lib/src1/bruker2dicom2.h

   1 #ifndef BRUKER2DICOM2_H
   2 #define BRUKER2DICOM2_H
   3
   4 #include <gdcmReader.h>
   5 #include "gdcmDirectory.h"
   6 #include <vtkGDCMImageReader.h>
   7 #include <gdcmScanner.h>
   8
   9 #include "gdcmByteSwap.h"
  10 #include "gdcmSwapCode.h"
  11 #include "gdcmFilename.h"
  12 #include "gdcmDataSet.h"
  13
  14 #include "gdcmImageWriter.h"
  15 #include "gdcmImage.h"
  16 #include "gdcmWriter.h"
  17 #include "gdcmReader.h"
  18 #include "gdcmUIDGenerator.h"
  19 //
  20 //#include "gdcmFile.h"
  21 //#include "gdcmFileHelper.h"
  22 //#include "gdcmCommon.h"
  23 //#include "gdcmDebug.h"
  24 //#include "gdcmUtil.h"
  25 //#include "gdcmDirList.h"
  26 //
  27 //#include "gdcmArgMgr.h"
  28 #include "brukerSystem.h"
  29 #include "brukerdataset.h"
  30 #include "brukerkspaceobject.h"
  31 #include "brukerimage.h"
  32 #include <string>
  33 #include <iostream>
  34 #include <sstream>
  35
  36   // file separator
  37 #if defined(_WIN32)
  38 #define VALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  39 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "/"
  40 #else
  41 #define INVALID_FILE_SEPARATOR "\\"
  42 #define VALID_FILE_SEPARATOR "/"
  43 #endif
  44
  45 class __declspec( dllexport ) Bruker2Dicom {
  46
  47 public:
  48  /*! \brief Constructor
  49 */
  50   Bruker2Dicom () /* : verbose(0), mhd(0), dicom(0), day(O)*/ {};
  51 /*! \brief Destructor
  52 */
  53   ~Bruker2Dicom (){};
  54
  55   void SetInputDirectory (const std::string &i) { InputDirName   = i;}
  56   void SetOutputDirectory(const std::string &o) { OutputDirName  = o;}
  57   void SetConvertModeToDicom()                  { dicom = 1; mhd = 0;}
  58   void SetConvertModeToMhd()                    { dicom = 0; mhd = 1;}
  59   bool Execute();
  60
  61   /*
  62   // For debugging pupose only.
  63   //Don't need accessors : Attributes are 'public'
  64
  65   void SetVerbose(int v) { verbose = v;}
  66   void SetMhd(int m)     { mhd = m;    }
  67   void SetDicom(int d)   { dicom = d;  }
  68   */
  69
  70 private :
  71
  72 void MakeDicomImage(unsigned char *tabPixels,
  73               int X,
  74               int Y,
  75               int nbFrames,
  76               int pixelSize,
  77               double spacingX, double spacingY, double sliceDistance,
  78               std::string dcmImageName,
  79               const std::string &patientName,
  80               const char *day,
  81               std::string &studyUID,
  82               std::string &serieUID,
  83               std::string &studyDescr,
  84               std::string &serieDescr,
  85               std::string &strStudyTimeDate,
  86               int imgNum, int  imagecontenttype//gdcm2 dont have such things, I think, as ImageContentTYpe
  87       );
  88
  89 std::vector<BrukerImage> CreateImageSet ( );
  90
  91 void getImhDataType(BrukerFieldData &bDPT,
  92                     std::string &mhdDataPixelType,
  93                     int &pixelSize);
  94
  95 void cleanString(std::string &s);
  96
  97 bool CreateDirectory(const std::string &dirNameout);
  98
  99 int CheckUserDirectory(std::string &userDirName);
 100 void DealWithMultiStudyDirectory(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames,const  std::string &currentOutputDirName);
 101 void DealWithSingleStudyDirectory (const std::string &dirname,const  std::string &currentOutputDirName) ;
 102
 103 void DealWithNiveau1(std::string &level1Directory, std::string &currentOutputDirName);
 104 void DealWithNiveau2(std::string &level2Directory, std::string &currentOutputDirName);
 105 void DealWithNiveau3(std::string &level3Directory, std::string &currentOutputDirName);
 106
 107 void dealWithCarto(gdcm::Directory::FilenamesType &fileNames, int NX, int NY, int nbSlices,
 108                    double fovX, double fovY, double sliceDistance,
 109                    char *copyFile, std::string &currentOutputDirName,
 110                    char *outputMhdFileName, char *output2dseqCartoName);
 111
 112 const std::string createDirectory(const std::string &i_name,const std::string &i_dir);
 113  std::string findFile(const std::string &i_dir,  const std::string i_name);
 114 public:
 115
 116 // these ones are for debugging only
 117 // don't bbfy the accessors.
 118
 119    int verbose;
 120    const char *day;
 121
 122 private :
 123    std::string InputDirName;
 124    std::string OutputDirName;
 125
 126    bool subjectFound;
 127    bool acqpFound;
 128
 129    std::string subject_entry;
 130    std::string subject_position;
 131    std::string subject_date;
 132    std::string subject_study_name;
 133
 134    int mhd;
 135    int dicom;
 136
 137    int nbSlices;
 138    BrukerDataSet br_subject;
 139    BrukerDataSet br_acqp;
 140    BrukerDataSet br_method;
 141    BrukerDataSet br_d3proc;
 142    BrukerDataSet br_isa;
 143    BrukerDataSet br_reco;
 144
 145    std::vector<BrukerImage> imageSet;
 146
 147 // For DICOM images.
 148
 149    std::string strStudyUID;
 150    std::string strSerieUID;
 151    std::string strStudyDescr;
 152    std::string strSerieDescr;
 153    std::string strStudyTimeDate;
 154    std::string strPatientName;
 155    std::string subject_name; // cleaned strPatientName
 156
 157    int serieNumber;
 158    int instanceNumber;
 159 };
 160
 161 #endif