README.txt

   1 creaBruker
   2 (c) CREATIS 2009
   3
   4 a Bruker exam has the following 3 levels structure :
   5
   6 ========================================================================
   7
   8   * subject
   9   * AdjStatePerStudy
  10   * 1
  11   *    acqp
  12   *    AdjStatePerScan
  13   *    fid
  14   *    imnd / method
  15   *    pulseprogram
  16   *    spnam0
  17   *    spnam1
  18   *    pdata
  19   *       1             // only 'native' images
  20   *          2dseq
  21   *          d3proc
  22   *          meta
  23   *          procs
  24   *          reco  <--
  25   *          roi
  26   *          CreatisComputedCartoFile
  27   *       2             // post processed images (if any)
  28   *          2dseq
  29   *          d3proc
  30   *          isa  <--
  31   *          meta
  32   *          procs
  33   *          roi         ...
  34   *          roi
  35   *       3             // post processed images (if any)
  36   *          2dseq
  37   *          d3proc
  38   *          isa  <--
  39   *          meta
  40   *          procs
  41   *          roi
  42   *       ...
  43   * 2
  44   *    acqp
  45   *    fid
  46   *    ...
  47   *    pdata
  48   * 3
  49   *   ...
  50
  51 ========================================================================
  52
  53 To tell the truth, a lot of changes are found at every new version.
  54 We only can hope the mandatory (for us) files keep the same name, with the same
  55 informations inside.
  56 Or we shall have to find out the version number, and swich - case all the
  57 methods (see NRRD format...)
  58
  59 ========================================================================
  60
  61 AdjStatePerStudy
  62 subject
  63 1
  64    acqp
  65    method
  66    pdata
  67       1
  68          2dseq
  69          d3proc
  70          id
  71          meta
  72          reco
  73          roi
  74          visu_pars
  75       pulseprogram
  76       spnam0
  77       uxnmr.par
  78
  79 2
  80    acqp
  81    method
  82    pdata
  83       1
  84          2dseq
  85          d3proc
  86          id
  87          meta
  88          reco
  89          roi
  90          visu_pars
  91       pulseprogram
  92       spnam0
  93       uxnmr.par
  94
  95 3
  96  ...
  97 ========================================================================
  98 Dicom convertion *demands* the following files :
  99    subject;
 100    acqp;
 101    method;
 102    d3proc;
 103    isa;
 104    reco;
 105
 106 ========================================================================
 107 This project contains :
 108
 109 appli :testBruker2Dicom:
 110 ------------------------
 111
 112  - explores the given directory (holding a FULL Bruker exam), at the 3 levels,
 113  - fills an equivalent Directory with the MHD files and/or the DICOM files
 114  usage: testBruker2Dicom --dirin=rootDirectoryName
 115                          --dirout=outputDirectoryName
 116                    [-D] [-M]
 117                    [{-b|-l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l
 118                    [--debug] [--verbose] [--listonly] [--usage]
 119
 120    D         : user wants to export as DICOM
 121    M         : user wants to export as MHD
 122   debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'
 123
 124   REMARK :
 125          If you were supplied  an *incomplete* Bruker exam
 126         (e.g. only the '2' serie) put it a 'root' directory,
 127          and run this test using this 'root' directory as 'dirin'
 128
 129
 130 lib :
 131 ----
 132 NO inheritance !
 133
 134 class Bruker2Dicom:
 135         starts from a 'root' directory,
 136         iterates on each 'serie', at the 3 levels
 137         fills an equivalent Directory with the DICOM files.
 138
 139
 140 class BrukerDataSet:
 141         corresponds to a 'parameter file', at any level.
 142                 LoadFile(std::string fileName);
 143                 GetFieldData(std::string fieldName);
 144
 145
 146 class  BrukerFieldData :
 147         according to what users *knows* about the element, he will use:
 148                 std::string &GetDataType();
 149                 int GetDimensionNumber()
 150                 int GetNumberOfElements()
 151                 std::vector<std::string> &GetStringValue()
 152                 std::vector<int> &GetIntValue ()
 153                 std::vector<double> &GetDoubleValue()
 154
 155 class  BrukerObjectVaryingProperties :
 156
 157 class BrukerKspaceObject :
 158
 159 class BrukerImage
 160
 161 class BrukerSizeException:
 162 class BrukerInitException
 163 class BrukerHopelessException
 164
 165