lib/src1/brukerobjectvaryingproperties.cpp

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   2 // C++ Implementation: brukerobjectvaryingproperties
   3 //
   4 // Description:
   5 //
   6 //
   7 // Author: denis grenier <denis.grenier@creatis.univ-lyon1.fr>, (C) 2009
   8 //
   9 // Copyright: See COPYING file that comes with this distribution
  10 //
  11 //
  12 #include "brukerobjectvaryingproperties.h"
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  16 BrukerObjectVaryingProperties::BrukerObjectVaryingProperties()
  17 {
  18 }
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  21 BrukerObjectVaryingProperties::~BrukerObjectVaryingProperties()
  22 {
  23 }
  24
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  26
  27 void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionS(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM){
  28    std::vector<double> PosiS =BrukerHM[(std::string) "ACQ_slice_offset"].GetDoubleValue();
  29    PositionS =PosiS;
  30 };
  31
  32 void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionR(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM){
  33    PositionR =BrukerHM[(std::string) "ACQ_read_offset"].GetDoubleValue() ;
  34 };
  35
  36 void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionP(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM){
  37    PositionP =BrukerHM[(std::string) "ACQ_phase1_offset"].GetDoubleValue();
  38 };
  39
  40 void BrukerObjectVaryingProperties::setTE(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM){
  41    TE = BrukerHM[(std::string) "ACQ_echo_time"].GetDoubleValue();
  42 };
  43
  44 double BrukerObjectVaryingProperties::getTE(int theValue) const{
  45    if (theValue < TE.size() && theValue >=0) {return TE[theValue];}
  46    else throw 0;
  47 }
  48
  49 /*void BrukerObjectVaryingProperties::setTE(const std::vector< double >& theValue)
  50 {
  51   TE = theValue;
  52 }*/
  53
  54 double  BrukerObjectVaryingProperties::getPositionP(int theValue) const{
  55    if (theValue < PositionP.size() && theValue >=0) return PositionP[theValue];
  56    else throw 0;
  57 }
  58
  59 /*void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionP(const std::vector< double >& theValue)
  60 {
  61   PositionP = theValue;
  62 }*/
  63
  64 double  BrukerObjectVaryingProperties::getPositionR(int theValue) const{
  65    if (theValue < PositionR.size() && theValue >=0) return PositionR[theValue];
  66    else throw 0;
  67 }
  68
  69 /*void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionR(const std::vector< double >& theValue)
  70 {
  71   PositionP = theValue;
  72 }*/
  73
  74 double  BrukerObjectVaryingProperties::getPositionS(int theValue) const{
  75    if (theValue < PositionS.size() && theValue >=0)  return PositionS[theValue];
  76    else throw 0;
  77 }
  78
  79 /*void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionS(const std::vector< double >& theValue)
  80 {
  81   PositionP = theValue;
  82 }*/
  83
  84 int  BrukerObjectVaryingProperties::getAcquisitionOrder(int theValue) const{
  85    if (theValue <AcquisitionOrder.size() && theValue >=0)  return AcquisitionOrder[theValue];
  86    else throw 0;
  87 }
  88
  89 /*void BrukerObjectVaryingProperties::setAcquisitionOrder(const std::vector< int >& theValue1, const std::vector< int >& theValue2)
  90 {
  91    AcquisitionOrder.clear();
  92    if (theValue1.size() != theValue2[3]*theValue2[1]) throw 0;
  93    if (theValue2.size() < 4 ) throw 0;
  94    for (int i =0 ;i<theValue2[3];i++)AcquisitionOrder.push_back()=(int) theValue1[i*theValue2[1]]/theValue2[1];
  95 }*/
  96
  97 void BrukerObjectVaryingProperties::setAcquisitionOrder(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM, std::vector<int> & LoopStruct){
  98    std::vector<int> AcqOrder;
  99   if (BrukerHM[(std::string) "ACQ_obj_order"].GetIntValue().size() != LoopStruct[3]*LoopStruct[1]) throw 0;
 100   if (LoopStruct.size() < 4 ) throw 0;
 101   for (int i =0 ;i<LoopStruct[3];i++)
 102      AcqOrder.push_back((int) BrukerHM[(std::string) "ACQ_obj_order"].GetIntValue()[i*LoopStruct[1]]/LoopStruct[1]);
 103   AcquisitionOrder=AcqOrder;
 104 };
 105
 106 std :: vector < std :: vector < double > >  BrukerObjectVaryingProperties::getOrientation(int theValue) const{
 107    if (theValue <Orientation.size() && theValue >=0)return Orientation[theValue];
 108    else throw 0;
 109 }
 110
 111 /*void BrukerObjectVaryingProperties::setOrientation( std :: vector < double > & theValue1,const std::vector< int >& theValue2)
 112 {
 113    if (theValue1.size() != theValue2[3]*9) throw 0;
 114    if (theValue2.size() < 4 ) throw 0;
 115    int counter=0;
 116    for(int i=0;i<theValue2[3];i++){
 117       for(int j=0;j<3;j++){
 118          for(int k=0;k<3;k++){
 119             Orientation[i][j][k]=theValue1[counter];
 120             counter++;
 121          }
 122       }
 123    }
 124 }*/
 125
 126 void BrukerObjectVaryingProperties::setOrientation(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM, std::vector<int> & LoopStruct){
 127    if (BrukerHM[(std::string) "ACQ_grad_matrix"].GetDoubleValue().size() != LoopStruct[3]*9) throw 0;
 128    if (LoopStruct.size() < 4 ) throw 0;
 129
 130    std::vector<double> Temp1D(3,0.0);
 131    std::vector<std::vector<double> > Temp2D;
 132    std::vector<std::vector<std::vector<double> > > Temp3D;
 133    int i, j ,k;
 134
 135    for(i=0;i<3;i++)
 136       Temp2D.push_back(Temp1D);
 137    for (i=0;i<LoopStruct[3];i++)
 138       Temp3D.push_back(Temp2D);
 139
 140    int counter=0;
 141    for(i=0;i<LoopStruct[3];i++){
 142       for(j=0;j<3;j++){
 143          for(k=0;k<3;k++){
 144             Temp3D[i][j][k]=BrukerHM[(std::string) "ACQ_grad_matrix"].GetDoubleValue()[counter];
 145             counter++;
 146          }
 147      }
 148    }
 149    Orientation=Temp3D;
 150 };
 151
 152 double  BrukerObjectVaryingProperties::getPositionTimePerNR(int theValue) const{
 153    if (theValue <PositionTimePerNR.size() && theValue >=0) return PositionTimePerNR[theValue];
 154    else throw 0;
 155 }
 156
 157 void BrukerObjectVaryingProperties::setPositionTimePerNR(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM, std::vector<int> & LoopStruct){
 158    double FloatPositionTimePerNR=BrukerHM[(std::string) "ACQ_repetition_time"].GetDoubleValue()[0];
 159    int i=0;
 160    int NA=BrukerHM[(std::string) "NA"].GetIntValue()[0];
 161    int NAE=BrukerHM[(std::string) "NAE"].GetIntValue()[0];
 162    double temp;
 163
 164 /*
 165  les loop de 0 a  3 ne sont pas conceres par le temps car ils creent presque systematiquement
 166 un melange temporel des donnees, c'est pour cela que je ne calcule q'un temps moyen a  partir de celles -ci
 167 */
 168    for (i=4; i<(LoopStruct.size()-1);i++)
 169    {
 170       FloatPositionTimePerNR=FloatPositionTimePerNR*LoopStruct[i];
 171    }
 172    FloatPositionTimePerNR=FloatPositionTimePerNR*NA*NAE/2000.0;
 173    if (BrukerHM[(std::string) "ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue().size()==1)
 174    {
 175       temp=BrukerHM[(std::string)"ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue()[0]/1000.0;
 176       for (i=1; i<=LoopStruct.back();i++)
 177       {
 178          PositionTimePerNR.push_back(FloatPositionTimePerNR+ (2*FloatPositionTimePerNR+temp)*(i-1));
 179       }
 180    }
 181
 182    if (BrukerHM[(std::string) "ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue().size()!=1&& BrukerHM[(std::string) "ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue().size()!=(LoopStruct.back()-1))
 183    {
 184       throw 0;
 185    }
 186    if (BrukerHM[(std::string) "ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue().size()!=1&& BrukerHM[(std::string) "ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue().size()==(LoopStruct.back()-1))
 187    {
 188       PositionTimePerNR[0] = FloatPositionTimePerNR;
 189       for (int i=1; i<=LoopStruct.back();i++)
 190       {
 191          PositionTimePerNR[i] = PositionTimePerNR[i-1]+ (2*FloatPositionTimePerNR+BrukerHM[(std::string) "ACQ_temporal_delay"].GetDoubleValue()[i-1]/1000.0);
 192       }
 193    }
 194 }
 195
 196
 197 /*!
 198     \fn BrukerObjectVaryingProperties::init(std::map<std::string, BrukerFieldData> BrukerHM,std::vector<int> LoopStruct)
 199  */
 200 bool BrukerObjectVaryingProperties::init(std::map<std::string, BrukerFieldData> & BrukerHM, std::vector<int> & LoopStruct)
 201 {
 202    setAcquisitionOrder( BrukerHM, LoopStruct);
 203    setOrientation(BrukerHM, LoopStruct);
 204    setPositionP(BrukerHM);
 205    setPositionR(BrukerHM);
 206    setPositionS(BrukerHM);
 207    setPositionTimePerNR(BrukerHM, LoopStruct);
 208    setTE(BrukerHM);
 209 }
 210