lib/src1/brukerimage.cpp

   1 //
   2 // C++ Implementation: brukerimage
   3 //
   4 // Description:
   5 //
   6 //
   7 // Author:  Denis Grenier, (C) 2009
   8 //
   9 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  10 //
  11 //
  12 /**
  13 @file brukerimage.cpp
  14 */
  15 #include "brukerimage.h"
  16
  17 /**
  18 * This method takes care of the initialization of the main parameters usually needed to deal with an MRI experiment
  19  * @fn bool BrukerImage::Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
  20  * @param TheOrigAcqp
  21  * @param TheOrigReco
  22  * @param TheValue
  23  * @return bool
  24  */
  25 bool BrukerImage::Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
  26 {
  27
  28 // on devrait plutot les nommer 'computeXXX' (setXXX est d'habitude réservé aux accesseurs 'publics')
  29
  30    setAbsoluteTimePosition     (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  31    setRelativeTimePosition     (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  32    setFOVpixels                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  33    setFOVcm                    (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  34    setSliceThickness           (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  35    setTE                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  36    setTR                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  37    setTI                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  38    setFlipAngle                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  39    setLoopStamp                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  40    setNA                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  41    setNR                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  42    setNAE                      (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  43    setDS                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  44    setACQ_phase_factor         (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  45    setRotationMatrixRPS2XYZ    (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  46    setTranslationVectorRPS2XYZ (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  47    setWordType                 (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  48    setImageType                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  49    setDataEndianness           (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  50    setImageByteSize            (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  51    setBeginingOfImageInBytes   (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  52 }
  53
  54 /**
  55  * @brief the constructor uses the BrukerDataSet's of the acqp and reco file
  56  * @fn BrukerImage::BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco)
  57  * @param TheOrigAcqp
  58  * @param TheOrigReco
  59  */
  60 BrukerImage::BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco)
  61 {
  62 }
  63
  64 BrukerImage::~BrukerImage()
  65 {
  66 }
  67
  68 /**
  69 * @fn int BrukerImage::getAbsoluteTimePosition() const
  70  * @brief AbsoluteTimePosition is an integer number giving the time of the begining of the acquisition of the dataset
  71  * @return AbsoluteTimePosition int
  72  */
  73 int BrukerImage::getAbsoluteTimePosition() const
  74 {
  75    return AbsoluteTimePosition;
  76 }
  77
  78 /**
  79 * @fn bool BrukerImage::setAbsoluteTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue )
  80  * @brief AbsoluteTimePosition is an integer number giving the time of the begining of the acquisition of the dataset
  81  * @param TheOrigAcqp
  82  * @param TheOrigReco
  83  * @param TheValue
  84  * @return bool
  85  */
  86 bool BrukerImage::setAbsoluteTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue )
  87 {
  88    AbsoluteTimePosition = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_abs_time"].GetIntValue()[0];
  89    return true;
  90 }
  91
  92
  93 /**
  94  * @brief RelativeTimePosition is the estimated time position of the time the k-space center was acquired
  95  * This notion is very relative when dealing with long experiments and a line or object averaging (NA or NAE <> 1)
  96  * @fn double BrukerImage::getRelativeTimePosition() const
  97  * @return double
  98  */
  99 double BrukerImage::getRelativeTimePosition() const
 100 {
 101    return RelativeTimePosition;
 102 }
 103
 104 /**
 105  * @brief RelativeTimePosition is the estimated instant when the k-space center of each image was acquired
 106
 107      This notion is very relative when dealing with long experiments and a line or object averaging (NA or NAE <> 1)
 108 * @fn bool BrukerImage::setRelativeTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,  int TheValue )
 109  * @param TheOrigAcqp
 110  * @param TheOrigReco
 111  * @param TheValue
 112  * @return  bool
 113  */
 114 bool BrukerImage::setRelativeTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,  int TheValue )
 115 {
 116    long lTEMP = TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue].back();
 117    RelativeTimePosition = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(lTEMP);
 118    return true;
 119 }
 120
 121
 122 /**
 123  * @brief FOVpixels is a 1x2 integer vector. it's one of the view value we need to pick in the reco headermap
 124  *  @fn bool BrukerImage::setFOVpixels(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 125  * @param TheOrigAcqp
 126  * @param TheOrigReco
 127  * @param TheValue
 128  * @return bool
 129  */
 130 bool BrukerImage::setFOVpixels(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 131 {
 132    FOVpixels = TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_size"].GetIntValue();
 133    return true;
 134 }
 135
 136 /**
 137  * @brief FOVpixels is a 1x2 integer vector. it's one of the view value we need to pick in the reco headermap
 138  * @fn std::vector <int > BrukerImage::getFOVpixels() const
 139  * @return std::vector <int >
 140  */
 141 const std::vector<int > &BrukerImage::getFOVpixels() const
 142 {
 143    return FOVpixels;
 144 }
 145
 146
 147 /**
 148  * @brief FOVcm is also picked in reco headermap
 149  * @fn bool BrukerImage::setFOVcm(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 150  * @param TheOrigAcqp
 151  * @param TheOrigReco
 152  * @param TheValue
 153  * @return bool
 154  */
 155 bool BrukerImage::setFOVcm(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 156 {
 157    FOVcm = TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_fov"].GetDoubleValue();
 158    return true;
 159 }
 160
 161 /**
 162  * @brief FOVcm is also picked in reco headermap
 163  * @fn std::vector <double > BrukerImage::getFOVcm() const
 164  * @return std::vector <double >
 165  */
 166 const std::vector <double > &BrukerImage::getFOVcm() const
 167 {
 168    return FOVcm;
 169 }
 170
 171 /**
 172  * @brief SliceThickness is in milimeter
 173  * @fn bool BrukerImage::setSliceThickness( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 174  * @param TheOrigAcqp
 175  * @param TheOrigReco
 176  * @param TheValue
 177  * @return bool
 178  */
 179 bool BrukerImage::setSliceThickness( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 180 {
 181    SliceThickness = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_slice_thick"].GetDoubleValue()[0];
 182    return true;
 183 }
 184
 185 /**
 186  * @brief SliceThickness is in milimeter
 187  * @fn double  BrukerImage::getSliceThickness() const
 188  * @return double
 189  */
 190 double  BrukerImage::getSliceThickness() const
 191 {
 192    return SliceThickness;
 193 }
 194
 195 /**
 196 *  @brief picks the echo time of the image number TheValue
 197  * @fn bool BrukerImage::setTE( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 198  * @param TheOrigAcqp
 199  * @param TheOrigReco
 200  * @param TheValue
 201  * @return bool
 202  */
 203 bool BrukerImage::setTE( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 204 {
 205    TE = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getTE(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][0]);
 206    return true;
 207 }
 208
 209 /**
 210  * @fn double BrukerImage::getTE() const
 211  * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 212  * @return TE
 213  */
 214 double BrukerImage::getTE() const
 215 {
 216    return TE;
 217 }
 218
 219
 220 /**
 221  *  @brief picks the repetition time of the image number TheValue
 222  * @fn bool BrukerImage::setTR( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 223  * @param TheOrigAcqp
 224  * @param TheOrigReco
 225  * @param TheValue
 226  * @return bool
 227  */
 228 bool BrukerImage::setTR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 229 {
 230    TR=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_repetition_time"].GetDoubleValue()[0];
 231    return true;
 232 }
 233
 234  /**
 235   * @fn double BrukerImage::getTR() const
 236   * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 237   * @return TR
 238   */
 239 double BrukerImage::getTR() const
 240 {
 241    return TR;
 242 }
 243
 244 /**
 245 *  @brief picks the invertion time of the image number TheValue
 246  * @fn bool BrukerImage::setTI( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 247  * @param TheOrigAcqp
 248  * @param TheOrigReco
 249  * @param TheValue
 250  * @return bool
 251  */
 252 bool BrukerImage::setTI(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 253 {
 254    TI = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_inversion_time"].GetDoubleValue()[0];
 255    return true;
 256 }
 257
 258  /**
 259   * @fn double BrukerImage::getTI() const
 260   * @brief picks the invertion time of the image number TheValue
 261   * @return TI
 262   */
 263 double BrukerImage::getTI() const
 264 {
 265    return TI;
 266 }
 267
 268 /**
 269 *  @brief picks the flip angle of the image number TheValue
 270  * @fn bool BrukerImage::setFlipAngle( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 271  * @param TheOrigAcqp
 272  * @param TheOrigReco
 273  * @param TheValue
 274  * @return bool
 275  */
 276 bool BrukerImage::setFlipAngle(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 277 {
 278    FlipAngle = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_flip_angle"].GetIntValue()[0];
 279    return true;
 280 }
 281
 282 /**
 283  * @fn double BrukerImage::getFlipAngle() const
 284  * @brief picks the flip angle of the image number TheValue
 285  * @return FlipAngle
 286 */
 287 double BrukerImage::getFlipAngle() const
 288 {
 289    return FlipAngle;
 290 }
 291
 292
 293 /**
 294  * @brief LoopStamp is a vector, copy of the values of all the loop for the image number TheValue
 295
 296  * The purpose of this "loopstamp" is to provide additionnal information if the methods provided by this class are not sufficient to singularize each image
 297  * @fn bool BrukerImage::setLoopStamp(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 298  * @param TheOrigAcqp
 299  * @param TheOrigReco
 300  * @param TheValue
 301  * @return bool
 302  */
 303 bool BrukerImage::setLoopStamp(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 304 {
 305    LoopStamp = TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue];
 306    return true;
 307 }
 308
 309 /**
 310  * @brief LoopStamp is a vector, copy of the values of all the loop for the image number TheValue
 311  * The purpose of this "loopstamp" is to provide additionnal information if the methods provided by this class are not sufficient to singularize each image
 312  * @fn std::vector<int> BrukerImage::getLoopStamp() const
 313  * @return LoopStamp
 314  */
 315 const std::vector<int> &BrukerImage::getLoopStamp() const
 316 {
 317    return LoopStamp;
 318 }
 319
 320
 321 /**
 322  * @brief NA number of accumulation is useful to track image quality
 323  * @fn bool BrukerImage::setNA(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 324  * @param TheOrigAcqp
 325  * @param TheOrigReco
 326  * @param TheValue
 327  * @return
 328  */
 329 bool BrukerImage::setNA(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 330 {
 331    NA=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "NA"].GetIntValue()[0];
 332    return true;
 333 }
 334
 335 /**
 336  * @brief NA number of accumulation is useful to track image quality
 337  * @fn int BrukerImage::getNA() const
 338  *
 339  * @return NA
 340  */
 341 int BrukerImage::getNA() const
 342 {
 343    return NA;
 344 }
 345
 346 /**
 347 @brief NAE number of object exterior accumulation is useful to track image quality and rather used than NA to average movement artefacts
 348  * @fn bool BrukerImage::setNAE(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 349  * @param TheOrigAcqp
 350  * @param TheOrigReco
 351  * @param TheValue
 352  * @return bool
 353  */
 354 bool BrukerImage::setNAE(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 355 {
 356    NAE=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "NAE"].GetIntValue()[0];
 357    return true;
 358 }
 359
 360 /**
 361  @brief NAE number of object exterior accumulation is useful to track image quality and rather used than NA to average movement artefacts
 362  * @fn int BrukerImage::getNAE() const
 363  * @return NAE
 364  */
 365
 366 int BrukerImage::getNAE() const
 367 {
 368    return NAE;
 369 }
 370
 371 /**
 372 @brief DS (dummy scan) is useful to establish a dynamic equilibrium or to know if one was used
 373  * @fn bool BrukerImage::setDS(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 374  * @param TheOrigAcqp
 375  * @param TheOrigReco
 376  * @param TheValue
 377  * @return bool
 378  */
 379
 380 bool BrukerImage::setDS(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 381 {
 382    DS=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "DS"].GetIntValue()[0];
 383    return true;
 384 }
 385
 386 /**
 387  @brief  DS (dummy scan) is useful to establish a dynamic equilibrium or to know if one was used
 388  @fn int BrukerImage::get() const
 389  @return DS
 390 */
 391 int BrukerImage::getDS() const
 392 {
 393    return DS;
 394 }
 395
 396 /**
 397 @brief Phase factor is the number of kspace line acquired in a single shot
 398  * @fn bool BrukerImage::setACQ_phase_factor(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 399  * @param TheOrigAcqp
 400  * @param TheOrigReco
 401  * @param TheValue
 402  * @return bool
 403  */
 404 bool BrukerImage::setACQ_phase_factor(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 405 {
 406    ACQ_phase_factor=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_phase_factor"].GetIntValue()[0];
 407    return true;
 408 }
 409
 410 /**
 411  @brief Phase factor is the number of kspace line acquired in a single shot
 412  @fn int BrukerImage::getACQ_phase_factor() const
 413  @return
 414 */
 415 int BrukerImage::getACQ_phase_factor() const
 416 {
 417    return ACQ_phase_factor;
 418 }
 419
 420
 421 /**
 422 @brief The number of repetition NR is used to repeat a full objects acquisition NR times with a given delay
 423 * This method returns at which repetition belongs the image TheValue
 424  * @fn bool BrukerImage::NR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 425  * @param TheOrigAcqp
 426  * @param TheOrigReco
 427  * @param TheValue
 428  * @return bool
 429  */
 430 bool BrukerImage::setNR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 431 {
 432    NR= TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue].back();
 433    return true;
 434 }
 435
 436        /**
 437          @brief  The number of repetition NR is used to repeat a full objects acquisition NR times with a given delay
 438          * This method returns at which repetition belongs the image TheValue
 439          @fn int BrukerImage::getNR() const
 440          @return NR
 441          */
 442 int BrukerImage::getNR() const
 443 {
 444    return NR;
 445 }
 446
 447
 448
 449 /**
 450 @brief  RotationMatrixRPS2XYZ is a 3x3 rotation matrix  giving the orientation of the TheValue image
 451  * @fn bool BrukerImage::setRotationMatrixRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 452  * @param TheOrigAcqp
 453  * @param TheOrigReco
 454  * @param TheValue
 455  * @return bool
 456  */
 457 bool BrukerImage::setRotationMatrixRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 458 {
 459    RotationMatrixRPS2XYZ = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getOrientation(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]);
 460    return true;
 461 }
 462
 463        /**
 464          @brief   RotationMatrixRPS2XYZ is a 3x3 rotation matrix  giving the orientation of the TheValue image
 465          @fn std::vector<std::vector<double> > BrukerImage::getRotationMatrixRPS2XYZ() const
 466          @return RotationMatrixRPS2XYZ
 467          */
 468 const std::vector<std::vector<double> > &BrukerImage::getRotationMatrixRPS2XYZ() const
 469 {
 470    return RotationMatrixRPS2XYZ;
 471 }
 472
 473
 474
 475 /**
 476 @brief TranslationVectorRPS2XYZ is a 1x3 vector of the TheValue image position to the magnet center (in mm)
 477  * @fn bool BrukerImage::setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 478  * @param TheOrigAcqp
 479  * @param TheOrigReco
 480  * @param TheValue
 481  * @return bool
 482  */
 483 bool BrukerImage::setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 484 {
 485    TranslationVectorRPS2XYZ.clear();
 486    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionR(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 487    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionP(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 488    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionS(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 489    return true;
 490 }
 491
 492 /**
 493  @brief  TranslationVectorRPS2XYZ is a 1x3 vector of the TheValue image position to the magnet center (in mm)
 494  @fn std::vector<double> BrukerImage::getTranslationVectorRPS2XYZ() const
 495  @return TranslationVectorRPS2XYZ
 496 */
 497 const std::vector<double>  &BrukerImage::getTranslationVectorRPS2XYZ() const
 498 {
 499    return TranslationVectorRPS2XYZ;
 500 }
 501
 502 /**
 503 @brief WordType returns the type of data to read int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t
 504  * @fn bool BrukerImage::setWordType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 505  * @param TheOrigAcqp
 506  * @param TheOrigReco
 507  * @param TheValue
 508  * @return bool
 509  */
 510 bool BrukerImage::setWordType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 511 {
 512    WordType=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_wordtype"].GetStringValue()[0];
 513    return true;
 514 }
 515
 516        /**
 517          @brief WordType returns the type of data to read int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t
 518          @fn std::string BrukerImage::getWordType() const
 519          @return int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t or UNKNOWN
 520          */
 521 std::string BrukerImage::getWordType() const
 522 {
 523    if(WordType == ((std::string) "_32BIT_SGN_INT"))  return ((std::string)"int32_t");
 524    if(WordType == ((std::string) "_16BIT_SGN_INT"))  return ((std::string)"int16_t");
 525    if(WordType == ((std::string) "_8BIT_UNSGN_INT")) return ((std::string)"uint8_t");
 526    if(WordType == ((std::string) "_32BIT_FLOAT"))    return ((std::string)"float32_t");
 527    return ((std::string)"UNKNOWN");
 528 }
 529
 530 /**
 531 @brief ImageType returns the type of image : values real for amplitude, real imaginary or phase images  and complex for complex images
 532  * @fn bool BrukerImage::setImageType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 533  * @param TheOrigAcqp
 534  * @param TheOrigReco
 535  * @param TheValue
 536  * @return bool
 537  */
 538 bool BrukerImage::setImageType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 539 {
 540    ImageType=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_image_type"].GetStringValue()[0];
 541    return true;
 542 }
 543
 544         /**
 545          @brief  ImageType returns the type of image : values real for amplitude, real imaginary or phase images  and complex for complex images
 546          @fn std::string BrukerImage::getImageType() const
 547          @return complex or real
 548          */
 549 std::string BrukerImage::getImageType() const
 550 {
 551    if(ImageType == ((std::string) "COMPLEXE_IMAGE")) return ((std::string)"complex");
 552    return ((std::string)"real");
 553 }
 554
 555
 556 /**
 557 @brief DataEndianness gives information on how to swap or no the binary data to read
 558  * @fn bool BrukerImage::setDataEndianness(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 559  * @param TheOrigAcqp
 560  * @param TheOrigReco
 561  * @param TheValue
 562  * @return bool
 563  */
 564 bool BrukerImage::setDataEndianness(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 565 {
 566    DataEndianness=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_byte_order"].GetStringValue()[0];
 567    return true;
 568 }
 569
 570         /**
 571          @brief  DataEndianness gives information on how to swap or no the binary data to read
 572          @fn std::string BrukerImage::getDataEndianness() const
 573          @return DataEndianness
 574          */
 575 const std::string &BrukerImage::getDataEndianness() const
 576 {
 577    return DataEndianness;
 578 }
 579
 580 /**
 581 @brief Information on the image size in byte, useful for offsets calculation
 582  * @fn bool BrukerImage::setImageByteSize(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 583  * @param TheOrigAcqp
 584  * @param TheOrigReco
 585  * @param TheValue
 586  * @return bool
 587  */
 588 bool BrukerImage::setImageByteSize(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 589 {
 590    int Dimension, WordSize;
 591    if      (getImageType()==((std::string)"complex")) Dimension=2;
 592    else if (getImageType()==((std::string)"real"))    Dimension=1;
 593    else return false;
 594
 595    if (getWordType()==((std::string)"int32_t")||getWordType()==((std::string)"float32_t")) WordSize=4;
 596    else if (getWordType()==((std::string)"int16_t")) WordSize=2;
 597    else if (getWordType()==((std::string)"uint8_t")) WordSize=1;
 598    else /*if (getWordType()==((std::string)"UNKNOWN"))*/ return false;
 599
 600    ImageByteSize = Dimension*WordSize*getFOVpixels()[0]*getFOVpixels()[1];
 601    return true;
 602 }
 603
 604          /**
 605          @brief  Information on the image size in byte, useful for offsets calculation
 606          @fn size_t BrukerImage::getImageByteSize() const
 607          @return ImageByteSize
 608          */
 609 size_t BrukerImage::getImageByteSize() const
 610 {
 611    return ImageByteSize;
 612 }
 613
 614
 615 /**
 616  @brief BeginingOfImageInBytes is the offset of the image number TheValue to the begining of 2dseq file
 617  @fn size_t BrukerImage::getBeginingOfImageInBytes() const
 618  @return BeginingOfImageInBytes
 619 */
 620
 621
 622 size_t BrukerImage::getBeginingOfImageInBytes() const
 623 {
 624    return BeginingOfImageInBytes;
 625 }
 626
 627
 628 /**
 629 @brief BeginingOfImageInBytes is the offset of the image number TheValue to the begining of 2dseq file
 630  * @fn bool BrukerImage::setBeginingOfImageInBytes(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 631  * @param TheOrigAcqp
 632  * @param TheOrigReco
 633  * @param TheValue
 634  * @return bool
 635  */
 636 bool BrukerImage::setBeginingOfImageInBytes (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 637 {
 638    BeginingOfImageInBytes = TheValue*getImageByteSize();
 639 }