plugins/ITKIO/ImageReader.cxx

   1 #include <ITKIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpInstances/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/QT/OpenFileDialog.h>
   4
   5 #define ITKIOImageBase_HIDDEN
   6 #include <itkImageFileReader.h>
   7 #include <itkImageSeriesReader.h>
   8 #include <itkImageIOFactory.h>
   9
  10 #ifdef cpPlugins_QT4
  11 #  include <QApplication>
  12 #endif // cpPlugins_QT4
  13
  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 QDialog* cpPluginsITKIO::ImageReader::
  16 CreateQDialog( )
  17 {
  18 #ifdef cpPlugins_QT4
  19   cpPlugins::QT::OpenFileDialog* dlg = NULL;
  20   if( QApplication::instance( ) != NULL )
  21   {
  22     dlg = new cpPlugins::QT::OpenFileDialog( );
  23     dlg->SetParameters( &( this->m_Parameters ), "FileNames" );
  24
  25   } // fi
  26   return( dlg );
  27 #else // cpPlugins_QT4
  28   return( NULL );
  29 #endif // cpPlugins_QT4
  30 }
  31
  32 // -------------------------------------------------------------------------
  33 cpPluginsITKIO::ImageReader::
  34 ImageReader( )
  35   : Superclass( )
  36 {
  37   this->_ConfigureOutput< cpInstances::Image >( "Output" );
  38   this->m_Parameters.Clear( );
  39   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  40   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  41     "FileNames",
  42     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  43     );
  44 }
  45
  46 // -------------------------------------------------------------------------
  47 cpPluginsITKIO::ImageReader::
  48 ~ImageReader( )
  49 {
  50 }
  51
  52 // -------------------------------------------------------------------------
  53 void cpPluginsITKIO::ImageReader::
  54 _GenerateData( )
  55 {
  56   // Get filenames
  57   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  58   if( fnames.size( ) > 1 )
  59   {
  60     std::stringstream fname_str;
  61     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
  62     std::string fname = fname_str.str( );
  63
  64     // Guess image properties
  65     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  66       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  67         fname.c_str( ), itk::ImageIOFactory::ReadMode
  68         );
  69     if( io.IsNotNull( ) )
  70     {
  71       io->SetFileName( fname );
  72       io->ReadImageInformation( );
  73       bool success = false;
  74       unsigned int dim = io->GetNumberOfDimensions( );
  75 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  76       if( dim == 1 ) success = this->_GD0< 1 >( io );
  77 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_1
  78 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  79       if( dim == 2 ) success = this->_GD0< 2 >( io );
  80 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_2
  81 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  82       if( dim == 3 ) success = this->_GD0< 3 >( io );
  83 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_3
  84 #ifdef cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  85       if( dim == 4 ) success = this->_GD0< 4 >( io );
  86 #endif // cpPlugins_CONFIG_PROCESS_DIMENSIONS_4
  87       if( !success )
  88         this->_Error( "Image dimension not supported." );
  89     }
  90     else
  91       this->_Error(
  92         std::string( "Could not create an ImageIO for \"" ) +
  93         fnames[ 0 ] +
  94         std::string( "\"" )
  95         );
  96   }
  97   else
  98     this->_Error( "No image(s) given" );
  99 }
 100
 101 // -------------------------------------------------------------------------
 102 template< unsigned int _Dim >
 103 bool cpPluginsITKIO::ImageReader::
 104 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
 105 {
 106   typedef unsigned char  uchar;
 107   typedef unsigned short ushort;
 108   typedef unsigned int   uint;
 109   typedef unsigned long  ulong;
 110
 111   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
 112   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
 113
 114   bool success = false;
 115   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
 116   {
 117 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 118     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< char, _Dim >( io );
 119     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< uchar, _Dim >( io );
 120 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 121 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 122     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< short, _Dim >( io );
 123     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< ushort, _Dim >( io );
 124 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 125 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 126     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< int, _Dim >( io );
 127     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< uint, _Dim >( io );
 128 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 129 #ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 130     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< long, _Dim >( io );
 131     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< ulong, _Dim >( io );
 132 #endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 133 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 134     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< float, _Dim >( io );
 135 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 136 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 137     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< double, _Dim >( io );
 138 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 139   }
 140   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 141   {
 142 #ifdef cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBPixel
 143 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 144     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< char >, _Dim >( io );
 145     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uchar >, _Dim >( io );
 146 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 147 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 148     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< short >, _Dim >( io );
 149     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io );
 150 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 151 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 152     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< int >, _Dim >( io );
 153     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< uint >, _Dim >( io );
 154 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 155 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 156     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< long >, _Dim >( io );
 157     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< ulong >, _Dim >( io );
 158 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 159 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 160     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< float >, _Dim >( io );
 161 #  endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 162 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 163     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io );
 164 #  endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 165 #endif // cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBPixel
 166   }
 167   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 168   {
 169 #ifdef cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBAPixel
 170 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 171     if( ct == itk::ImageIOBase::CHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< char >, _Dim >( io );
 172     if( ct == itk::ImageIOBase::UCHAR ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uchar >, _Dim >( io );
 173 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_char
 174 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 175     if( ct == itk::ImageIOBase::SHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< short >, _Dim >( io );
 176     if( ct == itk::ImageIOBase::USHORT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io );
 177 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_short
 178 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 179     if( ct == itk::ImageIOBase::INT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< int >, _Dim >( io );
 180     if( ct == itk::ImageIOBase::UINT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< uint >, _Dim >( io );
 181 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_int
 182 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 183     if( ct == itk::ImageIOBase::LONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< long >, _Dim >( io );
 184     if( ct == itk::ImageIOBase::ULONG ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ulong >, _Dim >( io );
 185 #  endif // cpPlugins_CONFIG_INTEGER_TYPES_long
 186 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 187     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< float >, _Dim >( io );
 188 #  endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 189 #  ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 190     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io );
 191 #  endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 192 #endif // cpPlugins_CONFIG_COLOR_PIXELS_RGBAPixel
 193   }
 194   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 195   {
 196 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 197     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< std::complex< float >, _Dim >( io );
 198 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 199 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 200     if( ct == itk::ImageIOBase::DOUBLE ) success = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io );
 201 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 202   }
 203   else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 204   {
 205 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 206     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 207 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 208 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 209     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::CovariantVector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 210 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 211   }
 212   else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 213   {
 214 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 215     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< float, _Dim >, _Dim >( io );
 216 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 217 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 218     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Point< double, _Dim >, _Dim >( io );
 219 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 220   }
 221   else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 222   {
 223 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 224     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< float, _Dim >, _Dim >( io );
 225 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 226 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 227     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Vector< double, _Dim >, _Dim >( io );
 228 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 229   }
 230   else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 231   {
 232 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 233     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< float, _Dim >, _Dim >( io );
 234 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 235 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 236     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::SymmetricSecondRankTensor< double, _Dim >, _Dim >( io );
 237 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 238   }
 239   else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 240   {
 241     if( _Dim == 3 )
 242     {
 243 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 244       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< float >, _Dim >( io );
 245 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 246 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 247       if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::DiffusionTensor3D< double >, _Dim >( io );
 248 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 249     }
 250     else
 251       this->_Error( "DiffusionTensor3D dimension not supported." );
 252   }
 253   else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 254   {
 255 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 256     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< float, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 257 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_float
 258 #ifdef cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 259     if( ct == itk::ImageIOBase::FLOAT ) success = this->_GD1< itk::Matrix< double, _Dim, _Dim >, _Dim >( io );
 260 #endif // cpPlugins_CONFIG_REAL_TYPES_double
 261   }
 262   else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 263   {
 264     this->_GD1< itk::Offset< _Dim >, _Dim >( io );
 265   }
 266   else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 267   {
 268   } // fi
 269   return( success );
 270 }
 271
 272 // -------------------------------------------------------------------------
 273 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 274 bool cpPluginsITKIO::ImageReader::
 275 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 276 {
 277   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 278
 279   // Get filenames
 280   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 281   if( fnames.size( ) == 2 )
 282   {
 283     std::stringstream fname_str;
 284     fname_str << fnames[ 0 ] << cpPlugins_PATH_SEPARATOR << fnames[ 1 ];
 285
 286     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 287     f->SetFileName( fname_str.str( ) );
 288     f->SetImageIO( io );
 289     try
 290     {
 291       f->Update( );
 292       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 293       return( true );
 294     }
 295     catch( itk::ExceptionObject& err )
 296     {
 297       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 298       return( false );
 299
 300     } // yrt
 301   }
 302   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 303   {
 304     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 305     auto i = fnames.begin( );
 306     std::stringstream dir;
 307     dir << *i << cpPlugins_PATH_SEPARATOR;
 308     i++;
 309     for( ; i != fnames.end( ); ++i )
 310       f->AddFileName( dir.str( ) + *i );
 311     f->SetImageIO( io );
 312     try
 313     {
 314       f->Update( );
 315       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 316       return( true );
 317     }
 318     catch( itk::ExceptionObject& err )
 319     {
 320       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 321       return( false );
 322
 323     } // yrt
 324
 325   } // fi
 326 }
 327
 328 // eof - $RCSfile$