lib/src1/brukerimage.cpp

   1 //
   2 // C++ Implementation: brukerimage
   3 //
   4 // Description:
   5 //
   6 //
   7 // Author:  Denis Grenier, (C) 2009
   8 //
   9 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  10 //
  11 //
  12 /**
  13 @file brukerimage.cpp
  14 */
  15
  16 #include "brukerimage.h"
  17
  18 /**
  19  * @brief This method takes care of the initialization of the main parameters usually needed to deal with an MRI experiment
  20  * @fn bool BrukerImage::Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
  21  * @param TheOrigAcqp
  22  * @param TheOrigReco
  23  * @param TheValue
  24  * @return bool
  25  */
  26 bool BrukerImage::Init(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
  27 {
  28
  29 // on devrait plutot les nommer 'computeXXX' (setXXX est d'habitude réservé aux accesseurs 'publics')
  30
  31    setAbsoluteTimePosition     (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  32    setRelativeTimePosition     (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  33    setFOVpixels                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  34    setFOVcm                    (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  35    setSliceThickness           (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  36    setTE                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  37    setTR                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  38    setTI                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  39    setFlipAngle                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  40    setLoopStamp                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  41    setNA                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  42    setNR                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  43    setNAE                      (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  44    setDS                       (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  45    setACQ_phase_factor         (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  46    setRotationMatrixRPS2XYZ    (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  47    setTranslationVectorRPS2XYZ (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  48    setWordType                 (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  49    setImageType                (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  50    setDataEndianness           (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  51    setImageByteSize            (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  52    setBeginingOfImageInBytes   (TheOrigAcqp,TheOrigReco,TheValue);
  53
  54    return true;
  55 }
  56
  57 /**
  58  * @brief the constructor uses the BrukerDataSet's of the acqp and reco file
  59  * @fn BrukerImage::BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco)
  60  * @param TheOrigAcqp
  61  * @param TheOrigReco
  62  */
  63 BrukerImage::BrukerImage(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco)
  64 {
  65 }
  66
  67 BrukerImage::~BrukerImage()
  68 {
  69 }
  70
  71 /**
  72 * @fn int BrukerImage::getAbsoluteTimePosition() const
  73  * @brief AbsoluteTimePosition is an integer number giving the time of the begining of the acquisition of the dataset
  74  * @return AbsoluteTimePosition int
  75  */
  76 int BrukerImage::getAbsoluteTimePosition() const
  77 {
  78    return AbsoluteTimePosition;
  79 }
  80
  81 /**
  82  * @fn bool BrukerImage::setAbsoluteTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue )
  83  * @brief AbsoluteTimePosition is an integer number giving the time of the begining of the acquisition of the dataset
  84  * @param TheOrigAcqp
  85  * @param TheOrigReco
  86  * @param TheValue
  87  * @return bool
  88  */
  89 bool BrukerImage::setAbsoluteTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue )
  90 {
  91    AbsoluteTimePosition = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_abs_time"].GetIntValue()[0];
  92    return true;
  93 }
  94
  95 /**
  96  * @brief RelativeTimePosition is the estimated time position of the time the k-space center was acquired
  97  * This notion is very relative when dealing with long experiments and a line or object averaging (NA or NAE <> 1)
  98  * @fn double BrukerImage::getRelativeTimePosition() const
  99  * @return double
 100  */
 101 double BrukerImage::getRelativeTimePosition() const
 102 {
 103    return RelativeTimePosition;
 104 }
 105
 106 /**
 107  * @brief RelativeTimePosition is the estimated instant when the k-space center of each image was acquired
 108
 109      This notion is very relative when dealing with long experiments and a line or object averaging (NA or NAE <> 1)
 110  * @fn bool BrukerImage::setRelativeTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,  int TheValue )
 111  * @param TheOrigAcqp
 112  * @param TheOrigReco
 113  * @param TheValue
 114  * @return  bool
 115  */
 116 bool BrukerImage::setRelativeTimePosition (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,  int TheValue )
 117 {
 118    long lTEMP = TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue].back();
 119    RelativeTimePosition = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionTimePerNR(lTEMP);
 120    return true;
 121 }
 122
 123 /**
 124  * @brief FOVpixels is a 1x2 integer vector. it's one of the view value we need to pick in the reco headermap
 125  * @fn bool BrukerImage::setFOVpixels(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 126  * @param TheOrigAcqp
 127  * @param TheOrigReco
 128  * @param TheValue
 129  * @return bool
 130  */
 131 bool BrukerImage::setFOVpixels(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 132 {
 133    FOVpixels = TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_size"].GetIntValue();
 134    return true;
 135 }
 136
 137 /**
 138  * @brief FOVpixels is a 1x2 integer vector. it's one of the view value we need to pick in the reco headermap
 139  * @fn std::vector <int > BrukerImage::getFOVpixels() const
 140  * @return std::vector <int >
 141  */
 142 const std::vector<int > &BrukerImage::getFOVpixels() const
 143 {
 144    return FOVpixels;
 145 }
 146
 147 /**
 148  * @brief FOVcm is also picked in reco headermap
 149  * @fn bool BrukerImage::setFOVcm(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 150  * @param TheOrigAcqp
 151  * @param TheOrigReco
 152  * @param TheValue
 153  * @return bool
 154  */
 155 bool BrukerImage::setFOVcm(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 156 {
 157    FOVcm = TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_fov"].GetDoubleValue();
 158    return true;
 159 }
 160
 161 /**
 162  * @brief FOVcm is also picked in reco headermap
 163  * @fn std::vector <double > BrukerImage::getFOVcm() const
 164  * @return std::vector <double >
 165  */
 166 const std::vector <double > &BrukerImage::getFOVcm() const
 167 {
 168    return FOVcm;
 169 }
 170
 171 /**
 172  * @brief SliceThickness is in milimeter
 173  * @fn bool BrukerImage::setSliceThickness( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 174  * @param TheOrigAcqp
 175  * @param TheOrigReco
 176  * @param TheValue
 177  * @return bool
 178  */
 179 bool BrukerImage::setSliceThickness( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 180 {
 181    SliceThickness = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_slice_thick"].GetDoubleValue()[0];
 182    return true;
 183 }
 184
 185 /**
 186  * @brief SliceThickness is in milimeter
 187  * @fn double  BrukerImage::getSliceThickness() const
 188  * @return double
 189  */
 190 double  BrukerImage::getSliceThickness() const
 191 {
 192    return SliceThickness;
 193 }
 194
 195 /**
 196  * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 197  * @fn bool BrukerImage::setTE( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 198  * @param TheOrigAcqp
 199  * @param TheOrigReco
 200  * @param TheValue
 201  * @return bool
 202  */
 203 bool BrukerImage::setTE( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 204 {
 205    TE = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getTE(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][0]);
 206    return true;
 207 }
 208
 209 /**
 210  * @fn double BrukerImage::getTE() const
 211  * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 212  * @return TE
 213  */
 214 double BrukerImage::getTE() const
 215 {
 216    return TE;
 217 }
 218
 219 /**
 220  * @brief picks the repetition time of the image number TheValue
 221  * @fn bool BrukerImage::setTR( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 222  * @param TheOrigAcqp
 223  * @param TheOrigReco
 224  * @param TheValue
 225  * @return bool
 226  */
 227 bool BrukerImage::setTR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 228 {
 229    TR=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_repetition_time"].GetDoubleValue()[0];
 230    return true;
 231 }
 232
 233  /**
 234   * @fn double BrukerImage::getTR() const
 235   * @brief picks the echo time of the image number TheValue
 236   * @return TR
 237   */
 238 double BrukerImage::getTR() const
 239 {
 240    return TR;
 241 }
 242
 243 /**
 244  * @brief picks the invertion time of the image number TheValue
 245  * @fn bool BrukerImage::setTI( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 246  * @param TheOrigAcqp
 247  * @param TheOrigReco
 248  * @param TheValue
 249  * @return bool
 250  */
 251 bool BrukerImage::setTI(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 252 {
 253    TI = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_inversion_time"].GetDoubleValue()[0];
 254    return true;
 255 }
 256
 257  /**
 258   * @fn double BrukerImage::getTI() const
 259   * @brief picks the invertion time of the image number TheValue
 260   * @return TI
 261   */
 262 double BrukerImage::getTI() const
 263 {
 264    return TI;
 265 }
 266
 267 /**
 268  * @brief picks the flip angle of the image number TheValue
 269  * @fn bool BrukerImage::setFlipAngle( BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco,int TheValue)
 270  * @param TheOrigAcqp
 271  * @param TheOrigReco
 272  * @param TheValue
 273  * @return bool
 274  */
 275 bool BrukerImage::setFlipAngle(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 276 {
 277    FlipAngle = TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_flip_angle"].GetIntValue()[0];
 278    return true;
 279 }
 280
 281 /**
 282  * @fn double BrukerImage::getFlipAngle() const
 283  * @brief picks the flip angle of the image number TheValue
 284  * @return FlipAngle
 285 */
 286 double BrukerImage::getFlipAngle() const
 287 {
 288    return FlipAngle;
 289 }
 290
 291
 292 /**
 293  * @brief LoopStamp is a vector, copy of the values of all the loop for the image number TheValue
 294
 295  * The purpose of this "loopstamp" is to provide additionnal information if the methods provided by this class are not sufficient to singularize each image
 296  * @fn bool BrukerImage::setLoopStamp(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 297  * @param TheOrigAcqp
 298  * @param TheOrigReco
 299  * @param TheValue
 300  * @return bool
 301  */
 302 bool BrukerImage::setLoopStamp(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 303 {
 304    LoopStamp = TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue];
 305    return true;
 306 }
 307
 308 /**
 309  * @brief LoopStamp is a vector, copy of the values of all the loop for the image number TheValue
 310  * The purpose of this "loopstamp" is to provide additionnal information if the methods provided by this class are not sufficient to singularize each image
 311  * @fn std::vector<int> BrukerImage::getLoopStamp() const
 312  * @return LoopStamp
 313  */
 314 const std::vector<int> &BrukerImage::getLoopStamp() const
 315 {
 316    return LoopStamp;
 317 }
 318
 319 /**
 320  * @brief NA number of accumulation is useful to track image quality
 321  * @fn bool BrukerImage::setNA(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 322  * @param TheOrigAcqp
 323  * @param TheOrigReco
 324  * @param TheValue
 325  * @return
 326  */
 327 bool BrukerImage::setNA(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 328 {
 329    NA=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "NA"].GetIntValue()[0];
 330    return true;
 331 }
 332
 333 /**
 334  * @brief NA number of accumulation is useful to track image quality
 335  * @fn int BrukerImage::getNA() const
 336  *
 337  * @return NA
 338  */
 339 int BrukerImage::getNA() const
 340 {
 341    return NA;
 342 }
 343
 344 /**
 345  * @brief NAE number of object exterior accumulation is useful to track image quality and rather used than NA to average movement artefacts
 346  * @fn bool BrukerImage::setNAE(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 347  * @param TheOrigAcqp
 348  * @param TheOrigReco
 349  * @param TheValue
 350  * @return bool
 351  */
 352 bool BrukerImage::setNAE(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 353 {
 354    NAE=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "NAE"].GetIntValue()[0];
 355    return true;
 356 }
 357
 358 /**
 359  * @brief NAE number of object exterior accumulation is useful to track image quality and rather used than NA to average movement artefacts
 360  * @fn int BrukerImage::getNAE() const
 361  * @return NAE
 362  */
 363
 364 int BrukerImage::getNAE() const
 365 {
 366    return NAE;
 367 }
 368
 369 /**
 370  * @brief DS (dummy scan) is useful to establish a dynamic equilibrium or to know if one was used
 371  * @fn bool BrukerImage::setDS(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 372  * @param TheOrigAcqp
 373  * @param TheOrigReco
 374  * @param TheValue
 375  * @return bool
 376  */
 377
 378 bool BrukerImage::setDS(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 379 {
 380    DS=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "DS"].GetIntValue()[0];
 381    return true;
 382 }
 383
 384 /**
 385  @brief  DS (dummy scan) is useful to establish a dynamic equilibrium or to know if one was used
 386  @fn int BrukerImage::get() const
 387  @return DS
 388 */
 389 int BrukerImage::getDS() const
 390 {
 391    return DS;
 392 }
 393
 394 /**
 395  * @brief Phase factor is the number of kspace line acquired in a single shot
 396  * @fn bool BrukerImage::setACQ_phase_factor(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 397  * @param TheOrigAcqp
 398  * @param TheOrigReco
 399  * @param TheValue
 400  * @return bool
 401  */
 402 bool BrukerImage::setACQ_phase_factor(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 403 {
 404    ACQ_phase_factor=TheOrigAcqp.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "ACQ_phase_factor"].GetIntValue()[0];
 405    return true;
 406 }
 407
 408 /**
 409  * @brief Phase factor is the number of kspace line acquired in a single shot
 410  * @fn int BrukerImage::getACQ_phase_factor() const
 411  * @return
 412  */
 413 int BrukerImage::getACQ_phase_factor() const
 414 {
 415    return ACQ_phase_factor;
 416 }
 417
 418
 419 /**
 420  * @brief The number of repetition NR is used to repeat a full objects acquisition NR times with a given delay
 421  * This method returns at which repetition belongs the image TheValue
 422  * @fn bool BrukerImage::NR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 423  * @param TheOrigAcqp
 424  * @param TheOrigReco
 425  * @param TheValue
 426  * @return bool
 427  */
 428 bool BrukerImage::setNR(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 429 {
 430    NR= TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue].back();
 431    return true;
 432 }
 433
 434        /**
 435          * @brief  The number of repetition NR is used to repeat a full objects acquisition NR times with a given delay
 436          * This method returns at which repetition belongs the image TheValue
 437          * @fn int BrukerImage::getNR() const
 438          * @return NR
 439          */
 440 int BrukerImage::getNR() const
 441 {
 442    return NR;
 443 }
 444
 445 /**
 446  * @brief  RotationMatrixRPS2XYZ is a 3x3 rotation matrix  giving the orientation of the TheValue image
 447  * @fn bool BrukerImage::setRotationMatrixRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 448  * @param TheOrigAcqp
 449  * @param TheOrigReco
 450  * @param TheValue
 451  * @return bool
 452  */
 453 bool BrukerImage::setRotationMatrixRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 454 {
 455    RotationMatrixRPS2XYZ = TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getOrientation(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]);
 456    return true;
 457 }
 458
 459        /**
 460          @brief   RotationMatrixRPS2XYZ is a 3x3 rotation matrix  giving the orientation of the TheValue image
 461          @fn std::vector<std::vector<double> > BrukerImage::getRotationMatrixRPS2XYZ() const
 462          @return RotationMatrixRPS2XYZ
 463          */
 464 const std::vector<std::vector<double> > &BrukerImage::getRotationMatrixRPS2XYZ() const
 465 {
 466    return RotationMatrixRPS2XYZ;
 467 }
 468
 469 /**
 470  * @brief TranslationVectorRPS2XYZ is a 1x3 vector of the TheValue image position to the magnet center (in mm)
 471  * @fn bool BrukerImage::setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 472  * @param TheOrigAcqp
 473  * @param TheOrigReco
 474  * @param TheValue
 475  * @return bool
 476  */
 477 bool BrukerImage::setTranslationVectorRPS2XYZ(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 478 {
 479    TranslationVectorRPS2XYZ.clear();
 480    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionR(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 481    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionP(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 482    TranslationVectorRPS2XYZ.push_back(TheOrigAcqp.ObjectVaryingProperties.getPositionS(TheOrigAcqp.GetBrukerImageList()[TheValue][2]));
 483    return true;
 484 }
 485
 486 /**
 487  @brief  TranslationVectorRPS2XYZ is a 1x3 vector of the TheValue image position to the magnet center (in mm)
 488  @fn std::vector<double> BrukerImage::getTranslationVectorRPS2XYZ() const
 489  @return TranslationVectorRPS2XYZ
 490 */
 491 const std::vector<double>  &BrukerImage::getTranslationVectorRPS2XYZ() const
 492 {
 493    return TranslationVectorRPS2XYZ;
 494 }
 495
 496 /**
 497  * @brief WordType returns the type of data to read int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t
 498  * @fn bool BrukerImage::setWordType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 499  * @param TheOrigAcqp
 500  * @param TheOrigReco
 501  * @param TheValue
 502  * @return bool
 503  */
 504 bool BrukerImage::setWordType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 505 {
 506    WordType=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_wordtype"].GetStringValue()[0];
 507    return true;
 508 }
 509
 510        /**
 511          @brief WordType returns the type of data to read int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t
 512          @fn std::string BrukerImage::getWordType() const
 513          @return int32_t, int16_t, uint8_t or float32_t or UNKNOWN
 514          */
 515 std::string BrukerImage::getWordType() const
 516 {
 517    if(WordType == ((std::string) "_32BIT_SGN_INT"))  return ((std::string)"int32_t");
 518    if(WordType == ((std::string) "_16BIT_SGN_INT"))  return ((std::string)"int16_t");
 519    if(WordType == ((std::string) "_8BIT_UNSGN_INT")) return ((std::string)"uint8_t");
 520    if(WordType == ((std::string) "_32BIT_FLOAT"))    return ((std::string)"float32_t");
 521    return ((std::string)"UNKNOWN");
 522 }
 523
 524 /**
 525  * @brief ImageType returns the type of image : values real for amplitude, real imaginary or phase images  and complex for complex images
 526  * @fn bool BrukerImage::setImageType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 527  * @param TheOrigAcqp
 528  * @param TheOrigReco
 529  * @param TheValue
 530  * @return bool
 531  */
 532 bool BrukerImage::setImageType(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 533 {
 534    ImageType=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_image_type"].GetStringValue()[0];
 535    return true;
 536 }
 537
 538         /**
 539          @brief  ImageType returns the type of image : values real for amplitude, real imaginary or phase images  and complex for complex images
 540          @fn std::string BrukerImage::getImageType() const
 541          @return complex or real
 542          */
 543 std::string BrukerImage::getImageType() const
 544 {
 545    if(ImageType == ((std::string) "COMPLEXE_IMAGE")) return ((std::string)"complex");
 546    return ((std::string)"real");
 547 }
 548
 549 /**
 550  * @brief DataEndianness gives information on how to swap or no the binary data to read
 551  * @fn bool BrukerImage::setDataEndianness(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 552  * @param TheOrigAcqp
 553  * @param TheOrigReco
 554  * @param TheValue
 555  * @return bool
 556  */
 557 bool BrukerImage::setDataEndianness(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 558 {
 559    DataEndianness=TheOrigReco.GetBrukerHeaderMap()[(std::string) "RECO_byte_order"].GetStringValue()[0];
 560    return true;
 561 }
 562
 563 /**
 564  * @brief  DataEndianness gives information on how to swap or no the binary data to read
 565  * @fn std::string BrukerImage::getDataEndianness() const
 566  * @return DataEndianness
 567  */
 568 const std::string &BrukerImage::getDataEndianness() const
 569 {
 570    return DataEndianness;
 571 }
 572
 573 /**
 574  * @brief Information on the image size in byte, useful for offsets calculation
 575  * @fn bool BrukerImage::setImageByteSize(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 576  * @param TheOrigAcqp
 577  * @param TheOrigReco
 578  * @param TheValue
 579  * @return bool
 580  */
 581 bool BrukerImage::setImageByteSize(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 582 {
 583    int Dimension, WordSize;
 584    if      (getImageType()==((std::string)"complex")) Dimension=2;
 585    else if (getImageType()==((std::string)"real"))    Dimension=1;
 586    else return false;
 587
 588    if (getWordType()==((std::string)"int32_t")||getWordType()==((std::string)"float32_t")) WordSize=4;
 589    else if (getWordType()==((std::string)"int16_t")) WordSize=2;
 590    else if (getWordType()==((std::string)"uint8_t")) WordSize=1;
 591    else /*if (getWordType()==((std::string)"UNKNOWN"))*/ return false;
 592
 593    ImageByteSize = Dimension*WordSize*getFOVpixels()[0]*getFOVpixels()[1];
 594    return true;
 595 }
 596
 597 /**
 598  * @brief  Information on the image size in byte, useful for offsets calculation
 599  * @fn size_t BrukerImage::getImageByteSize() const
 600  * @return ImageByteSize
 601  */
 602 size_t BrukerImage::getImageByteSize() const
 603 {
 604    return ImageByteSize;
 605 }
 606
 607 /**
 608  * @brief BeginingOfImageInBytes is the offset of the image number TheValue to the begining of 2dseq file
 609  * @fn size_t BrukerImage::getBeginingOfImageInBytes() const
 610  * @return BeginingOfImageInBytes
 611  */
 612 size_t BrukerImage::getBeginingOfImageInBytes() const
 613 {
 614    return BeginingOfImageInBytes;
 615 }
 616
 617 /**
 618  * @brief BeginingOfImageInBytes is the offset of the image number TheValue to the begining of 2dseq file
 619  * @fn bool BrukerImage::setBeginingOfImageInBytes(BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 620  * @param TheOrigAcqp
 621  * @param TheOrigReco
 622  * @param TheValue
 623  * @return bool
 624  */
 625 bool BrukerImage::setBeginingOfImageInBytes (BrukerDataSet &TheOrigAcqp, BrukerDataSet &TheOrigReco, int TheValue)
 626 {
 627    BeginingOfImageInBytes = TheValue*getImageByteSize();
 628    return true;
 629 }