plugins/ITKIO/ImageReader.cxx

   1 #include <ITKIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpInstances/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/QT/OpenFileDialog.h>
   4
   5 #define ITKIOImageBase_HIDDEN
   6 #include <itkImageFileReader.h>
   7 #include <itkImageSeriesReader.h>
   8 #include <itkImageIOFactory.h>
   9
  10 #ifdef cpPlugins_QT4
  11 #  include <QApplication>
  12 #endif // cpPlugins_QT4
  13
  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 QDialog* cpPluginsITKIO::ImageReader::
  16 CreateQDialog( )
  17 {
  18 #ifdef cpPlugins_QT4
  19   cpPlugins::QT::OpenFileDialog* dlg = NULL;
  20   if( QApplication::instance( ) != NULL )
  21   {
  22     dlg = new cpPlugins::QT::OpenFileDialog( );
  23     dlg->SetParameters( &( this->m_Parameters ), "FileNames" );
  24
  25   } // fi
  26   return( dlg );
  27 #else // cpPlugins_QT4
  28   return( NULL );
  29 #endif // cpPlugins_QT4
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 cpPluginsITKIO::ImageReader::
  34 ImageReader( )
  35   : Superclass( )
  36 {
  37   this->_ConfigureOutput< cpInstances::Image >( "Output" );
  38   this->m_Parameters.Clear( );
  39   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  40   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  41     "FileNames",
  42     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  43     );
  44 }
  45
  46 // -------------------------------------------------------------------------
  47 cpPluginsITKIO::ImageReader::
  48 ~ImageReader( )
  49 {
  50 }
  51
  52 // -------------------------------------------------------------------------
  53 void cpPluginsITKIO::ImageReader::
  54 _GenerateData( )
  55 {
  56   // Get filenames
  57   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  58   if( fnames.size( ) > 1 )
  59   {
  60     std::stringstream fname_str;
  61     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
  62     std::string fname = fname_str.str( );
  63
  64     // Guess image properties
  65     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  66       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  67         fname.c_str( ), itk::ImageIOFactory::ReadMode
  68         );
  69     if( io.IsNotNull( ) )
  70     {
  71       io->SetFileName( fname );
  72       io->ReadImageInformation( );
  73       bool success = false;
  74       unsigned int dim = io->GetNumberOfDimensions( );
  75 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  76       if( dim == 1 ) success = this->_GD0< 1 >( io );
  77 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  78 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  79       if( dim == 2 ) success = this->_GD0< 2 >( io );
  80 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  81 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  82       if( dim == 3 ) success = this->_GD0< 3 >( io );
  83 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  84 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  85       if( dim == 4 ) success = this->_GD0< 4 >( io );
  86 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  87       if( !success )
  88         this->_Error( "Image dimension not supported." );
  89     }
  90     else
  91       this->_Error(
  92         std::string( "Could not create an ImageIO for \"" ) +
  93         fnames[ 0 ] +
  94         std::string( "\"" )
  95         );
  96   }
  97   else
  98     this->_Error( "No image(s) given" );
  99 }
 100
 101 // -------------------------------------------------------------------------
 102 template< unsigned int _Dim >
 103 bool cpPluginsITKIO::ImageReader::
 104 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
 105 {
 106   typedef unsigned char  uchar;
 107   typedef unsigned short ushort;
 108   typedef unsigned int   uint;
 109   typedef unsigned long  ulong;
 110
 111   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
 112   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
 113
 114   bool success = false;
 115   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
 116   {
 117     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< char, _Dim >( io );
 118     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< uchar, _Dim >( io );
 119     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< short, _Dim >( io );
 120     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< ushort, _Dim >( io );
 121     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< int, _Dim >( io );
 122     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< uint, _Dim >( io );
 123     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< long, _Dim >( io );
 124     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< ulong, _Dim >( io );
 125     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< float, _Dim >( io );
 126     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< double, _Dim >( io );
 127   }
 128   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 129   {
 130     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, _Dim >( io );
 131     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uchar >, _Dim >( io );
 132     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, _Dim >( io );
 133     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io );
 134     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, _Dim >( io );
 135     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uint >, _Dim >( io );
 136     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, _Dim >( io );
 137     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ulong >, _Dim >( io );
 138     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, _Dim >( io );
 139     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io );
 140   }
 141   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 142   {
 143     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< char >, _Dim >( io );
 144     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uchar >, _Dim >( io );
 145     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< short >, _Dim >( io );
 146     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io );
 147     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< int >, _Dim >( io );
 148     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uint >, _Dim >( io );
 149     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< long >, _Dim >( io );
 150     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ulong >, _Dim >( io );
 151     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< float >, _Dim >( io );
 152     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io );
 153   }
 154   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 155   {
 156     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< std::complex< float >, _Dim >( io );
 157     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io );
 158   }
 159   else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 160   {
 161     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 162     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 163   }
 164   else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 165   {
 166     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< float, _Dim >, _Dim >( io );
 167     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::Point< double, _Dim >, _Dim >( io );
 168   }
 169   else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 170   {
 171     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 172     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::Vector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 173   }
 174   else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 175   {
 176     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< float, _Dim >, _Dim >( io );
 177     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< double, _Dim >, _Dim >( io );
 178   }
 179   else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 180   {
 181     if( _Dim == 3 )
 182     {
 183       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< float >, _Dim >( io );
 184       if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< double >, _Dim >( io );
 185     }
 186     else
 187       this->_Error( "DiffusionTensor3D dimension not supported." );
 188   }
 189   else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 190   {
 191     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< float, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 192     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::Matrix< double, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 193   }
 194   else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 195   {
 196     this->_GD1< itk::Offset< _Dim >, _Dim >( io );
 197   }
 198   else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 199   {
 200   } // fi
 201   return( success );
 202 }
 203
 204 // -------------------------------------------------------------------------
 205 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 206 bool cpPluginsITKIO::ImageReader::
 207 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 208 {
 209   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 210
 211   // Get filenames
 212   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 213   if( fnames.size( ) == 2 )
 214   {
 215     std::stringstream fname_str;
 216     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
 217
 218     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 219     f->SetFileName( fname_str.str( ) );
 220     f->SetImageIO( io );
 221     try
 222     {
 223       f->Update( );
 224       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 225       return( true );
 226     }
 227     catch( itk::ExceptionObject& err )
 228     {
 229       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 230       return( false );
 231
 232     } // yrt
 233   }
 234   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 235   {
 236     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 237     auto i = fnames.begin( );
 238     std::stringstream dir;
 239     dir << *i << cpPlugins_PATH_SEPARATOR;
 240     i++;
 241     for( ; i != fnames.end( ); ++i )
 242       f->AddFileName( dir.str( ) + *i );
 243     f->SetImageIO( io );
 244     try
 245     {
 246       f->Update( );
 247       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 248       return( true );
 249     }
 250     catch( itk::ExceptionObject& err )
 251     {
 252       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 253       return( false );
 254
 255     } // yrt
 256
 257   } // fi
 258 }
 259
 260 // eof - $RCSfile$