appli/testBruker2Dicom/testBruker2Dicom.cxx

   1 /*=========================================================================
   2
   3   Program:   gdcm
   4   Module:    $RCSfile: testBruker2Dicom.cxx,v $
   5   Language:  C++
   6   Date:      $Date: 2009/05/27 10:43:07 $
   7   Version:   $Revision: 1.4 $
   8
   9   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
  10   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
  11   http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
  12
  13      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  14      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
  16
  17 =========================================================================*/
  18
  19 /**
  20  * Transform private Bruker tree structure
  21  * into the equivalent, with DICOM files *and/or* MHD files.
  22  *
  23  */
  24 #include "bruker2dicom.h"
  25
  26 #include "gdcmCommon.h"
  27 #include "gdcmDebug.h"
  28 #include "gdcmUtil.h"
  29 #include "gdcmDirList.h"
  30
  31 #include "gdcmArgMgr.h"
  32
  33 #include "bruker2dicom.h"
  34
  35 // ===================================================================================================
  36 /**
  37   * \brief
  38   *          - explores  the given root directory e.g. :
  39   *            B67d1.Bp1
  40   *              subject
  41   *              AdjStatePerStudy
  42   *              1
  43   *                 acqp
  44   *                 AdjStatePerScan
  45   *                 fid
  46   *                 imnd / method
  47   *                 pulseprogram
  48   *                 spnam0
  49   *                 spnam1
  50   *                 pdata
  51   *                    1                // only 'native' images
  52   *                       2dseq
  53   *                       d3proc
  54   *                       meta
  55   *                       procs
  56   *                       reco  <--
  57   *                       roi
  58   *                       CreatisComputedCartoFile
  59   *                    2                // post processed images (if any)
  60   *                       2dseq
  61   *                       d3proc
  62   *                       isa  <--
  63   *                       meta
  64   *                       procs
  65   *                       roi                      ...
  66   *                       roi
  67   *                    3                // post processed images (if any)
  68   *                       2dseq
  69   *                       d3proc
  70   *                       isa  <--
  71   *                       meta
  72   *                       procs
  73   *                       roi
  74   *                    ...
  75   *              2
  76   *                 acqp
  77   *                 fid
  78   *                 ...
  79   *                 pdata
  80   *              3
  81   *                ...
  82   *          - fills a single level Directory with the MHD files,
  83   */
  84
  85
  86 int main(int argc, char *argv[])
  87 {
  88    START_USAGE(usage)
  89    " \n testBruker2Dicom : \n                                                 ",
  90    " - explores the given directory, at the 3 levels,                         ",
  91    " - fills an equivalent Directory with the MHD files or the DICOM files    ",
  92    " usage: testBruker2Dicom dirin=rootDirectoryName                          ",
  93    "                         dirout=outputDirectoryName                       ",
  94    "                   [D] [M]                                                ",
  95    "                   [{b|l}] b:BigEndian,l:LittleEndian default : l         ",
  96    "                   [debug] [verbose] [listonly]                           ",
  97    "                                                                          ",
  98    "   D         : user wants to export as DICOM                              ",
  99    "   M         : user wants to export as MHD                                ",
 100    "  debug      : developper wants to run the program in 'debug mode'        ",
 101    FINISH_USAGE
 102
 103    // ------------ Initialize Arguments Manager ----------------
 104    GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr *am= new GDCM_NAME_SPACE::ArgMgr(argc, argv);
 105
 106    if (argc == 1 || am->ArgMgrDefined("usage") )
 107    {
 108       am->ArgMgrUsage(usage); // Display 'usage'
 109       delete am;
 110       return 1;
 111    }
 112
 113    // create the devilish object!
 114    Bruker2Dicom b2d;
 115
 116    const char *dirNamein;
 117    dirNamein  = am->ArgMgrGetString("dirin",".");
 118
 119    const char *dirNameout;
 120    dirNameout  = am->ArgMgrGetString("dirout",".");
 121
 122 // note : Big Endian / Little Endian pb not yet dealt with.
 123 //        not a great issue, since everybody (?) works on Intell procs
 124    int b = am->ArgMgrDefined("b");
 125    int l = am->ArgMgrDefined("l");
 126
 127    if (am->ArgMgrDefined("debug"))
 128       GDCM_NAME_SPACE::Debug::DebugOn();
 129
 130    b2d.verbose  = am->ArgMgrDefined("verbose");
 131    int listonly = am->ArgMgrDefined("listonly");
 132
 133    int dicom    = am->ArgMgrDefined("D");
 134    int mhd      = am->ArgMgrDefined("M");
 135
 136    if (dicom)
 137       b2d.SetConvertModeToDicom();
 138    if (mhd)
 139       b2d.SetConvertModeToMhd();
 140
 141    /* if unused Param we give up */
 142    if ( am->ArgMgrPrintUnusedLabels() )
 143    {
 144       am->ArgMgrUsage(usage);
 145       delete am;
 146       return 1;
 147    }
 148
 149 // patientName : found in Bruker parameter files
 150 // patientName  = am->ArgMgrGetString("patientname", "Patient^Name");
 151
 152 // b2d.day : unused  ...
 153    b2d.day          = am->ArgMgrGetString("day", "You_forget_the_Day");
 154
 155
 156
 157    // ----------- End Arguments Manager ---------
 158
 159
 160    // ----- Begin Processing -----
 161
 162    b2d.SetInputDirectory(dirNamein);
 163    b2d.SetOutputDirectory(dirNameout);
 164
 165    /// \TODO : *do* use exceptions in the methods!
 166
 167    try {
 168       b2d.Execute();
 169    }
 170    catch (int i)
 171    {
 172       std::cout << "Exception was thrown  (" << i << ") " << std::endl;
 173    }
 174    /*
 175    catch (std::exception& e) {
 176    std::cerr << "ERREUR: " << e.what() << "expected length: " << e.getExpectedLgt()
 177              << " Found : " << e.getFoundLgt() << std::endl;
 178    }
 179   */
 180
 181
 182
 183  delete am;  // we don't need Argument Manager any longer
 184 }
 185
 186