plugins/IO/ImageReader.cxx

   1 #include <IO/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/DataObjects/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/QT/OpenFileDialog.h>
   4
   5 #include <itkImageFileReader.h>
   6 #include <itkImageSeriesReader.h>
   7 #include <itkImageIOFactory.h>
   8
   9 #ifdef cpPlugins_QT4
  10 #  include <QApplication>
  11 #endif // cpPlugins_QT4
  12
  13 // -------------------------------------------------------------------------
  14 QDialog* cpPluginsIO::ImageReader::
  15 CreateQDialog( )
  16 {
  17 #ifdef cpPlugins_QT4
  18   cpPlugins::QT::OpenFileDialog* dlg = NULL;
  19   if( QApplication::instance( ) != NULL )
  20   {
  21     dlg = new cpPlugins::QT::OpenFileDialog( );
  22     dlg->SetParameters( &( this->m_Parameters ), "FileNames" );
  23
  24   } // fi
  25   return( dlg );
  26 #else // cpPlugins_QT4
  27   return( NULL );
  28 #endif // cpPlugins_QT4
  29 }
  30
  31 // -------------------------------------------------------------------------
  32 cpPluginsIO::ImageReader::
  33 ImageReader( )
  34   : Superclass( )
  35 {
  36   this->_ConfigureOutput< cpPlugins::DataObjects::Image >( "Output" );
  37   this->m_Parameters.Clear( );
  38   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  39   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  40     "FileNames",
  41     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  42     );
  43 }
  44
  45 // -------------------------------------------------------------------------
  46 cpPluginsIO::ImageReader::
  47 ~ImageReader( )
  48 {
  49 }
  50
  51 // -------------------------------------------------------------------------
  52 void cpPluginsIO::ImageReader::
  53 _GenerateData( )
  54 {
  55   // Get filenames
  56   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  57   if( fnames.size( ) > 1 )
  58   {
  59     std::stringstream fname_str;
  60     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
  61     std::string fname = fname_str.str( );
  62
  63     // Guess image properties
  64     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  65       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  66         fname.c_str( ), itk::ImageIOFactory::ReadMode
  67         );
  68     if( io.IsNotNull( ) )
  69     {
  70       io->SetFileName( fname );
  71       io->ReadImageInformation( );
  72       bool success = false;
  73       unsigned int dim = io->GetNumberOfDimensions( );
  74 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  75       if( dim == 1 ) success = this->_GD0< 1 >( io );
  76 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  77 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  78       if( dim == 2 ) success = this->_GD0< 2 >( io );
  79 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  80 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  81       if( dim == 3 ) success = this->_GD0< 3 >( io );
  82 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  83 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  84       if( dim == 4 ) success = this->_GD0< 4 >( io );
  85 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  86       if( !success )
  87         this->_Error( "Image dimension not supported." );
  88     }
  89     else
  90       this->_Error(
  91         std::string( "Could not create an ImageIO for \"" ) +
  92         fnames[ 0 ] +
  93         std::string( "\"" )
  94         );
  95   }
  96   else
  97     this->_Error( "No image(s) given" );
  98 }
  99
 100 // -------------------------------------------------------------------------
 101 template< unsigned int _Dim >
 102 bool cpPluginsIO::ImageReader::
 103 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
 104 {
 105   typedef unsigned char  uchar;
 106   typedef unsigned short ushort;
 107   typedef unsigned int   uint;
 108   typedef unsigned long  ulong;
 109
 110   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
 111   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
 112
 113   bool success = false;
 114   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
 115   {
 116 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 117     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< char, _Dim >( io );
 118     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< uchar, _Dim >( io );
 119 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 120 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 121     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< short, _Dim >( io );
 122     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< ushort, _Dim >( io );
 123 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 124 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 125     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< int, _Dim >( io );
 126     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< uint, _Dim >( io );
 127 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 128 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 129     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< long, _Dim >( io );
 130     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< ulong, _Dim >( io );
 131 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 132 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 133     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< float, _Dim >( io );
 134 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 135 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 136     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< double, _Dim >( io );
 137 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 138   }
 139   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 140   {
 141 #ifdef cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBPixel
 142 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 143     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, _Dim >( io );
 144     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uchar >, _Dim >( io );
 145 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 146 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 147     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, _Dim >( io );
 148     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io );
 149 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 150 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 151     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, _Dim >( io );
 152     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uint >, _Dim >( io );
 153 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 154 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 155     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, _Dim >( io );
 156     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ulong >, _Dim >( io );
 157 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 158 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 159     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, _Dim >( io );
 160 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 161 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 162     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io );
 163 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 164 #endif // cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBPixel
 165   }
 166   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 167   {
 168 #ifdef cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBAPixel
 169 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 170     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< char >, _Dim >( io );
 171     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uchar >, _Dim >( io );
 172 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 173 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 174     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< short >, _Dim >( io );
 175     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io );
 176 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 177 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 178     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< int >, _Dim >( io );
 179     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uint >, _Dim >( io );
 180 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 181 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 182     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< long >, _Dim >( io );
 183     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ulong >, _Dim >( io );
 184 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 185 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 186     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< float >, _Dim >( io );
 187 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 188 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 189     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io );
 190 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 191 #endif // cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBAPixel
 192   }
 193   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 194   {
 195 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 196     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< std::complex< float >, _Dim >( io );
 197 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 198 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 199     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io );
 200 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 201   }
 202   else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 203   {
 204 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 205     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 206 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 207 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 208     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 209 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 210   }
 211   else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 212   {
 213 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 214     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< float, _Dim >, _Dim >( io );
 215 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 216 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 217     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< double, _Dim >, _Dim >( io );
 218 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 219   }
 220   else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 221   {
 222 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 223     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 224 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 225 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 226     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 227 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 228   }
 229   else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 230   {
 231 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 232     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< float, _Dim >, _Dim >( io );
 233 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 234 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 235     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< double, _Dim >, _Dim >( io );
 236 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 237   }
 238   else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 239   {
 240     if( _Dim == 3 )
 241     {
 242 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 243       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< float >, _Dim >( io );
 244 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 245 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 246       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< double >, _Dim >( io );
 247 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 248     }
 249     else
 250       this->_Error( "DiffusionTensor3D dimension not supported." );
 251   }
 252   else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 253   {
 254 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 255     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< float, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 256 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 257 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 258     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< double, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 259 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 260   }
 261   else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 262   {
 263     this->_GD1< itk::Offset< _Dim >, _Dim >( io );
 264   }
 265   else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 266   {
 267   } // fi
 268   return( success );
 269 }
 270
 271 // -------------------------------------------------------------------------
 272 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 273 bool cpPluginsIO::ImageReader::
 274 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 275 {
 276   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 277
 278   // Get filenames
 279   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 280   if( fnames.size( ) == 2 )
 281   {
 282     std::stringstream fname_str;
 283     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
 284
 285     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 286     f->SetFileName( fname_str.str( ) );
 287     f->SetImageIO( io );
 288     try
 289     {
 290       f->Update( );
 291       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 292       return( true );
 293     }
 294     catch( itk::ExceptionObject& err )
 295     {
 296       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 297       return( false );
 298
 299     } // yrt
 300   }
 301   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 302   {
 303     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 304     auto i = fnames.begin( );
 305     std::stringstream dir;
 306     dir << *i << cpPlugins_PATH_SEPARATOR;
 307     i++;
 308     for( ; i != fnames.end( ); ++i )
 309       f->AddFileName( dir.str( ) + *i );
 310     f->SetImageIO( io );
 311     try
 312     {
 313       f->Update( );
 314       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 315       return( true );
 316     }
 317     catch( itk::ExceptionObject& err )
 318     {
 319       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 320       return( false );
 321
 322     } // yrt
 323
 324   } // fi
 325 }
 326
 327 // eof - $RCSfile$