plugins/IO/ImageReader.cxx

   1 #include <IO/ImageReader.h>
   2 #include <IO/ImageReaderQDialog.h>
   3 #include <cpPlugins/DataObjects/Image.h>
   4
   5 #include <itkImageFileReader.h>
   6 #include <itkImageSeriesReader.h>
   7 #include <itkImageIOFactory.h>
   8
   9 #ifdef cpPlugins_QT4
  10
  11 #include <QApplication>
  12 #include <QFileInfo>
  13
  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 cpPluginsIO::ImageReaderQDialog::
  16 ImageReaderQDialog( QWidget* parent )
  17   : QFileDialog( parent ),
  18     m_ProcessObject( NULL )
  19 {
  20   this->connect(
  21     this, SIGNAL( accepted( ) ), this, SLOT( _dlg_Accepted( ) )
  22     );
  23   this->setWindowTitle( "Open an(some) image(s)" );
  24 }
  25
  26 // -------------------------------------------------------------------------
  27 cpPluginsIO::ImageReaderQDialog::
  28 ~ImageReaderQDialog( )
  29 {
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 void cpPluginsIO::ImageReaderQDialog::
  34 setProcessObject( cpPlugins::BaseObjects::ProcessObject* obj )
  35 {
  36   if( obj == NULL )
  37     return;
  38   this->m_ProcessObject = obj;
  39   auto param = this->m_ProcessObject->GetParameters( );
  40   auto extensions = param->GetAcceptedFileExtensions( "FileNames" );
  41   auto files = param->GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  42
  43   QStringList filters;
  44   if( extensions != "" )
  45     filters << extensions.c_str( );
  46   filters << "Any file (*)";
  47   this->setFileMode( QFileDialog::ExistingFiles );
  48   this->setNameFilters( filters );
  49   this->setAcceptMode( QFileDialog::AcceptOpen );
  50   if( files.size( ) > 0 )
  51   {
  52     QFileInfo info( files[ 0 ].c_str( ) );
  53     this->setDirectory( info.canonicalPath( ) );
  54
  55   } // fi
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 void cpPluginsIO::ImageReaderQDialog::
  60 _dlg_Accepted( )
  61 {
  62   if( this->m_ProcessObject != NULL )
  63   {
  64     auto param = this->m_ProcessObject->GetParameters( );
  65     auto files = this->selectedFiles( );
  66     param->ClearOpenFileNameList( "FileNames" );
  67     for( auto fIt = files.begin( ); fIt != files.end( ); ++fIt )
  68       param->AddToOpenFileNameList( "FileNames", fIt->toStdString( ) );
  69
  70   } // fi
  71 }
  72
  73 #endif // cpPlugins_QT4
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 QDialog* cpPluginsIO::ImageReader::
  77 CreateQDialog( )
  78 {
  79 #ifdef cpPlugins_QT4
  80   ImageReaderQDialog* dlg = NULL;
  81   if( QApplication::instance( ) != NULL )
  82   {
  83     dlg = new ImageReaderQDialog( );
  84     dlg->setProcessObject( this );
  85
  86   } // fi
  87   return( dlg );
  88 #else // cpPlugins_QT4
  89   return( NULL );
  90 #endif // cpPlugins_QT4
  91 }
  92
  93 // -------------------------------------------------------------------------
  94 cpPluginsIO::ImageReader::
  95 ImageReader( )
  96   : Superclass( )
  97 {
  98   this->_ConfigureOutput< cpPlugins::DataObjects::Image >( "Output" );
  99   this->m_Parameters.Clear( );
 100   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
 101   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
 102     "FileNames",
 103     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
 104     );
 105 }
 106
 107 // -------------------------------------------------------------------------
 108 cpPluginsIO::ImageReader::
 109 ~ImageReader( )
 110 {
 111 }
 112
 113 // -------------------------------------------------------------------------
 114 void cpPluginsIO::ImageReader::
 115 _GenerateData( )
 116 {
 117   // Get filenames
 118   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 119   if( fnames.size( ) >= 1 )
 120   {
 121     // Guess image properties
 122     itk::ImageIOBase::Pointer io =
 123       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
 124         fnames[ 0 ].c_str( ),
 125         itk::ImageIOFactory::ReadMode
 126         );
 127     if( io.IsNotNull( ) )
 128     {
 129       io->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 130       io->ReadImageInformation( );
 131       if( fnames.size( ) >= 1 )
 132       {
 133         bool success = false;
 134         unsigned int dim = io->GetNumberOfDimensions( );
 135 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
 136         if( dim == 1 ) success = this->_GD0< 1 >( io );
 137 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
 138 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
 139         if( dim == 2 ) success = this->_GD0< 2 >( io );
 140 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
 141 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
 142         if( dim == 3 ) success = this->_GD0< 3 >( io );
 143 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
 144 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
 145         if( dim == 4 ) success = this->_GD0< 4 >( io );
 146 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
 147         if( !success )
 148           this->_Error( "Image dimension not supported." );
 149
 150       } // fi
 151     }
 152     else
 153       this->_Error(
 154         std::string( "Could not create an ImageIO for \"" ) +
 155         fnames[ 0 ] +
 156         std::string( "\"" )
 157         );
 158   }
 159   else
 160     this->_Error( "No image(s) given" );
 161 }
 162
 163 // -------------------------------------------------------------------------
 164 template< unsigned int _Dim >
 165 bool cpPluginsIO::ImageReader::
 166 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
 167 {
 168   typedef unsigned char  uchar;
 169   typedef unsigned short ushort;
 170   typedef unsigned int   uint;
 171   typedef unsigned long  ulong;
 172
 173   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
 174   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
 175
 176   bool success = false;
 177   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
 178   {
 179 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 180     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< char, _Dim >( io );
 181     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< uchar, _Dim >( io );
 182 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 183 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 184     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< short, _Dim >( io );
 185     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< ushort, _Dim >( io );
 186 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 187 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 188     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< int, _Dim >( io );
 189     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< uint, _Dim >( io );
 190 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 191 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 192     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< long, _Dim >( io );
 193     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< ulong, _Dim >( io );
 194 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 195 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 196     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< float, _Dim >( io );
 197 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 198 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 199     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< double, _Dim >( io );
 200 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 201   }
 202   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 203   {
 204 #ifdef cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBPixel
 205 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 206     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, _Dim >( io );
 207     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uchar >, _Dim >( io );
 208 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 209 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 210     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, _Dim >( io );
 211     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io );
 212 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 213 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 214     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, _Dim >( io );
 215     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uint >, _Dim >( io );
 216 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 217 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 218     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, _Dim >( io );
 219     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ulong >, _Dim >( io );
 220 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 221 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 222     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, _Dim >( io );
 223 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 224 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 225     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io );
 226 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 227 #endif // cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBPixel
 228   }
 229   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 230   {
 231 #ifdef cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBAPixel
 232 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 233     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< char >, _Dim >( io );
 234     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uchar >, _Dim >( io );
 235 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 236 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 237     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< short >, _Dim >( io );
 238     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io );
 239 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 240 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 241     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< int >, _Dim >( io );
 242     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uint >, _Dim >( io );
 243 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 244 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 245     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< long >, _Dim >( io );
 246     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ulong >, _Dim >( io );
 247 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 248 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 249     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< float >, _Dim >( io );
 250 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 251 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 252     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io );
 253 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 254 #endif // cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBAPixel
 255   }
 256   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 257   {
 258 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 259     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< std::complex< float >, _Dim >( io );
 260 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 261 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 262     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io );
 263 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 264   }
 265   else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 266   {
 267 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 268     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 269 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 270 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 271     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 272 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 273   }
 274   else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 275   {
 276 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 277     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< float, _Dim >, _Dim >( io );
 278 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 279 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 280     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< double, _Dim >, _Dim >( io );
 281 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 282   }
 283   else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 284   {
 285 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 286     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 287 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 288 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 289     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 290 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 291   }
 292   else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 293   {
 294 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 295     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< float, _Dim >, _Dim >( io );
 296 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 297 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 298     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< double, _Dim >, _Dim >( io );
 299 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 300   }
 301   else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 302   {
 303     if( _Dim == 3 )
 304     {
 305 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 306       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< float >, _Dim >( io );
 307 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 308 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 309       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< double >, _Dim >( io );
 310 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 311     }
 312     else
 313       this->_Error( "DiffusionTensor3D dimension not supported." );
 314   }
 315   else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 316   {
 317 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 318     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< float, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 319 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_float
 320 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 321     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< double, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 322 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_double
 323   }
 324   else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 325   {
 326     this->_GD1< itk::Offset< _Dim >, _Dim >( io );
 327   }
 328   else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 329   {
 330   } // fi
 331   return( success );
 332 }
 333
 334 // -------------------------------------------------------------------------
 335 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 336 bool cpPluginsIO::ImageReader::
 337 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 338 {
 339   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 340
 341   // Get filenames
 342   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 343   if( fnames.size( ) == 1 )
 344   {
 345     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 346     f->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 347     f->SetImageIO( io );
 348     try
 349     {
 350       f->Update( );
 351       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 352       return( true );
 353     }
 354     catch( itk::ExceptionObject& err )
 355     {
 356       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 357       return( false );
 358
 359     } // yrt
 360   }
 361   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 362   {
 363     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 364     for( auto i = fnames.begin( ); i != fnames.end( ); ++i )
 365       f->AddFileName( *i );
 366     f->SetImageIO( io );
 367     try
 368     {
 369       f->Update( );
 370       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 371       return( true );
 372     }
 373     catch( itk::ExceptionObject& err )
 374     {
 375       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 376       return( false );
 377
 378     } // yrt
 379
 380   } // fi
 381 }
 382
 383 // eof - $RCSfile$