appli/essaiDenis/essaiDenis.cpp

   1 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   2 #include <config.h>
   3 #endif
   4
   5 #include <stdio.h>
   6 #include <stdlib.h>
   7 #include "brukerdataset.h"
   8 #include "brukerkspaceobject.h"
   9 #include "brukerimage.h"
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  12 int main(int argc, char *argv[])
  13 {
  14    BrukerDataSet acqp1, reco1;
  15    std::string file2Read1("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/acqp");
  16    std::string file2Read2("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/pdata/1/reco");
  17    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/acqp");
  18    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/pdata/1/reco");
  19    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/acqp");
  20    acqp1.LoadFile(file2Read1);
  21    reco1.LoadFile(file2Read2);
  22    std::cout << "=============== acqp1 FillMap =================" << std::endl;
  23    acqp1.FillMap();
  24    acqp1.PrintSelf();
  25    std::cout << "=============== End acqp1 FillMap =================" << std::endl;
  26    std::cout << "=============== reco1 FillMap =================" << std::endl;
  27    reco1.FillMap();
  28    reco1.PrintSelf();
  29    std::cout << "=============== End reco1 FillMap =================" << std::endl;
  30
  31
  32
  33    std::cout << "=============== BuildLoopStructure =================" << std::endl;
  34
  35 // LoopStructure is used to control the way the loops can be unrolled (in ObjectsLineList)
  36    acqp1.SetLoopStructure();
  37    std::vector<int> TempVect = acqp1.GetLoopStructure() ;
  38    for(int i=0;i<TempVect.size();i++){
  39       std::cout<<"GenericLoopStructure["<<i<<"]="<<TempVect[i]<<std::endl;
  40    }
  41    std::cout << "=============== End BuildLoopStructure =================" << std::endl;
  42
  43    std::cout << "=============== SetBrukerObjectsLineStructure =================" << std::endl;
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  45 // ObjectsLineList is a matrix containing for each line acquired which was its position in the acquisition loop
  46 // This position do not take into account an eventual slice interleaved acquisition
  47
  48    acqp1.SetBrukerObjectsLineList();
  49    std::vector<std::vector<int> > TempMat=acqp1.GetBrukerObjectsLineList();
  50    std::map<std::string, BrukerFieldData> Map=acqp1.GetBrukerHeaderMap();
  51
  52 //ObjectVaryingProperties is a method centralizing the access to "all" the varying properties of images like position, orientation, echo time, .....
  53 //It needs the BrukerHeaderMap and the LoopStructure as input
  54
  55    bool result=acqp1.ObjectVaryingProperties.init(Map,TempVect);
  56    int  Reordered,i,j,k,l;
  57    std::vector<std::vector<double> > TempMat2;
  58   for(int i=0;i<TempMat.size();i++){
  59       std::cout<<std::endl<<"["<<i<<"] ";
  60       for (int j=0;j<TempMat[0].size();j++)
  61          std::cout<< "["<<TempMat[i][j]<<"] ";
  62 // fugly trick but sofar the eventual interleaved information applies to the slice loop =>BrukerObjectsLineList[*][2]
  63       Reordered=acqp1.ObjectVaryingProperties.getAcquisitionOrder(TempMat[i][2]);
  64       std::cout<<" TE = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getTE(TempMat[i][0]);
  65 // And the Reordering applies to values "constructed" exterior to the slice loop (ie : BrukerObjectsLineList[*][>=2])
  66       std::cout<<"   [R,P,S]xyz = ["<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionR(Reordered);
  67       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionP(Reordered);
  68       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionS(Reordered)<<"]  ";
  69       TempMat2=acqp1.ObjectVaryingProperties.getOrientation(Reordered);
  70       std::cout<<"   [R,P,S]orient = [";
  71       for (k=0;k<=2;k++){
  72          std::cout << "[";
  73          for (l=0;l<=2;l++) std::cout<< TempMat2[k][l]<<"  ";
  74             std::cout<<"]";
  75       }
  76       std::cout<<"]";
  77       std::cout<<"    Slice Number = "<<Reordered<<"  ";
  78       std::cout<<" TimePositionPerNR = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(TempMat[i].back());
  79    }
  80    std::cout<<std::endl;
  81    std::cout << "=============== End SetBrukerObjectsLineStructure =================" << std::endl;
  82
  83 //Same routine as above but instead of scruting the loop structure of raw data
  84 //we deal with an image structure so the loops used to construct an image do not appear anymore
  85 //but apparently the interleaveness stand still
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  87    std::cout << "=============== Begin BrukerImageStructure=================" << std::endl;
  88    acqp1.SetImageLoopStructure();
  89    acqp1.SetBrukerImageList();
  90    std::vector<std::vector<int> > BrukerImageList=acqp1.GetBrukerImageList();
  91    std::vector<std::vector<double> > BrukerImageList2;
  92    for(int i=0;i<BrukerImageList.size();i++){
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  94
  95       std::cout<<std::endl<<"["<<i<<"] ";
  96       for (int j=0;j<BrukerImageList[0].size();j++)
  97          std::cout<< "["<<BrukerImageList[i][j]<<"] ";
  98       Reordered=acqp1.ObjectVaryingProperties.getAcquisitionOrder(BrukerImageList[i][2]);
  99       std::cout<<" TE = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getTE(BrukerImageList[i][0]);
 100       std::cout<<"   [R,P,S]xyz = ["<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionR(Reordered);
 101       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionP(Reordered);
 102       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionS(Reordered)<<"]  ";
 103       BrukerImageList2=acqp1.ObjectVaryingProperties.getOrientation(Reordered);
 104       std::cout<<"   [R,P,S]orient = [";
 105       for (k=0;k<=2;k++){
 106          std::cout << "[";
 107          for (l=0;l<=2;l++)
 108             std::cout<< BrukerImageList2[k][l]<<"  ";
 109          std::cout<<"]";
 110       }
 111       std::cout<<"]";
 112       std::cout<<"    Slice Number = "<<Reordered<<"  ";
 113       std::cout<<" TimePositionPerNR = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(BrukerImageList[i].back());
 114    }
 115    std::cout<<std::endl;
 116    std::cout << "=============== End  BrukerImageStructure=============" << std::endl;
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 119    BrukerImage Image(acqp1,reco1);
 120    Image.Init(acqp1,reco1,1);
 121    std::vector<BrukerImage> ImageSet;
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 123    for(int i=0;i<BrukerImageList.size();i++){
 124       Image.Init(acqp1,reco1,i);
 125       ImageSet.push_back(Image);
 126    }
 127
 128    std::string fid("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/fid");
 129    std::cout << "=============== Getkspace =================" << std::endl;
 130    acqp1.Getkspace(fid);
 131    std::cout << "=============== End Getkspace =================" << std::endl;
 132    return EXIT_SUCCESS;
 133 }
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