lib/src1/brukerimage.cpp

   1 //
   2 // C++ Implementation: brukerimage
   3 //
   4 // Description:
   5 //
   6 //
   7 // Author:  Denis Grenier, (C) 2009
   8 //
   9 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  10 //
  11 //
  12 /**
  13 @file brukerimage.cpp
  14 */
  15 #include "brukerimage.h"
  16
  17 /**
  18 * This method takes care of the initialization of the main parameters usually needed to deal with an MRI experiment
  19  * @fn bool BrukerImage::Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
  20  * @param TheOrigAcqp
  21  * @param TheOrigReco
  22  * @param TheValue
  23  * @return bool
  24  */
  25 bool BrukerImage::Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
  26 {
  27
  28 // on devrait plutot les nommer 'computeXXX' (setXXX est d'habitude réservé aux accesseurs 'publics')
  29
  30    setAbsoluteTimePosition     (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  31    setRelativeTimePosition     (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  32    setFOVpixels                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  33    setFOVcm                    (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  34    setSliceThickness           (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  35    setTE                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  36    setTR                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  37    setTI                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  38    setFlipAngle                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  39    setLoopStamp                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  40    setNA                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  41    setNR                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  42    setNAE                      (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  43    setDS                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  44    setACQ_phase_factor         (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  45    setRotationMatrixRPS2XYZ    (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  46    setTranslationVectorRPS2XYZ (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  47    setWordType                 (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  48    setImageType                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  49    setDataEndianness           (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  50    setImageByteSize            (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  51    setBeginingOfImageInBytes   (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  52
  53    return true;
  54 }
  55
  56 /**
  57  * @brief the constructor uses the BrukerDataSet's of the acqp and reco file
  58  * @fn BrukerImage::BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco)
  59  * @param TheOrigAcqp
  60  * @param TheOrigReco
  61  */
  62 BrukerImage::BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco)
  63 {
  64 }
  65
  66 BrukerImage::~BrukerImage()
  67 {
  68 }
  69
  70 /**
  71 * @fn int BrukerImage::getAbsoluteTimePosition() const
  72  * @brief AbsoluteTimePosition is an integer number giving the time of the begining of the acquisition of the dataset
  73  * @return AbsoluteTimePosition int
  74  */
  75 int BrukerImage::getAbsoluteTimePosition() const
  76 {
  77    return AbsoluteTimePosition;
  78 }
  79
  80 /**
  81 * @fn bool BrukerImage::setAbsoluteTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue )
  82  * @brief AbsoluteTimePosition is an integer number giving the time of the begining of the acquisition of the dataset
  83  * @param TheOrigAcqp
  84  * @param TheOrigReco
  85  * @param TheValue
  86  * @return bool
  87  */
  88 bool BrukerImage::setAbsoluteTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue )
  89 {
  90    AbsoluteTimePosition = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_abs_time"].GetIntValue()[0];
  91    return true;
  92 }
  93
  94
  95 /**
  96  * @brief RelativeTimePosition is the estimated time position of the time the k-space center was acquired
  97  * This notion is very relative when dealing with long experiments and a line or object averaging (NA or NAE <> 1)
  98  * @fn double BrukerImage::getRelativeTimePosition() const
  99  * @return double
 100  */
 101 double BrukerImage::getRelativeTimePosition() const
 102 {
 103    return RelativeTimePosition;
 104 }
 105
 106 /**
 107  * @brief RelativeTimePosition is the estimated instant when the k-space center of each image was acquired
 108
 109      This notion is very relative when dealing with long experiments and a line or object averaging (NA or NAE <> 1)
 110 * @fn bool BrukerImage::setRelativeTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,  int TheValue )
 111  * @param TheOrigAcqp
 112  * @param TheOrigReco
 113  * @param TheValue
 114  * @return  bool
 115  */
 116 bool BrukerImage::setRelativeTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,  int TheValue )
 117 {
 118    long lTEMP = TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue].back();
 119    RelativeTimePosition = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(lTEMP);
 120    return true;
 121 }
 122
 123
 124 /**
 125  * @brief FOVpixels is a 1x2 integer vector. it's one of the view value we need to pick in the reco headermap
 126  *  @fn bool BrukerImage::setFOVpixels(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 127  * @param TheOrigAcqp
 128  * @param TheOrigReco
 129  * @param TheValue
 130  * @return bool
 131  */
 132 bool BrukerImage::setFOVpixels(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 133 {
 134    FOVpixels = TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_size"].GetIntValue();
 135    return true;
 136 }
 137
 138 /**
 139  * @brief FOVpixels is a 1x2 integer vector. it's one of the view value we need to pick in the reco headermap
 140  * @fn std::vector <int > BrukerImage::getFOVpixels() const
 141  * @return std::vector <int >
 142  */
 143 const std::vector<int > &BrukerImage::getFOVpixels() const
 144 {
 145    return FOVpixels;
 146 }
 147
 148
 149 /**
 150  * @brief FOVcm is also picked in reco headermap
 151  * @fn bool BrukerImage::setFOVcm(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 152  * @param TheOrigAcqp
 153  * @param TheOrigReco
 154  * @param TheValue
 155  * @return bool
 156  */
 157 bool BrukerImage::setFOVcm(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 158 {
 159    FOVcm = TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_fov"].GetDoubleValue();
 160    return true;
 161 }
 162
 163 /**
 164  * @brief FOVcm is also picked in reco headermap
 165  * @fn std::vector <double > BrukerImage::getFOVcm() const
 166  * @return std::vector <double >
 167  */
 168 const std::vector <double > &BrukerImage::getFOVcm() const
 169 {
 170    return FOVcm;
 171 }
 172
 173 /**
 174  * @brief SliceThickness is in milimeter
 175  * @fn bool BrukerImage::setSliceThickness( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 176  * @param TheOrigAcqp
 177  * @param TheOrigReco
 178  * @param TheValue
 179  * @return bool
 180  */
 181 bool BrukerImage::setSliceThickness( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 182 {
 183    SliceThickness = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_slice_thick"].GetDoubleValue()[0];
 184    return true;
 185 }
 186
 187 /**
 188  * @brief SliceThickness is in milimeter
 189  * @fn double  BrukerImage::getSliceThickness() const
 190  * @return double
 191  */
 192 double  BrukerImage::getSliceThickness() const
 193 {
 194    return SliceThickness;
 195 }
 196
 197 /**
 198 *  @brief picks the echo time of the image number TheValue
 199  * @fn bool BrukerImage::setTE( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 200  * @param TheOrigAcqp
 201  * @param TheOrigReco
 202  * @param TheValue
 203  * @return bool
 204  */
 205 bool BrukerImage::setTE( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 206 {
 207    TE = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getTE(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][0]);
 208    return true;
 209 }
 210
 211 /**
 212  * @fn double BrukerImage::getTE() const
 213  * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 214  * @return TE
 215  */
 216 double BrukerImage::getTE() const
 217 {
 218    return TE;
 219 }
 220
 221
 222 /**
 223  *  @brief picks the repetition time of the image number TheValue
 224  * @fn bool BrukerImage::setTR( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 225  * @param TheOrigAcqp
 226  * @param TheOrigReco
 227  * @param TheValue
 228  * @return bool
 229  */
 230 bool BrukerImage::setTR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 231 {
 232    TR=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_repetition_time"].GetDoubleValue()[0];
 233    return true;
 234 }
 235
 236  /**
 237   * @fn double BrukerImage::getTR() const
 238   * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 239   * @return TR
 240   */
 241 double BrukerImage::getTR() const
 242 {
 243    return TR;
 244 }
 245
 246 /**
 247 *  @brief picks the invertion time of the image number TheValue
 248  * @fn bool BrukerImage::setTI( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 249  * @param TheOrigAcqp
 250  * @param TheOrigReco
 251  * @param TheValue
 252  * @return bool
 253  */
 254 bool BrukerImage::setTI(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 255 {
 256    TI = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_inversion_time"].GetDoubleValue()[0];
 257    return true;
 258 }
 259
 260  /**
 261   * @fn double BrukerImage::getTI() const
 262   * @brief picks the invertion time of the image number TheValue
 263   * @return TI
 264   */
 265 double BrukerImage::getTI() const
 266 {
 267    return TI;
 268 }
 269
 270 /**
 271 *  @brief picks the flip angle of the image number TheValue
 272  * @fn bool BrukerImage::setFlipAngle( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 273  * @param TheOrigAcqp
 274  * @param TheOrigReco
 275  * @param TheValue
 276  * @return bool
 277  */
 278 bool BrukerImage::setFlipAngle(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 279 {
 280    FlipAngle = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_flip_angle"].GetIntValue()[0];
 281    return true;
 282 }
 283
 284 /**
 285  * @fn double BrukerImage::getFlipAngle() const
 286  * @brief picks the flip angle of the image number TheValue
 287  * @return FlipAngle
 288 */
 289 double BrukerImage::getFlipAngle() const
 290 {
 291    return FlipAngle;
 292 }
 293
 294
 295 /**
 296  * @brief LoopStamp is a vector, copy of the values of all the loop for the image number TheValue
 297
 298  * The purpose of this "loopstamp" is to provide additionnal information if the methods provided by this class are not sufficient to singularize each image
 299  * @fn bool BrukerImage::setLoopStamp(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 300  * @param TheOrigAcqp
 301  * @param TheOrigReco
 302  * @param TheValue
 303  * @return bool
 304  */
 305 bool BrukerImage::setLoopStamp(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 306 {
 307    LoopStamp = TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue];
 308    return true;
 309 }
 310
 311 /**
 312  * @brief LoopStamp is a vector, copy of the values of all the loop for the image number TheValue
 313  * The purpose of this "loopstamp" is to provide additionnal information if the methods provided by this class are not sufficient to singularize each image
 314  * @fn std::vector<int> BrukerImage::getLoopStamp() const
 315  * @return LoopStamp
 316  */
 317 const std::vector<int> &BrukerImage::getLoopStamp() const
 318 {
 319    return LoopStamp;
 320 }
 321
 322
 323 /**
 324  * @brief NA number of accumulation is useful to track image quality
 325  * @fn bool BrukerImage::setNA(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 326  * @param TheOrigAcqp
 327  * @param TheOrigReco
 328  * @param TheValue
 329  * @return
 330  */
 331 bool BrukerImage::setNA(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 332 {
 333    NA=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "NA"].GetIntValue()[0];
 334    return true;
 335 }
 336
 337 /**
 338  * @brief NA number of accumulation is useful to track image quality
 339  * @fn int BrukerImage::getNA() const
 340  *
 341  * @return NA
 342  */
 343 int BrukerImage::getNA() const
 344 {
 345    return NA;
 346 }
 347
 348 /**
 349 @brief NAE number of object exterior accumulation is useful to track image quality and rather used than NA to average movement artefacts
 350  * @fn bool BrukerImage::setNAE(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 351  * @param TheOrigAcqp
 352  * @param TheOrigReco
 353  * @param TheValue
 354  * @return bool
 355  */
 356 bool BrukerImage::setNAE(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 357 {
 358    NAE=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "NAE"].GetIntValue()[0];
 359    return true;
 360 }
 361
 362 /**
 363  @brief NAE number of object exterior accumulation is useful to track image quality and rather used than NA to average movement artefacts
 364  * @fn int BrukerImage::getNAE() const
 365  * @return NAE
 366  */
 367
 368 int BrukerImage::getNAE() const
 369 {
 370    return NAE;
 371 }
 372
 373 /**
 374 @brief DS (dummy scan) is useful to establish a dynamic equilibrium or to know if one was used
 375  * @fn bool BrukerImage::setDS(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 376  * @param TheOrigAcqp
 377  * @param TheOrigReco
 378  * @param TheValue
 379  * @return bool
 380  */
 381
 382 bool BrukerImage::setDS(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 383 {
 384    DS=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "DS"].GetIntValue()[0];
 385    return true;
 386 }
 387
 388 /**
 389  @brief  DS (dummy scan) is useful to establish a dynamic equilibrium or to know if one was used
 390  @fn int BrukerImage::get() const
 391  @return DS
 392 */
 393 int BrukerImage::getDS() const
 394 {
 395    return DS;
 396 }
 397
 398 /**
 399 @brief Phase factor is the number of kspace line acquired in a single shot
 400  * @fn bool BrukerImage::setACQ_phase_factor(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 401  * @param TheOrigAcqp
 402  * @param TheOrigReco
 403  * @param TheValue
 404  * @return bool
 405  */
 406 bool BrukerImage::setACQ_phase_factor(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 407 {
 408    ACQ_phase_factor=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_phase_factor"].GetIntValue()[0];
 409    return true;
 410 }
 411
 412 /**
 413  @brief Phase factor is the number of kspace line acquired in a single shot
 414  @fn int BrukerImage::getACQ_phase_factor() const
 415  @return
 416 */
 417 int BrukerImage::getACQ_phase_factor() const
 418 {
 419    return ACQ_phase_factor;
 420 }
 421
 422
 423 /**
 424 @brief The number of repetition NR is used to repeat a full objects acquisition NR times with a given delay
 425 * This method returns at which repetition belongs the image TheValue
 426  * @fn bool BrukerImage::NR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 427  * @param TheOrigAcqp
 428  * @param TheOrigReco
 429  * @param TheValue
 430  * @return bool
 431  */
 432 bool BrukerImage::setNR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 433 {
 434    NR= TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue].back();
 435    return true;
 436 }
 437
 438        /**
 439          @brief  The number of repetition NR is used to repeat a full objects acquisition NR times with a given delay
 440          * This method returns at which repetition belongs the image TheValue
 441          @fn int BrukerImage::getNR() const
 442          @return NR
 443          */
 444 int BrukerImage::getNR() const
 445 {
 446    return NR;
 447 }
 448
 449
 450
 451 /**
 452 @brief  RotationMatrixRPS2XYZ is a 3x3 rotation matrix  giving the orientation of the TheValue image
 453  * @fn bool BrukerImage::setRotationMatrixRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 454  * @param TheOrigAcqp
 455  * @param TheOrigReco
 456  * @param TheValue
 457  * @return bool
 458  */
 459 bool BrukerImage::setRotationMatrixRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 460 {
 461    RotationMatrixRPS2XYZ = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getOrientation(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]);
 462    return true;
 463 }
 464
 465        /**
 466          @brief   RotationMatrixRPS2XYZ is a 3x3 rotation matrix  giving the orientation of the TheValue image
 467          @fn std::vector<std::vector<double> > BrukerImage::getRotationMatrixRPS2XYZ() const
 468          @return RotationMatrixRPS2XYZ
 469          */
 470 const std::vector<std::vector<double> > &BrukerImage::getRotationMatrixRPS2XYZ() const
 471 {
 472    return RotationMatrixRPS2XYZ;
 473 }
 474
 475
 476
 477 /**
 478 @brief TranslationVectorRPS2XYZ is a 1x3 vector of the TheValue image position to the magnet center (in mm)
 479  * @fn bool BrukerImage::setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 480  * @param TheOrigAcqp
 481  * @param TheOrigReco
 482  * @param TheValue
 483  * @return bool
 484  */
 485 bool BrukerImage::setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 486 {
 487    TranslationVectorRPS2XYZ.clear();
 488    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionR(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 489    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionP(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 490    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionS(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 491    return true;
 492 }
 493
 494 /**
 495  @brief  TranslationVectorRPS2XYZ is a 1x3 vector of the TheValue image position to the magnet center (in mm)
 496  @fn std::vector<double> BrukerImage::getTranslationVectorRPS2XYZ() const
 497  @return TranslationVectorRPS2XYZ
 498 */
 499 const std::vector<double>  &BrukerImage::getTranslationVectorRPS2XYZ() const
 500 {
 501    return TranslationVectorRPS2XYZ;
 502 }
 503
 504 /**
 505 @brief WordType returns the type of data to read int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t
 506  * @fn bool BrukerImage::setWordType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 507  * @param TheOrigAcqp
 508  * @param TheOrigReco
 509  * @param TheValue
 510  * @return bool
 511  */
 512 bool BrukerImage::setWordType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 513 {
 514    WordType=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_wordtype"].GetStringValue()[0];
 515    return true;
 516 }
 517
 518        /**
 519          @brief WordType returns the type of data to read int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t
 520          @fn std::string BrukerImage::getWordType() const
 521          @return int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t or UNKNOWN
 522          */
 523 std::string BrukerImage::getWordType() const
 524 {
 525    if(WordType == ((std::string) "_32BIT_SGN_INT"))  return ((std::string)"int32_t");
 526    if(WordType == ((std::string) "_16BIT_SGN_INT"))  return ((std::string)"int16_t");
 527    if(WordType == ((std::string) "_8BIT_UNSGN_INT")) return ((std::string)"uint8_t");
 528    if(WordType == ((std::string) "_32BIT_FLOAT"))    return ((std::string)"float32_t");
 529    return ((std::string)"UNKNOWN");
 530 }
 531
 532 /**
 533 @brief ImageType returns the type of image : values real for amplitude, real imaginary or phase images  and complex for complex images
 534  * @fn bool BrukerImage::setImageType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 535  * @param TheOrigAcqp
 536  * @param TheOrigReco
 537  * @param TheValue
 538  * @return bool
 539  */
 540 bool BrukerImage::setImageType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 541 {
 542    ImageType=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_image_type"].GetStringValue()[0];
 543    return true;
 544 }
 545
 546         /**
 547          @brief  ImageType returns the type of image : values real for amplitude, real imaginary or phase images  and complex for complex images
 548          @fn std::string BrukerImage::getImageType() const
 549          @return complex or real
 550          */
 551 std::string BrukerImage::getImageType() const
 552 {
 553    if(ImageType == ((std::string) "COMPLEXE_IMAGE")) return ((std::string)"complex");
 554    return ((std::string)"real");
 555 }
 556
 557
 558 /**
 559 @brief DataEndianness gives information on how to swap or no the binary data to read
 560  * @fn bool BrukerImage::setDataEndianness(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 561  * @param TheOrigAcqp
 562  * @param TheOrigReco
 563  * @param TheValue
 564  * @return bool
 565  */
 566 bool BrukerImage::setDataEndianness(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 567 {
 568    DataEndianness=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_byte_order"].GetStringValue()[0];
 569    return true;
 570 }
 571
 572         /**
 573          @brief  DataEndianness gives information on how to swap or no the binary data to read
 574          @fn std::string BrukerImage::getDataEndianness() const
 575          @return DataEndianness
 576          */
 577 const std::string &BrukerImage::getDataEndianness() const
 578 {
 579    return DataEndianness;
 580 }
 581
 582 /**
 583 @brief Information on the image size in byte, useful for offsets calculation
 584  * @fn bool BrukerImage::setImageByteSize(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 585  * @param TheOrigAcqp
 586  * @param TheOrigReco
 587  * @param TheValue
 588  * @return bool
 589  */
 590 bool BrukerImage::setImageByteSize(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 591 {
 592    int Dimension, WordSize;
 593    if      (getImageType()==((std::string)"complex")) Dimension=2;
 594    else if (getImageType()==((std::string)"real"))    Dimension=1;
 595    else return false;
 596
 597    if (getWordType()==((std::string)"int32_t")||getWordType()==((std::string)"float32_t")) WordSize=4;
 598    else if (getWordType()==((std::string)"int16_t")) WordSize=2;
 599    else if (getWordType()==((std::string)"uint8_t")) WordSize=1;
 600    else /*if (getWordType()==((std::string)"UNKNOWN"))*/ return false;
 601
 602    ImageByteSize = Dimension*WordSize*getFOVpixels()[0]*getFOVpixels()[1];
 603    return true;
 604 }
 605
 606          /**
 607          @brief  Information on the image size in byte, useful for offsets calculation
 608          @fn size_t BrukerImage::getImageByteSize() const
 609          @return ImageByteSize
 610          */
 611 size_t BrukerImage::getImageByteSize() const
 612 {
 613    return ImageByteSize;
 614 }
 615
 616
 617 /**
 618  @brief BeginingOfImageInBytes is the offset of the image number TheValue to the begining of 2dseq file
 619  @fn size_t BrukerImage::getBeginingOfImageInBytes() const
 620  @return BeginingOfImageInBytes
 621 */
 622
 623
 624 size_t BrukerImage::getBeginingOfImageInBytes() const
 625 {
 626    return BeginingOfImageInBytes;
 627 }
 628
 629
 630 /**
 631 @brief BeginingOfImageInBytes is the offset of the image number TheValue to the begining of 2dseq file
 632  * @fn bool BrukerImage::setBeginingOfImageInBytes(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 633  * @param TheOrigAcqp
 634  * @param TheOrigReco
 635  * @param TheValue
 636  * @return bool
 637  */
 638 bool BrukerImage::setBeginingOfImageInBytes (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 639 {
 640    BeginingOfImageInBytes = TheValue*getImageByteSize();
 641
 642         return true;
 643 }