lib/src1/brukerdataset.h

   1 //
   2 // C++ Interface: brukerdataset
   3 //
   4 // Description:
   5 //
   6 //
   7 // Author:  <Denis Grenier>, (C) 2008
   8 //
   9 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  10 //
  11 //
  12 #ifndef BRUKERDATASET_H
  13 #define BRUKERDATASET_H
  14
  15 /*! \file brukerdataset.h
  16 */
  17 #include <cstdlib>
  18 #include <stdlib.h>
  19 #include <string>
  20 #include <iostream>
  21 #include <sstream>
  22 #include <stdio.h>
  23 #include <fstream>
  24 #include <map>
  25 #include <algorithm>
  26 #include "boost/regex.hpp"
  27
  28 #include "brukerSystem.h"
  29 #include "brukerFieldData.h"
  30 #include "brukerobjectvaryingproperties.h"
  31
  32     const boost::regex KeyWord("^##\\$?([^[:cntrl:]]+)=.*");
  33     const boost::regex UnsignedInteger("([0-9]+)");
  34     const boost::regex SignedInteger("(\\-?[0-9]+)");
  35     const boost::regex Float("([\\-\\+eE0-9\\.]+)");
  36     const boost::regex IntOrFloat("([\\-\\+eE0-9\\.]+)");
  37     const boost::regex Dimensionnality("=\\( ([^[:cntrl:]]+) \\)");
  38     const boost::regex BufferNValues("^##\\$?[^[:cntrl:]]+=\\( [^[:cntrl:]]+ \\)[[:space:]]*[[:cntrl:]]*([^[.dollar-sign.]]+).*");
  39     const boost::regex Buffer1Value("^##\\$?[^[:cntrl:]]+=(.*)");
  40     const boost::regex IntSeries("([\\-0-9]*[[:space:]]*[[:cntrl:]]*)+");
  41     const boost::regex FloatSeries("([\\-\\+eE0-9\\.]+[[:space:]]*[[:cntrl:]]*)+");
  42
  43
  44 /*! \class  BrukerDataSet
  45 \brief This class purpose is to extract information from a bruker experiment and setup the extracted information for an easy use
  46 */
  47
  48 class creaBruker_EXPORT BrukerDataSet{
  49 friend class BrukerKspaceObject;
  50     typedef std::map<std::string, BrukerFieldData> BrukMapType;
  51     //typedef BrukMapType::iterator iterator;
  52     //typedef BrukMapType::const_iterator const_iterator;
  53 public:
  54         BrukerDataSet();
  55         ~BrukerDataSet();
  56         bool LoadFile(std::string& FileToRead);
  57         bool FillMap();
  58         void PrintKey(std::string &);
  59         void PrintSelf();
  60         bool                   Getkspace (std::string &);
  61         const BrukerFieldData& GetFieldData(std::string &);
  62         const BrukerFieldData& GetFieldData(const char *);
  63         bool                   SetLoopStructure ( );
  64         bool                   SetLoopStructureOld ( );
  65         bool                   SetLoopStructure (const std::vector<int >& theValue);
  66         std::vector<int >      GetLoopStructure ( ) const;
  67         bool                   SetBrukerObjectsLineList( );
  68         bool                   SetBrukerImageList ( );
  69
  70         std::vector<std::vector <int > >        GetBrukerObjectsLineList() const;
  71         std::vector<std::vector <int > >        GetBrukerImageList() const;
  72         std::map<std::string, BrukerFieldData > GetBrukerHeaderMap() const;
  73
  74         bool              SetInnerObjectLoopStructure ();
  75         std::vector<int > GetInnerObjectLoopStructure() const;
  76         bool              SetOuterObjectLoopStructure ();
  77         std::vector<int > GetOuterObjectLoopStructure() const;
  78         bool              SetImageLoopStructure ();
  79         std::vector<int > GetImageLoopStructure() const;
  80
  81         BrukerObjectVaryingProperties ObjectVaryingProperties;
  82 private:
  83
  84     std::string GetKeyword                (std::string &kw);
  85     std::string SearchBufferForText       (std::string &kw, const boost::regex& RegExp);
  86     bool        BoolMatchBufferForText    (std::string &kw, const boost::regex& RegExp);
  87     std::string MatchBufferForText        (std::string &kw, const boost::regex& RegExp);
  88     int         GetDimensionnality        (std::string &kw);
  89     int         GetIntValueOfDimN         (std::string &kw, int n);
  90     int         GetIntValueN              (std::string &kw, int n);
  91     std::string GetContentType            (std::string &kw);
  92     std::string GetValuesPart             (std::string &kw);
  93     double      GetDoubleValueN           (std::string &kw, int n);
  94     int         GetKeywordNumberOfElements(std::string &kw);
  95     std::string GetTextValueN             (std::string &kw, int n);
  96     bool        CheckExistKeyword         (std::string &kw);
  97     bool        CheckExistKeyword         (const char *kw);
  98     std::string RemoveNewlines(std::string);
  99     std::string RemoveSpaces(std::string);
 100
 101     //BrukMapType
 102
 103     std::map<std::string, BrukerFieldData> BrukerHeaderMap;
 104     std::string                     WholeHeader;
 105     std::vector<double>             WholeKspace;
 106     std::vector<int>                LoopStructure;
 107     std::vector<int>                InnerObjectLoopStructure;
 108     std::vector<int>                OuterObjectLoopStructure;
 109     std::vector<int>                ImageLoopStructure;
 110     std::vector <std::vector<int> > BrukerObjectsLineList;
 111     std::vector <std::vector<int> > BrukerImageList;
 112
 113 protected:
 114 };
 115
 116 #endif