appli/exObjectVaryingProperties/main.cxx

   1
   2 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   3 #include <config.h>
   4 #endif
   5
   6 #include <stdio.h>
   7 #include <stdlib.h>
   8 #include "brukerdataset.h"
   9 #include "brukerkspaceobject.h"
  10 #include "brukerimage.h"
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  13 int main(int argc, char *argv[])
  14 {
  15    BrukerDataSet acqp1, reco1;
  16    std::string file2Read1("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/acqp");
  17    std::string file2Read2("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/pdata/1/reco");
  18    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/acqp");
  19    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/pdata/1/reco");
  20    //std::string file2Read("/home/denis/TestDicom/mcao31a.pc1-exam_fabien/6/acqp");
  21    acqp1.LoadFile(file2Read1);
  22    reco1.LoadFile(file2Read2);
  23    std::cout << "=============== acqp1 FillMap =================" << std::endl;
  24    acqp1.FillMap();
  25    acqp1.PrintSelf();
  26    std::cout << "=============== End acqp1 FillMap =================" << std::endl;
  27    std::cout << "=============== reco1 FillMap =================" << std::endl;
  28    reco1.FillMap();
  29    reco1.PrintSelf();
  30    std::cout << "=============== End reco1 FillMap =================" << std::endl;
  31
  32
  33
  34    std::cout << "=============== BuildLoopStructure =================" << std::endl;
  35
  36 // LoopStructure is used to control the way the loops can be unrolled (in ObjectsLineList)
  37    acqp1.SetLoopStructure();
  38    std::vector<int> TempVect = acqp1.GetLoopStructure() ;
  39    for(int i=0;i<TempVect.size();i++){
  40       std::cout<<"GenericLoopStructure["<<i<<"]="<<TempVect[i]<<std::endl;
  41    }
  42    std::cout << "=============== End BuildLoopStructure =================" << std::endl;
  43
  44    std::cout << "=============== SetBrukerObjectsLineStructure =================" << std::endl;
  45
  46 // ObjectsLineList is a matrix containing for each line acquired which was its position in the acquisition loop
  47 // This position do not take into account an eventual slice interleaved acquisition
  48
  49    acqp1.SetBrukerObjectsLineList();
  50    std::vector<std::vector<int> > TempMat=acqp1.GetBrukerObjectsLineList();
  51    std::map<std::string, BrukerFieldData> Map=acqp1.GetBrukerHeaderMap();
  52
  53 //ObjectVaryingProperties is a method centralizing the access to "all" the varying properties of images like position, orientation, echo time, .....
  54 //It needs the BrukerHeaderMap and the LoopStructure as input
  55
  56    bool result=acqp1.ObjectVaryingProperties.init(Map,TempVect);
  57    int  Reordered,i,j,k,l;
  58    std::vector<std::vector<double> > TempMat2;
  59    for(int i=0;i<TempMat.size();i++){
  60       std::cout<<std::endl<<"["<<i<<"] ";
  61       for (int j=0;j<TempMat[0].size();j++)
  62          std::cout<< "["<<TempMat[i][j]<<"] ";
  63 // fugly trick but sofar the eventual interleaved information applies to the slice loop =>BrukerObjectsLineList[*][2]
  64       Reordered=acqp1.ObjectVaryingProperties.getAcquisitionOrder(TempMat[i][2]);
  65       std::cout<<" TE = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getTE(TempMat[i][0]);
  66 // And the Reordering applies to values "constructed" exterior to the slice loop (ie : BrukerObjectsLineList[*][>=2])
  67       std::cout<<"   [R,P,S]xyz = ["<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionR(Reordered);
  68       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionP(Reordered);
  69       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionS(Reordered)<<"]  ";
  70       TempMat2=acqp1.ObjectVaryingProperties.getOrientation(Reordered);
  71       std::cout<<"   [R,P,S]orient = [";
  72       for (k=0;k<=2;k++){
  73          std::cout << "[";
  74          for (l=0;l<=2;l++) std::cout<< TempMat2[k][l]<<"  ";
  75             std::cout<<"]";
  76       }
  77       std::cout<<"]";
  78       std::cout<<"    Slice Number = "<<Reordered<<"  ";
  79       std::cout<<" TimePositionPerNR = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(TempMat[i].back());
  80    }
  81    std::cout<<std::endl;
  82    std::cout << "=============== End SetBrukerObjectsLineStructure =================" << std::endl;
  83
  84 //Same routine as above but instead of scruting the loop structure of raw data
  85 //we deal with an image structure so the loops used to construct an image do not appear anymore
  86 //but apparently the interleaveness stand still
  87
  88    std::cout << "=============== Begin BrukerImageStructure=================" << std::endl;
  89    acqp1.SetImageLoopStructure();
  90    acqp1.SetBrukerImageList();
  91    std::vector<std::vector<int> > BrukerImageList=acqp1.GetBrukerImageList();
  92    std::vector<std::vector<double> > BrukerImageList2;
  93    for(int i=0;i<BrukerImageList.size();i++){
  94       std::cout<<std::endl<<"["<<i<<"] ";
  95       for (int j=0;j<BrukerImageList[0].size();j++)
  96          std::cout<< "["<<BrukerImageList[i][j]<<"] ";
  97       Reordered=acqp1.ObjectVaryingProperties.getAcquisitionOrder(BrukerImageList[i][2]);
  98       std::cout<<" TE = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getTE(BrukerImageList[i][0]);
  99       std::cout<<"   [R,P,S]xyz = ["<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionR(Reordered);
 100       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionP(Reordered);
 101       std::cout<<" , "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionS(Reordered)<<"]  ";
 102       BrukerImageList2=acqp1.ObjectVaryingProperties.getOrientation(Reordered);
 103       std::cout<<"   [R,P,S]orient = [";
 104       for (k=0;k<=2;k++){
 105          std::cout << "[";
 106          for (l=0;l<=2;l++)
 107             std::cout<< BrukerImageList2[k][l]<<"  ";
 108          std::cout<<"]";
 109       }
 110       std::cout<<"]";
 111       std::cout<<"    Slice Number = "<<Reordered<<"  ";
 112       std::cout<<" TimePositionPerNR = "<<acqp1.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(BrukerImageList[i].back());
 113    }
 114    std::cout<<std::endl;
 115    std::cout << "=============== End  BrukerImageStructure=============" << std::endl;
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 118    BrukerImage Image(acqp1,reco1);
 119    Image.Init(acqp1,reco1,1);
 120    std::vector<BrukerImage> ImageSet;
 121
 122    for(int i=0;i<BrukerImageList.size();i++){
 123       Image.Init(acqp1,reco1,i);
 124       ImageSet.push_back(Image);
 125    };
 126
 127    std::string fid("/home/denis/TestDicom/kiwidicom.QZ1/3/fid");
 128    std::cout << "=============== Getkspace =================" << std::endl;
 129    acqp1.Getkspace(fid);
 130    std::cout << "=============== End Getkspace =================" << std::endl;
 131    return EXIT_SUCCESS;
 132 }