plugins/ITKIO/ImageReader.cxx

   1 #include <ITKIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpInstances/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/QT/OpenFileDialog.h>
   4
   5 #define ITKIOImageBase_HIDDEN
   6 #include <itkImageFileReader.h>
   7 #include <itkImageSeriesReader.h>
   8 #include <itkImageIOFactory.h>
   9
  10 #ifdef cpPlugins_QT4
  11 #  include <QApplication>
  12 #endif // cpPlugins_QT4
  13
  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 QDialog* cpPluginsITKIO::ImageReader::
  16 CreateQDialog( )
  17 {
  18 #ifdef cpPlugins_QT4
  19   cpPlugins::QT::OpenFileDialog* dlg = NULL;
  20   if( QApplication::instance( ) != NULL )
  21   {
  22     dlg = new cpPlugins::QT::OpenFileDialog( );
  23     dlg->SetParameters( &( this->m_Parameters ), "FileNames" );
  24
  25   } // fi
  26   return( dlg );
  27 #else // cpPlugins_QT4
  28   return( NULL );
  29 #endif // cpPlugins_QT4
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 cpPluginsITKIO::ImageReader::
  34 ImageReader( )
  35   : Superclass( )
  36 {
  37   this->_ConfigureOutput< cpInstances::Image >( "Output" );
  38   this->m_Parameters.Clear( );
  39   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  40   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  41     "FileNames",
  42     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  43     );
  44 }
  45
  46 // -------------------------------------------------------------------------
  47 cpPluginsITKIO::ImageReader::
  48 ~ImageReader( )
  49 {
  50 }
  51
  52 // -------------------------------------------------------------------------
  53 void cpPluginsITKIO::ImageReader::
  54 _GenerateData( )
  55 {
  56   // Get filenames
  57   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  58   std::string fname = "";
  59   if( fnames.size( ) > 1 )
  60   {
  61     std::stringstream fname_str;
  62     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
  63     fname = fname_str.str( );
  64   }
  65   else if( fnames.size( ) == 1 )
  66     fname = fnames[ 0 ];
  67
  68   if( fname != "" )
  69   {
  70     // Guess image properties
  71     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  72       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  73         fname.c_str( ), itk::ImageIOFactory::ReadMode
  74         );
  75     if( io.IsNotNull( ) )
  76     {
  77       io->SetFileName( fname );
  78       io->ReadImageInformation( );
  79       bool success = false;
  80       unsigned int dim = io->GetNumberOfDimensions( );
  81 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  82       if( dim == 1 ) success = this->_GD0< 1 >( io );
  83 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  84 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  85       if( dim == 2 ) success = this->_GD0< 2 >( io );
  86 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  87 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  88       if( dim == 3 ) success = this->_GD0< 3 >( io );
  89 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  90 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  91       if( dim == 4 ) success = this->_GD0< 4 >( io );
  92 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  93       if( !success )
  94         this->_Error( "Image dimension not supported." );
  95     }
  96     else
  97       this->_Error(
  98         std::string( "Could not create an ImageIO for \"" ) +
  99         fnames[ 0 ] +
 100         std::string( "\"" )
 101         );
 102   }
 103   else
 104     this->_Error( "No image(s) given" );
 105 }
 106
 107 // -------------------------------------------------------------------------
 108 template< unsigned int _Dim >
 109 bool cpPluginsITKIO::ImageReader::
 110 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
 111 {
 112   typedef unsigned char  uchar;
 113   typedef unsigned short ushort;
 114   typedef unsigned int   uint;
 115   typedef unsigned long  ulong;
 116
 117   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
 118   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
 119
 120   bool success = false;
 121   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
 122   {
 123     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< char, _Dim >( io );
 124     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< uchar, _Dim >( io );
 125     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< short, _Dim >( io );
 126     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< ushort, _Dim >( io );
 127     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< int, _Dim >( io );
 128     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< uint, _Dim >( io );
 129     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< long, _Dim >( io );
 130     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< ulong, _Dim >( io );
 131     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< float, _Dim >( io );
 132     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< double, _Dim >( io );
 133   }
 134   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 135   {
 136     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, _Dim >( io );
 137     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uchar >, _Dim >( io );
 138     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, _Dim >( io );
 139     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io );
 140     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, _Dim >( io );
 141     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uint >, _Dim >( io );
 142     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, _Dim >( io );
 143     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ulong >, _Dim >( io );
 144     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, _Dim >( io );
 145     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io );
 146   }
 147   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 148   {
 149     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< char >, _Dim >( io );
 150     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uchar >, _Dim >( io );
 151     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< short >, _Dim >( io );
 152     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io );
 153     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< int >, _Dim >( io );
 154     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uint >, _Dim >( io );
 155     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< long >, _Dim >( io );
 156     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ulong >, _Dim >( io );
 157     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< float >, _Dim >( io );
 158     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io );
 159   }
 160   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 161   {
 162     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< std::complex< float >, _Dim >( io );
 163     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io );
 164   }
 165   else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 166   {
 167     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 168     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 169   }
 170   else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 171   {
 172     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< float, _Dim >, _Dim >( io );
 173     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::Point< double, _Dim >, _Dim >( io );
 174   }
 175   else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 176   {
 177     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 178     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::Vector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 179   }
 180   else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 181   {
 182     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< float, _Dim >, _Dim >( io );
 183     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< double, _Dim >, _Dim >( io );
 184   }
 185   else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 186   {
 187     if( _Dim == 3 )
 188     {
 189       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< float >, _Dim >( io );
 190       if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< double >, _Dim >( io );
 191     }
 192     else
 193       this->_Error( "DiffusionTensor3D dimension not supported." );
 194   }
 195   else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 196   {
 197     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< float, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 198     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::Matrix< double, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 199   }
 200   else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 201   {
 202     this->_GD1< itk::Offset< _Dim >, _Dim >( io );
 203   }
 204   else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 205   {
 206   } // fi
 207   return( success );
 208 }
 209
 210 // -------------------------------------------------------------------------
 211 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 212 bool cpPluginsITKIO::ImageReader::
 213 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 214 {
 215   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 216
 217   // Get filenames
 218   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 219   if( fnames.size( ) == 1 || fnames.size( ) == 2 )
 220   {
 221     std::stringstream fname_str;
 222     if( fnames.size( ) == 1 )
 223       fname_str << fnames[ 0 ];
 224     else
 225       fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
 226
 227     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 228     f->SetFileName( fname_str.str( ) );
 229     f->SetImageIO( io );
 230     try
 231     {
 232       f->Update( );
 233       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 234       return( true );
 235     }
 236     catch( itk::ExceptionObject& err )
 237     {
 238       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 239       return( false );
 240
 241     } // yrt
 242   }
 243   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 244   {
 245     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 246     auto i = fnames.begin( );
 247     std::stringstream dir;
 248     dir << *i << cpPlugins_PATH_SEPARATOR;
 249     i++;
 250     for( ; i != fnames.end( ); ++i )
 251       f->AddFileName( dir.str( ) + *i );
 252     f->SetImageIO( io );
 253     try
 254     {
 255       f->Update( );
 256       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 257       return( true );
 258     }
 259     catch( itk::ExceptionObject& err )
 260     {
 261       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 262       return( false );
 263
 264     } // yrt
 265
 266   } // fi
 267 }
 268
 269 // eof - $RCSfile$