21
  22 // -------------------------------------------------------------------------
  23 template< class _TSkeleton >
  24 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  25 SetInput( const _TSkeleton* skeleton )
  26 {
  27   this->itk::ProcessObject::SetNthInput(
  28     0, const_cast< TSkeleton* >( skeleton )
  29     );
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 template< class _TSkeleton >
  34 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  35 Update( )
  36 {
  37   TSkeleton* input = const_cast< TSkeleton* >( this->GetInput( ) );
  38   if( input != NULL )
  39   {
  40     input->UpdateOutputInformation( );
  41     input->UpdateOutputData( );
  42     this->GenerateData( );
  43     this->ReleaseInputs( );
  44
  45   } // fi
  46 }
  47
  48 // -------------------------------------------------------------------------
  49 template< class _TSkeleton >
  50 cpExtensions::Algorithms::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  51 SkeletonWriter( )
  52   : Superclass( ),
  53     m_FileName( "" )
  54 {
  55   this->SetNumberOfRequiredInputs( 1 );
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 template< class _TSkeleton >
  60 cpExtensions::Algorithms::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  61 ~SkeletonWriter( )
  62 {
  63 }
  64
  65 // -------------------------------------------------------------------------
  66 template< class _TSkeleton >
  67 void cpExtensions::Algorithms::SkeletonWriter< _TSkeleton >::
  68 GenerateData( )
  69 {
  70   const TSkeleton* sk = this->GetInput( );
  71   auto mIt = sk->BeginEdgesRows( );
  72   auto rIt = mIt->second.begin( );
  73   auto eIt = rIt->second.begin( );
  74   auto path = *eIt;
  75
  76   // Write base information
  77   std::stringstream out1, out2;
  78   out1 << TSkeleton::Dimension << std::endl;
  79   auto spa = path->GetSpacing( );
  80   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  81     out1 << spa[ d ] << " ";
  82   out1 << std::endl;
  83   auto dir = path->GetDirection( );
  84   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  85     for( unsigned int e = 0; e < TSkeleton::Dimension; ++e )
  86       out1 << dir[ d ][ e ] << " ";
  87   out1 << std::endl;
  88   auto ori = path->GetOrigin( );
  89   for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  90     out1 << ori[ d ] << " ";
  91   out1 << std::endl;
  92
  93   // End points
  94   auto end_points = sk->GetEndPoints( );
  95   out1 << end_points.size( ) << std::endl;
  96   for( auto point : end_points )
  97   {
  98     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
  99       out1 << point[ d ] << " ";
 100     out1 << std::endl;
 101
 102   } // rof
 103
 104   // Bifurcations
 105   auto bifurcations = sk->GetBifurcations( );
 106   out1 << bifurcations.size( ) << std::endl;
 107   for( auto point : bifurcations )
 108   {
 109     for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 110       out1 << point[ d ] << " ";
 111     out1 << std::endl;
 112
 113   } // rof
 114
 115   // Write paths
 116   unsigned long pathCount = 0;
 117   mIt = sk->BeginEdgesRows( );
 118   for( ; mIt != sk->EndEdgesRows( ); ++mIt )
 119   {
 120     auto rIt = mIt->second.begin( );
 121     for( ; rIt != mIt->second.end( ); ++rIt )
 122     {
 123       auto eIt = rIt->second.begin( );
 124       for( ; eIt != rIt->second.end( ); ++eIt )
 125       {
 126         auto path = *eIt;
 127         pathCount++;
 128         unsigned int size = path->GetSize( );
 129         out2 << size << std::endl;
 130         for( unsigned int i = 0; i < path->GetSize( ); ++i )
 131         {
 132           auto v = path->GetVertex( i );
 133           for( unsigned int d = 0; d < TSkeleton::Dimension; ++d )
 134             out2 << v[ d ] << " ";
 135
 136         } // rof
 137         out2 << std::endl;
 138
 139       } // rof
 140
 141     } // rof
 142
 143   } // rof
 144   out1 << pathCount << std::endl << out2.str( );
 145
 146   // Real write
 147   std::ofstream file_stream( this->m_FileName.c_str( ), std::ofstream::binary );
 148   if( !file_stream )
 149     itkExceptionMacro(
 150       << "Unable to write skeleton to \""
 151       << this->m_FileName
 152       << "\""
 153       );
 154   file_stream.write( out1.str( ).c_str( ), out1.str( ).size( ) );
 155 }
 156
 157 #endif // __cpExtensions__Algorithms__SkeletonWriter__hxx__
 158
 159 // eof - $RCSfile$